ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | Aimless | 0.7.4データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | xia2 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QGC 解像度: 1.68→41.71 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.03 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1738 | 1659 | 4.96 % |
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Rwork | 0.1547 | 31806 | - |
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obs | 0.1556 | 33465 | 99.86 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 89.98 Å2 / Biso mean: 28.3937 Å2 / Biso min: 13.61 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→41.71 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1968 | 0 | 164 | 258 | 2390 |
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Biso mean | - | - | 53.75 | 36.69 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 261 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.68-1.73 | 0.3099 | 134 | 0.302 | 2591 | 2725 | 1.73-1.79 | 0.2912 | 145 | 0.268 | 2605 | 2750 | 1.79-1.85 | 0.292 | 142 | 0.2364 | 2610 | 2752 | 1.85-1.92 | 0.2251 | 142 | 0.1946 | 2616 | 2758 | 1.92-2.01 | 0.2176 | 145 | 0.1684 | 2589 | 2734 | 2.01-2.12 | 0.1575 | 126 | 0.1544 | 2677 | 2803 | 2.12-2.25 | 0.1767 | 148 | 0.1408 | 2594 | 2742 | 2.25-2.42 | 0.1723 | 123 | 0.1372 | 2677 | 2800 | 2.42-2.67 | 0.1681 | 141 | 0.1401 | 2654 | 2795 | 2.67-3.05 | 0.1844 | 119 | 0.1423 | 2687 | 2806 | 3.05-3.84 | 0.1414 | 125 | 0.1342 | 2707 | 2832 | 3.85-41.71 | 0.1466 | 169 | 0.1477 | 2799 | 2968 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 4.6794 | 0.5558 | -2.2142 | 1.934 | -1.7675 | 4.8225 | -0.0272 | 0.1516 | -0.1542 | -0.1955 | -0.0778 | 0.0386 | -0.013 | 0.0867 | 0.1137 | 0.191 | 0.0106 | -0.0392 | 0.1786 | -0.0394 | 0.1358 | 16.8039 | -0.5102 | 7.0563 | 2 | 0.9607 | 0.3544 | 0.0065 | 3.1264 | 0.897 | 2.0067 | -0.0662 | 0.083 | 0.1979 | -0.1343 | -0.0056 | 0.2521 | -0.1018 | -0.1057 | 0.0789 | 0.2016 | 0.0088 | -0.0439 | 0.2223 | 0.0323 | 0.2473 | 8.8673 | 17.9212 | 9.9216 | 3 | 3.8474 | 1.8943 | 1.6284 | 5.2499 | 1.7762 | 1.7399 | -0.0884 | -0.1088 | 0.3294 | -0.0487 | -0.0707 | 0.5825 | -0.1452 | -0.1101 | 0.183 | 0.1633 | 0.0048 | 0.0023 | 0.1958 | 0.0266 | 0.2342 | 3.276 | 14.5726 | 16.9758 | 4 | 1.6178 | 0.2136 | 0.1532 | 2.2906 | -0.3454 | 1.215 | -0.0161 | -0.0764 | 0.1992 | 0.1186 | -0.0541 | -0.0322 | -0.1667 | 0.0696 | 0.0676 | 0.1732 | -0.0063 | -0.0165 | 0.1742 | 0.0013 | 0.1644 | 22.3488 | 16.3847 | 21.3317 | 5 | 3.3429 | -0.55 | 0.9825 | 0.1413 | -0.1771 | 0.2932 | -0.0108 | 0.1102 | -0.1407 | -0.0096 | 0.031 | 0.0282 | -0.0405 | 0.0553 | -0.0359 | 0.2081 | -0.0089 | 0.0037 | 0.2575 | -0.0145 | 0.1917 | 30.5126 | -4.7309 | 17.0454 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 26 through 96 )A26 - 96 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 97 through 125 )A97 - 125 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 126 through 232 )A126 - 232 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'A' and (resid 233 through 261 )A233 - 261 | | | | | | | | | | |
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