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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ev4 | ||||||
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タイトル | NlpC B3 - Trichomonas Vaginalis | ||||||
要素 | Clan CA, family C40, NlpC/P60 superfamily cysteine peptidaseパパイン様プロテアーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NlpC / P60 / CHAP / NlpC/P60 / Cysteine Protease (システインプロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Clan CA, family C40, NlpC/P60 superfamily cysteine peptidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Barnett, M.J. / Goldstone, D.C. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: NlpC/P60 peptidoglycan hydrolases of Trichomonas vaginalis have complementary activities that empower the protozoan to control host-protective lactobacilli. 著者: Barnett, M.J. / Pinheiro, J. / Keown, J.R. / Biboy, J. / Gray, J. / Lucinescu, I.W. / Vollmer, W. / Hirt, R.P. / Simoes-Barbosa, A. / Goldstone, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ev4.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ev4.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ev4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8ev4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8ev4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ev5C 6bimS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13214.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_042760 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: A2FQ38 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.26 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5. / Temp details: 18 degrees Celsius |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→33.47 Å / Num. obs: 27581 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 12.09 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01919 / Rpim(I) all: 0.01919 / Rrim(I) all: 0.02714 / Net I/av σ(I): 14.66 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3937 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2662 / CC1/2: 0.619 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.3937 / Rrim(I) all: 0.5568 / % possible all: 99.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6BIM 解像度: 1.3→33.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.39 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.895 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.3→33.47 Å
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拘束条件 |
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