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- PDB-8ew8: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Altered Inheritance... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ew8
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Altered Inheritance rate of Mitochondria protein 18 (AIM18p) R123A mutant
要素Altered inheritance of mitochondria protein 18, mitochondrial
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Altered inheritance of mitochondria protein 18 / mitochondrial protein / YHR198C / FMP22
機能・相同性Chalcone isomerase like / intramolecular lyase activity / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / mitochondrion / Altered inheritance of mitochondria protein 18, mitochondrial
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Schmitz, J.M. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131795 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008505 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1747503 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Aim18p and Aim46p are chalcone isomerase domain-containing mitochondrial hemoproteins in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Schmitz, J.M. / Wolters, J.F. / Murray, N.H. / Guerra, R.M. / Bingman, C.A. / Hittinger, C.T. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Altered inheritance of mitochondria protein 18, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7857
ポリマ－28,2081
非ポリマー5766
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.390, 127.390, 54.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-542-

HOH

21A-622-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Altered inheritance of mitochondria protein 18, mitochondrial / Found in mitochondrial proteome protein 22


分子量: 28208.270 Da / 分子数: 1 / 変異: R123A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AIM18, FMP22, YHR198C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38884
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals for data collection were obtained by mixing 200 nL of protein soiution (15.1 mg/mL Nd70 R123A Aim18p, 20 mM HEPES buffer, pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP) with 150 nL of reservoir ...詳細: Crystals for data collection were obtained by mixing 200 nL of protein soiution (15.1 mg/mL Nd70 R123A Aim18p, 20 mM HEPES buffer, pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP) with 150 nL of reservoir solution (26% PEG 3350, 200 mM Li2SO4, 100 mM HEPES pH 7.5) in a SD2 crystallization tray with a TTP Labtech Mosquito crystallization robot. Crystals were cryoprotected with reservoir solution supplemented to 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.964370, 0.979370, 0.979610
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.964371
20.979371
30.979611
反射解像度: 2.15→48.7 Å / Num. obs: 27153 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 40.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09783 / Rpim(I) all: 0.02266 / Rrim(I) all: 0.1005 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9956 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 2241 / CC1/2: 0.702 / CC star: 0.908 / Rpim(I) all: 0.2836 / Rrim(I) all: 1.039 / % possible all: 81.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.5モデル構築
XDSVERSION Nov 11, 2017 BUILT=20171111データ削減
XSCALEVERSION Nov 11, 2017 BUILT=20171111データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→48.7 Å / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 1990 7.33 %
Rwork0.1784 25161 -
obs0.1808 27151 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 30 122 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79832667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3426729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.27331160.24281439X-RAY DIFFRACTION78.93
2.2-2.260.27111260.21951612X-RAY DIFFRACTION88.31
2.26-2.330.25821430.21631793X-RAY DIFFRACTION99.59
2.33-2.410.23881440.20571819X-RAY DIFFRACTION99.34
2.41-2.490.27111490.22481829X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.25051410.23711832X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.25711480.21921843X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.850.23441420.19651809X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.030.23441450.21411855X-RAY DIFFRACTION99.95
3.03-3.260.24181430.20531808X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.1921450.17231853X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.19171520.14741854X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.180.15631430.12971873X-RAY DIFFRACTION100
5.18-48.70.2071530.17381942X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.463991801860.1199599912080.2928220852772.434397036770.4949179982483.761172707230.0254211543545-0.249765399766-0.4741881526890.127446901119-0.0392582421615-0.126617492720.2058082662750.101132862580.03846386833640.24298606066-0.0256550884649-0.003302405519420.2967305255220.08015553232530.32462480035779.383257691136.517006903-2.96313033515
26.986502939810.2676713724482.18268710532.43768800371-0.5220505960956.14330979668-0.198434319332-0.9891719792030.5172524047470.261389975012-0.1653609553980.145160271572-0.720735631773-0.3001413972740.4041026554810.508694031699-0.127604967549-0.05620185811580.666692219871-0.08139313636680.40910976935683.342449691456.543267497114.230606389
32.070699190352.609534156190.6034348498824.444984964380.5281445360241.38734449145-0.0662585400559-0.08646729898460.220523114821-0.129962705742-0.1040591981780.130413414851-0.1734037738010.113906749770.1652829775940.241793667384-0.02714840442140.01189189600290.3856571425870.007832778904890.33400519406181.887854228851.2722117356-11.7225732212
48.26325587533.433922587133.230205571394.271155796570.5331688443995.165015290770.004833535893260.729319465554-0.262007131561-0.1091732605490.13095347531-0.419565282001-0.2626488040280.86249867189-0.09009661997080.222053768272-0.009943089734840.04889419955270.35061398772-0.005618345496960.30469504833682.394130250940.807808995-16.2606993827
54.145569146172.3184061201-0.7624998888244.508001466990.7295331047284.049925277510.0360850445701-0.0154749258796-0.0748462112833-0.182368891750.0277452735041-0.281284016649-0.1606156142620.269321959514-0.1069800137630.1990626894460.00649648366806-0.05357392555980.3147513064810.08285487158270.28615664622782.936721937844.9611397329-11.6717856186
63.92179522331-2.867579103265.682315129276.77196985501-2.660622427968.764042624190.506573468996-1.00674745716-0.3549814250520.366574719639-0.200755913820.246432772980.413346460666-0.733611853738-0.2074916295160.316691418326-0.1147794133890.007230028250170.5325331870570.06776387408830.26692498384477.640176316544.39231829836.3725391752
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 83 through 150 )83 - 1501 - 68
22chain 'A' and (resid 151 through 188 )151 - 18869 - 106
33chain 'A' and (resid 189 through 244 )189 - 244107 - 162
44chain 'A' and (resid 245 through 266 )245 - 266163 - 184
55chain 'A' and (resid 267 through 306 )267 - 306185 - 224
66chain 'A' and (resid 307 through 321 )307 - 321225 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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