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- PDB-8eu1: Ancestral PETase 35_442 Mutant F93L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eu1
タイトルAncestral PETase 35_442 Mutant F93L
要素Polyethylene terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE / PET / PETase / Plastic degradation / Ancestral Sequence Reconstruction
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Saunders, J.W. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ancestral PETase 35_442 Mutant F93L
著者: Saunders, J. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
履歴
登録2022年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyethylene terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5778
ポリマ－30,0881
非ポリマー4887
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.920, 148.624, 55.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

21A-426-

HOH

31A-464-

HOH

41A-478-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Polyethylene terephthalate hydrolase


分子量: 30088.240 Da / 分子数: 1 / 変異: F93L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ancestral PETase 35_442 Mutant F93L / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane pH 6.5, 0.2M Sodium potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→63.27 Å / Num. obs: 14586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 23.16 Å2 / CC1/2: 0.644 / Rmerge(I) obs: 1.086 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 1.146 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 183624 / Scaling rejects: 9193
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.23-2.39.76.6631270113070.4192.7087.2771.199.3
8.92-63.2711.70.11132182750.9850.0370.11715.699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QGC

6qgc


解像度: 2.23→63.27 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2941 675 4.8 %
Rwork0.2432 13402 -
obs0.2457 14077 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.16 Å2 / Biso mean: 30.2857 Å2 / Biso min: 18.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→63.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 31 78 2067
Biso mean--42.2 30.45 -
残基数----260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.23-2.40.60171160.55972376249287
2.4-2.640.40091400.37552589272995
2.64-3.030.32821400.269127402880100
3.03-3.810.27911280.187727942922100
3.81-63.270.18321510.142129033054100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5197-0.59430.0131.1269-0.32171.12990.0231-0.0365-0.3816-0.346-0.05810.0160.2170.3249-0.08010.3042-0.0004-0.01510.4614-0.05610.273617.31830.13356.8277
21.33191.02560.57031.15870.10281.1230.01380.09060.6281-0.2213-0.05550.1465-0.327-0.5709-0.01630.25750.1139-0.05390.330.0850.33021.841622.14079.3575
30.92510.3204-0.5162.7512-1.10381.2493-0.11110.14470.0564-0.71210.0864-0.18360.2021-0.23050.05880.2370.0654-0.02560.2052-0.11310.1825.6117.16795.7797
40.59810.33750.12510.9556-0.42760.5722-0.14660.1620.2048-0.31120.24530.092-0.06370.20660.0030.27610.055-0.02680.2679-0.0250.280712.943420.775311.5228
51.64091.11860.19491.3891-0.19620.91610.1591-0.35510.21110.3899-0.05810.2409-0.2339-0.2174-0.01180.26450.0617-0.03130.1529-0.00330.32397.646116.647519.161
61.264-0.05030.13690.98760.60471.23420.0231-0.13560.11670.10780.11410.00270.03950.1256-0.08170.27660.0014-0.01380.23120.01510.23824.138113.108319.8982
71.37910.82570.65281.81180.71491.36820.1775-0.19950.29610.1305-0.34130.3729-0.0671-0.0201-0.06340.30640.10750.10390.4559-0.07370.288837.936-8.118419.3798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )A2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 41 )A26 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 55 )A42 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 96 )A56 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 144 )A97 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 145 through 248 )A145 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 249 through 261 )A249 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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