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- PDB-8ew7: Human Serum Albumin with Cobalt (II) and Myristic Acid - crystal 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ew7
タイトルHuman Serum Albumin with Cobalt (II) and Myristic Acid - crystal 2
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / serum albumin / complex with cobalt / albumin with fatty acid / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gucwa, M. / Cooper, D.R. / Stewart, A.J. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132595 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterisation of Co2+-binding sites on serum albumins and their interplay with fatty acids
著者: Wu, D. / Gucwa, M. / Czub, M.P. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Fritzen, R. / Arya, S. / Schwarz-Linek, U. / Blindauer, C.A. / Minor, W. / Stewart, A.J.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _struct_keywords.text
改定 2.02023年3月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_planes.auth_seq_id / _pdbx_validate_planes.rmsd / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version
解説: Polymer geometry
詳細: We improved clashscore, ramachandran outliers, sidechain outliers. The water molecule ligands in metals sites were also improved.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年4月19日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,78713
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,21612
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.104, 38.301, 96.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Rectangular prisms
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 200 nL 18% PEG3350, 50 mM Tris, pH 7.4 + 200 nL 50 mg/mL albumin, 50% saturated myristic acid, 50 mM sodium chloride, 25 mM Tris, pH 7.4. Addition of 40% PEG3350, 50 mM Tris, 20 mM cobalt (II) ...詳細: 200 nL 18% PEG3350, 50 mM Tris, pH 7.4 + 200 nL 50 mg/mL albumin, 50% saturated myristic acid, 50 mM sodium chloride, 25 mM Tris, pH 7.4. Addition of 40% PEG3350, 50 mM Tris, 20 mM cobalt (II) chloride 6 hours prior to harvesting.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.60311 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月22日 / 詳細: Sagittal focusing
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60311 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 9385 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 61539
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.366.60.5644610.9210.2380.6140.818100
3.36-3.426.70.6084540.9160.2560.6610.82199.8
3.42-3.486.40.4464720.9260.190.4860.83100
3.48-3.556.60.4184540.9310.1780.4550.878100
3.55-3.636.30.3714570.9480.1610.4050.96599.8
3.63-3.726.10.334550.9820.1440.3611.02499.8
3.72-3.816.70.314700.9510.1320.3370.964100
3.81-3.916.80.254800.9670.1030.2710.966100
3.91-4.036.80.2134460.9810.0880.2310.998100
4.03-4.166.80.1874640.9850.0780.2041.088100
4.16-4.316.70.1684840.9870.070.1821.10699.8
4.31-4.486.70.1444450.990.060.1571.01899.6
4.48-4.686.30.1334800.9870.0580.1461.12399.8
4.68-4.936.30.124670.990.0510.1311.02999.8
4.93-5.2470.1144650.9930.0470.1240.924100
5.24-5.646.80.124840.9910.0490.130.865100
5.64-6.26.70.1114680.9920.0460.120.7799.8
6.2-7.160.0864750.9910.0380.0940.746100
7.1-8.936.70.0544890.9970.0220.0580.661100
8.93-406.10.0465150.9970.020.050.5699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6WUW

6wuw


解像度: 3.3→37.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 32.636 / SU ML: 0.531 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.699 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 429 4.9 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1927 8345 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.2 Å2 / Biso mean: 44.521 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20.43 Å2
2---0.88 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 0 57 44 4722
Biso mean--51.68 20.27 -
残基数----583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0211.6586435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4231.57810540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1925582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.699523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36810865
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021012
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 17 -
Rwork0.291 395 -
all-412 -
obs--60.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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