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- PDB-8evz: DdlB from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with ADP and pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8evz
タイトルDdlB from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with ADP and phosphorylated D-cycloserine
要素D-alanine--D-alanine ligase B
キーワードLIGASE/INHIBITOR / ATP-grasp / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-DS0 / D-alanine--D-alanine ligase B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Pederick, J.L. / Woolman, J.C. / Bruning, J.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Comparative functional and structural analysis of Pseudomonas aeruginosa d-alanine-d-alanine ligase isoforms as prospective antibiotic targets.
著者: Pederick, J.L. / Woolman, J.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase B
B: D-alanine--D-alanine ligase B
C: D-alanine--D-alanine ligase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,43315
ポリマ－103,4593
非ポリマー1,97412
水5,441302
1
A: D-alanine--D-alanine ligase B
C: D-alanine--D-alanine ligase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,28810
ポリマ－68,9732
非ポリマー1,3168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
2
B: D-alanine--D-alanine ligase B
ヘテロ分子

B: D-alanine--D-alanine ligase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,28810
ポリマ－68,9732
非ポリマー1,3168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area3650 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.664, 199.046, 177.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanine ligase B / D-Ala-D-Ala ligase B / D-alanylalanine synthetase B


分子量: 34486.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ddlB, PA4410 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LCT6, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-DS0 / [(4R)-4-azanyl-4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yl] dihydrogen phosphate


分子量: 182.072 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris pH 7.8, 5% gamma-PGA (Na+ form, LM), 30% PEG 500 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→39.66 Å / Num. obs: 59127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.209 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 816987
反射 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 2.055 / Num. measured all: 65381 / Num. unique obs: 4569 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.559 / Rrim(I) all: 2.13 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EVY

8evy


解像度: 2.45→39.66 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 3044 5.15 %
Rwork0.2036 --
obs0.2057 59077 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7062 0 120 302 7484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6749924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4461059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.34271290.29812532X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.530.39391290.29572498X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.35971220.27522531X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.35251520.27642508X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.670.3271440.27232546X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.720.31341380.25282507X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.780.30961280.23812515X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.850.31571520.23682533X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.920.28591310.24582511X-RAY DIFFRACTION100
2.92-30.31161280.26232534X-RAY DIFFRACTION100
3-3.090.30191460.25322521X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.190.28061560.23442518X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.30.26571430.2262566X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.430.2771300.21442539X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.590.29211280.20242545X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.780.25581500.20242554X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.010.21841470.18632535X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.320.19751320.15852583X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.760.1831400.15562568X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.440.1781430.15772567X-RAY DIFFRACTION100
5.44-6.850.20951330.20032617X-RAY DIFFRACTION99
6.85-39.660.18681430.16842705X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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