PDB-8eu0: Ancestral PETase 35_442 Mutant E27Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eu0

タイトル

Ancestral PETase 35_442 Mutant E27Q

要素

Polyethylene terephthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PET / PETase / Plastic degradation / Ancestral Sequence Reconstruction

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Saunders, J.W. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ancestral PETase 35_442 Mutant E27Q
著者: Saunders, J. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2022年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eu0.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eu0.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qgcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyethylene terephthalate hydrolase

B: Polyethylene terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

60.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Polyethylene terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polyethylene terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.372, 68.372, 214.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Polyethylene terephthalate hydrolase 分子量: 30137.271 Da / 分子数: 2 / 変異: E27Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ancestral PETase 35_442 Mutant E27Q / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 278分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium fluoride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9536 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.06→59.21 Å / Num. obs: 36969 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.48 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.223 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 734925 / Scaling rejects: 791

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.06-2.12	19.7	3.434	55437	2809	0.39	0.79	3.525	1	100
8.98-59.21	16.7	0.06	9138	546	0.999	0.015	0.062	21.7	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QGC

6qgc

解像度: 2.06→57.07 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	1912	5.19 %
R_work	0.1893	34944	-
obs	0.1913	36856	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.54 Å² / B_iso mean: 45.8096 Å² / B_iso min: 27.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.06→57.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3960	0	40	266	4266
B_iso mean	-	-	60.51	48.85	-
残基数	-	-	-	-	524

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.06-2.11	0.3971	150	0.3138	2405	2555
2.11-2.17	0.3453	131	0.2978	2432	2563
2.17-2.23	0.3387	121	0.2946	2475	2596
2.23-2.3	0.2901	148	0.2812	2447	2595
2.3-2.39	0.2921	120	0.267	2483	2603
2.39-2.48	0.3323	116	0.2524	2465	2581
2.48-2.6	0.2956	130	0.2474	2494	2624
2.6-2.73	0.2747	131	0.2303	2492	2623
2.73-2.9	0.2836	157	0.2332	2442	2599
2.9-3.13	0.2722	140	0.2113	2505	2645
3.13-3.44	0.1822	134	0.1955	2509	2643
3.44-3.94	0.2	160	0.1518	2508	2668
3.94-4.96	0.1597	142	0.1388	2558	2700
4.96-57.07	0.198	132	0.1476	2729	2861

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4181	3.0538	-6.0837	4.6022	-2.311	5.9117	-0.4088	-0.5785	-0.1613	-0.7316	0.0404	-0.0609	0.8048	0.2354	0.3551	0.5923	0.0044	-0.0837	0.4366	-0.0179	0.3666	16.8449	-27.5862	-16.715
2	3.6463	1.0207	-0.0767	5.958	-1.4629	5.4665	-0.0166	0.4302	-0.148	-0.9566	0.1833	0.1992	0.0459	-0.0485	-0.1244	0.4618	0.0641	-0.1026	0.4561	0.0648	0.3889	18.0147	-7.722	-23.3171
3	1.4257	0.3759	0.2685	2.1307	0.1488	2.7428	0.0685	0.0433	0.0908	-0.0627	0.0032	0.0803	-0.1123	-0.0751	-0.0684	0.3172	0.0057	-0.0051	0.2975	0.0377	0.3691	21.1604	-9.4978	-6.4809
4	6.3331	2.0246	4.3009	3.8746	-0.9694	8.2144	-0.0391	-0.0814	-0.3454	0.0678	0.2414	-0.0965	0.0371	-0.1709	-0.2695	0.4008	-0.0309	0.0036	0.2818	0.0045	0.433	22.1145	-26.4295	-1.9041
5	2.2755	-0.7291	0.0704	6.3461	0.7448	3.1334	0.1162	0.0567	-0.0247	0.4152	-0.1176	-0.4812	0.3479	0.244	0.0068	0.3165	0.0162	-0.0529	0.3827	-0.0291	0.3416	51.7152	-0.8975	-20.6404
6	3.4799	-0.4716	0.8237	2.5509	-0.1034	2.365	0.1634	0.0734	0.3585	-0.1729	-0.035	-0.2453	-0.217	0.1207	-0.1205	0.4144	0.0038	0.0608	0.2967	0.0077	0.3534	46.6642	7.7719	-29.9586
7	1.8071	-0.0576	0.157	1.044	0.2327	1.4563	0.1926	0.1528	0.0255	-0.1216	-0.0349	-0.0143	0.0195	0.0449	-0.1576	0.5169	0.0583	-0.0044	0.3431	0.0084	0.3562	38.6934	-3.403	-35.729
8	7.6512	0.973	-2.3047	2.0293	0.6174	4.3916	-0.2128	-0.0758	-0.036	0.0673	-0.0609	-0.2032	0.232	-0.1319	0.3063	0.6517	0.0619	0.006	0.3234	0.0446	0.3689	36.2006	-14.4903	-34.9733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 25 )	A	0 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 55 )	A	26 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 232 )	A	56 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 233 through 261 )	A	233 - 261
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 55 )	B	0 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 56 through 154 )	B	56 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 155 through 241 )	B	155 - 241
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 242 through 261 )	B	242 - 261

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