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- PDB-8etd: Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Rho1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8etd
タイトルCrystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Rho1
要素GTP-binding protein rho1
キーワードGENE REGULATION / GTPase / Rho / GDP / Evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / regulation of fungal-type cell wall (1->3)-alpha-glucan biosynthetic process / : / positive regulation of primary cell septum biogenesis / regulation of establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / PI3K/AKT activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G alpha (12/13) signalling events / RHO GTPases activate PKNs / RHOF GTPase cycle ...positive regulation of (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / regulation of fungal-type cell wall (1->3)-alpha-glucan biosynthetic process / : / positive regulation of primary cell septum biogenesis / regulation of establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / PI3K/AKT activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G alpha (12/13) signalling events / RHO GTPases activate PKNs / RHOF GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / positive regulation of mitotic division septum assembly / cell cortex of growing cell tip / regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / RHOD GTPase cycle / protein aggregate center / RHOA GTPase cycle / growing cell tip / regulation of fungal-type cell wall biogenesis / regulation of division septum assembly / Neutrophil degranulation / medial cortex / division septum / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endocytosis / signaling adaptor activity / cell projection / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of cell shape / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein rho1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Huang, Q. / Xie, J. / Seetharaman, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Other government シンガポール
引用ジャーナル: Biology (Basel) / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Rho1 Reveals Its Evolutionary Relationship with Other Rho GTPases.
著者: Huang, Q. / Xie, J. / Seetharaman, J.
履歴
登録2022年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein rho1
B: GTP-binding protein rho1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0456
ポリマ－45,1102
非ポリマー9354
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.691, 66.349, 75.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein rho1


分子量: 22555.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: rho1, SPAC1F7.04 / 発現宿主: Schizosaccharomyces (菌類) / 参照: UniProt: Q09914
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic tetrahydrate (pH 5.6), 1.9 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 12478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 617 / CC1/2: 0.514

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5zvp

5zvp


解像度: 2.78→39.14 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 604 4.92 %
Rwork0.1912 11679 -
obs0.1932 12283 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.02 Å2 / Biso mean: 23.7813 Å2 / Biso min: 3.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 58 128 2932
Biso mean--14.95 22.63 -
残基数----352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.78-3.060.27991640.236428833047
3.06-3.50.24941440.205729143058
3.5-4.410.22051610.170328943055
4.41-39.140.20281350.178229883123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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