[日本語] English
万見
- PDB-8eus: Crystal structure of NPC1 luminal domain C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eus
タイトルCrystal structure of NPC1 luminal domain C
要素NPC intracellular cholesterol transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Niemann Pick / luminal domain / cholesterol / Ebola / virus entry
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / liver development / macroautophagy / autophagy / endocytosis / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / signaling receptor activity / virus receptor activity / gene expression / lysosome / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Odongo, L. / Pornillos, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI30557 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Purification and structure of luminal domain C of human Niemann-Pick C1 protein.
著者: Odongo, L. / Zadrozny, K.K. / Diehl, W.E. / Luban, J. / White, J.M. / Ganser-Pornillos, B.K. / Tamm, L.K. / Pornillos, O.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: NPC intracellular cholesterol transporter 1
A: NPC intracellular cholesterol transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3352
ポリマ－60,3352
非ポリマー00
水2,882160
1
C: NPC intracellular cholesterol transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1671
ポリマ－30,1671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NPC intracellular cholesterol transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1671
ポリマ－30,1671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.145, 65.207, 68.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 NPC intracellular cholesterol transporter 1 / Niemann-Pick C1 protein


分子量: 30167.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15118
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M sodium malonate 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20421 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1522 / CC1/2: 0.772 / CC star: 0.933 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F18

5f18


解像度: 2.3→41.19 Å / SU ML: 0.2618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.6316
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 1088 5.33 %
Rwork0.1906 19333 -
obs0.1927 20421 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 0 160 3490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64594730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.57031221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40.31031360.24592292X-RAY DIFFRACTION93.21
2.4-2.530.27531340.22062437X-RAY DIFFRACTION98.36
2.53-2.690.25521110.20382449X-RAY DIFFRACTION98.65
2.69-2.90.26811270.20952424X-RAY DIFFRACTION98.12
2.9-3.190.29221450.21192383X-RAY DIFFRACTION96.9
3.19-3.650.2011490.19212460X-RAY DIFFRACTION99.13
3.65-4.60.1911390.16312397X-RAY DIFFRACTION96.57
4.6-41.190.19891470.16632491X-RAY DIFFRACTION98.1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る