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- PDB-8ew9: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Altered Inheritance... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ew9
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Altered Inheritance rate of Mitochondria protein 46 (AIM46p)
要素Altered inheritance of mitochondria protein 46, mitochondrial
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Altered inheritance of mitochondria protein 46 / mitochondrial protein / YHR199C / FMP34 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Mitochondrial Protein Partnership / MPP
機能・相同性Chalcone isomerase like / intramolecular lyase activity / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / mitochondrion / 2-OXOGLUTARIC ACID / Altered inheritance of mitochondria protein 46, mitochondrial
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Schmitz, J.M. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J. / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Aim18p and Aim46p are chalcone isomerase domain-containing mitochondrial hemoproteins in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Schmitz, J.M. / Wolters, J.F. / Murray, N.H. / Guerra, R.M. / Bingman, C.A. / Hittinger, C.T. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Altered inheritance of mitochondria protein 46, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3732
ポリマ－27,2271
非ポリマー1461
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.870, 71.350, 40.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.165, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Altered inheritance of mitochondria protein 46, mitochondrial / Found in mitochondrial proteome protein 34


分子量: 27227.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AIM46, FMP34, YHR199C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38885
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals grew from 180 nL 31.4 mg/mL Aim46p Nd62, 20 nL microseeds in 30% PEG 2000, 0.1 M MES buffer, pH 6.0, mixed with 300 nL reservoir solution composed of 18% PEG 2000, 100 mM MES buffer, ...詳細: Crystals grew from 180 nL 31.4 mg/mL Aim46p Nd62, 20 nL microseeds in 30% PEG 2000, 0.1 M MES buffer, pH 6.0, mixed with 300 nL reservoir solution composed of 18% PEG 2000, 100 mM MES buffer, pH 6.5. Microseeded crystallization plates were set with a Mosquito crystallization robot in a MRC SD2 crystallization plate. Crystals were cryopreserved with reservoir solution supplemented with 30% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
詳細: double crystal monochromator and K-B pair of bimorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.06 Å / Num. obs: 15174 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 30.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1234 / Rpim(I) all: 0.05099 / Rrim(I) all: 0.1337 / Net I/σ(I): 11.51
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1471 / CC1/2: 0.718 / CC star: 0.914 / Rpim(I) all: 0.4731 / Rrim(I) all: 1.253 / % possible all: 98.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9.5モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180409データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180409データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RSG

7rsg
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→40.06 Å / SU ML: 0.2873 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7237
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 1521 10.04 %
Rwork0.1672 13631 -
obs0.1736 15152 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 10 122 1989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77322614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9045726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.37851350.28891191X-RAY DIFFRACTION98.66
2.06-2.140.31571370.24581228X-RAY DIFFRACTION99.2
2.14-2.220.32451390.21671251X-RAY DIFFRACTION99.36
2.22-2.320.26461400.1911220X-RAY DIFFRACTION99.42
2.33-2.450.25871380.18861237X-RAY DIFFRACTION99.78
2.45-2.60.26571420.18861230X-RAY DIFFRACTION99.64
2.6-2.80.25061410.19861244X-RAY DIFFRACTION99.64
2.8-3.080.25091370.18451264X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.530.24781390.16661225X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.440.19681360.12221264X-RAY DIFFRACTION99.93
4.45-40.060.16461370.13671277X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.70068262948-2.917904115162.193109635022.91083324872-1.750214187695.875796624910.0664659557984-0.04564264949090.767167842665-0.0108323273948-0.0537801898242-0.447272741406-0.2566584176940.268577671302-0.03487329887020.230091382067-0.0255590071750.01467424865520.2677967997-0.02944841748110.3828883202548.5094093132158.47543061659.4171478328
27.61134322307-2.74552595306-0.9721646196355.15809568835-0.1486013603142.66110028106-0.0246953761012-0.3992852944140.5943367639520.194095659024-0.120062479621-0.478497166536-0.08901071381620.2058124959090.1695253139870.220239597892-0.0733403609206-0.02244896023080.2918705866-0.04430893373860.1683550023263.6564590350352.466664013916.3420838334
33.62778407064-0.919127821178-1.40155050276.836861791791.389928350594.87004179964-0.0465679483891-0.1359583114460.05748909444650.4107742523630.1611939997790.170050229962-0.129841381083-0.221819427811-0.1003460542310.2304969427470.04067748437290.006122217701170.366337146207-0.01461486209190.242547765616-11.243509523451.924886235229.4662565766
46.43697950023-1.58147051215-1.208619696353.36957071249-0.5928587684892.733573265350.01732235211970.204519631001-0.167800639592-0.115922913425-0.193016047227-0.05615794619910.1473415517410.07998971541410.1810532587080.233731552891-0.0109218654186-0.03172544939890.257884241213-0.049574034050.2196409433657.141176082545.426376886910.5856637206
57.136788550185.035622271922.976232789479.05127449174-1.327887908653.601179666860.0147284848367-0.240707416072-0.3281414752910.352132394765-0.03677872914920.1738472426860.393891743073-0.427861908610.06488554747120.3204506604180.0766717795546-0.007500866406310.261455464271-0.07795162386670.322632656018-0.49523284449734.28393760879.73849455967
66.73933602081.55861394513-1.997237412182.66071979319-0.6049126372152.46400473397-0.110717346930.209004564324-0.0307337385575-0.08960224265350.115356517701-0.0144547247681-0.0545342487005-0.02331308988750.01412776988410.2158225381510.0420885027335-0.01646658302420.225539991715-0.05160966254860.2073142243623.8130395419146.4415843727.03657593075
78.40148667428-4.87149637388-1.958647661186.162462711630.1507444422595.51605017387-0.289574846244-0.9118761804711.018883534950.2456368886150.613222564579-0.7424061643770.1889129147460.724740373438-0.265800588430.2940003885730.0366809117816-0.05931909590130.461278189182-0.1208387554730.3209822919090.97003112365355.809501457823.4500609986
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 70 through 107 )70 - 1071 - 38
22chain 'A' and (resid 108 through 134 )108 - 13439 - 65
33chain 'A' and (resid 135 through 179 )135 - 17966 - 110
44chain 'A' and (resid 180 through 202 )180 - 202111 - 133
55chain 'A' and (resid 203 through 239 )203 - 239134 - 170
66chain 'A' and (resid 240 through 295 )240 - 295171 - 226
77chain 'A' and (resid 296 through 310 )296 - 310227 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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