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- PDB-8etx: Ancestral PETase 55_547 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8etx
タイトルAncestral PETase 55_547
要素Polyethylene terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE / PET / PETase / Plastic degradation / Ancestral Sequence Reconstruction
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Saunders, J.W. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Ancestral reconstruction of polyethylene terephthalate degrading cutinases reveals a rugged and unexplored sequence-fitness landscape.
著者: Vongsouthi, V. / Georgelin, R. / Matthews, D.S. / Saunders, J. / Lee, B.M. / Ton, J. / Damry, A.M. / Frkic, R.L. / Spence, M.A. / Jackson, C.J.
履歴
登録2022年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyethylene terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6589
ポリマ－30,0661
非ポリマー5928
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.166, 150.574, 55.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

EDO

21A-306-

NA

31A-308-

CL

41A-566-

HOH

51A-572-

HOH

61A-581-

HOH

71A-634-

HOH

-
要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyethylene terephthalate hydrolase


分子量: 30066.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ancestral PETase 55_547 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 286分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 0.2M Potassium Sodium Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→41.9 Å / Num. obs: 30223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 24.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 300463
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.7810.22.4221674316370.4420.7952.5511100
9.09-41.98.10.06520852570.9970.0240.0728.399.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QGC

6qgc


解像度: 1.75→41.9 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1937 1547 5.12 %
Rwork0.1658 28662 -
obs0.1672 30209 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.79 Å2 / Biso mean: 29.5049 Å2 / Biso min: 15.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1965 0 64 278 2307
Biso mean--50.23 34.85 -
残基数----261
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.75-1.810.31851340.293725792713
1.81-1.870.31961460.265925362682
1.87-1.950.24331220.229325912713
1.95-2.030.19461490.196825842733
2.03-2.140.20581530.184125602713
2.14-2.280.20531410.170725842725
2.28-2.450.19261490.157925802729
2.45-2.70.19811500.16426042754
2.7-3.090.21311300.16226242754
3.09-3.890.16691400.143926462786
3.89-41.90.16451330.144127742907
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4911.2453-2.49363.3549-2.98056.1373-0.02840.1163-0.3502-0.1284-0.0302-0.12240.190.22690.05220.20980.0197-0.01080.1914-0.05740.111916.9619-0.55647.0384
20.9990.73070.16333.86661.4041.7073-0.0540.06550.2932-0.0455-0.04870.2743-0.1507-0.08140.10860.19720.0143-0.03140.19450.02270.21719.114818.09379.8103
34.43893.29142.19457.00992.1951.9772-0.1518-0.21180.51880.0347-0.09680.6431-0.1981-0.05660.2870.16340.00460.01930.1853-0.00020.23093.579915.011717.2799
43.83721.98340.27143.50360.20071.3240.0821-0.18440.2450.2821-0.14380.0833-0.1723-0.0210.05150.2450.0037-0.00890.1632-0.01330.175220.425218.874823.5333
52.80330.02940.09925.45780.30025.1380.0146-0.28940.10830.3383-0.1311-0.1642-0.17490.28120.14940.1607-0.0145-0.02350.1932-0.00080.166527.392113.546125.9018
62.71342.2119-0.46345.6303-0.74171.6532-0.0360.14920.2058-0.226-0.0507-0.0313-0.10790.11830.10230.18060.0024-0.010.20740.02390.154123.923313.203512.2673
74.3649-0.89321.90140.2367-0.33340.84210.01180.0831-0.1722-0.03110.0632-0.0263-0.01550.0756-0.05840.2315-0.01510.010.2588-0.02180.193331.1614-5.361817.435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 96 )A26 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 125 )A97 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 186 )A126 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 187 through 205 )A187 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 206 through 232 )A206 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 233 through 261 )A233 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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