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- PDB-8et0: Crystal Complex of murine Cyclooxygenase-2 with alpaca nanobody F9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8et0
タイトルCrystal Complex of murine Cyclooxygenase-2 with alpaca nanobody F9
要素
  • Prostaglandin G/H synthase 2
  • anti-cox-2 alpaca nanobody F9
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cyclooxygenase / nanobody / protein-antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Xu, S. / Banerjee, S. / Uddin, M.J. / Goodman, M.C. / Marnett, L.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM15431 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA089450 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal complex of murine cycloxygenase-2 with alpaca nanobody F9
著者: Xu, S. / Uddin, M.J.
履歴
登録2022年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: anti-cox-2 alpaca nanobody F9
D: anti-cox-2 alpaca nanobody F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,30112
ポリマ－165,1554
非ポリマー2,1468
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13240 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area50380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.526, 141.526, 90.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apalca nanobody / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 抗体 anti-cox-2 alpaca nanobody F9


分子量: 15244.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 513分子

#5: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID / (S)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, 40-75% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→141.53 Å / Num. obs: 190724 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 877793 / Scaling rejects: 39
反射 シェル解像度: 2.15→2.18 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 2.098 / Num. measured all: 39944 / Num. unique obs: 4570 / CC1/2: 0.491 / Rpim(I) all: 0.734 / Rrim(I) all: 2.225 / Net I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NT1

3nt1


解像度: 2.15→76.2 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 5762 3.02 %
Rwork0.181 184927 -
obs0.182 190689 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.61 Å2 / Biso mean: 60.35 Å2 / Biso min: 31.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→76.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10581 0 142 511 11234
Biso mean--76.13 55.82 -
残基数----1314
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.17170.34011790.3158565892
2.1717-2.19720.30111940.3136161100
2.1972-2.2240.31951900.2986134100
2.224-2.25220.34961920.30186192100
2.2522-2.28180.34171950.31616189100
2.2818-2.31310.31041920.29446174100
2.3131-2.34610.3341900.26796137100
2.3461-2.38120.29882010.25356231100
2.3812-2.41840.26861880.2476181100
2.4184-2.4580.27692000.24136188100
2.458-2.50040.27221960.23146228100
2.5004-2.54590.29271960.21786160100
2.5459-2.59480.26821940.22086218100
2.5948-2.64780.24861920.21886140100
2.6478-2.70540.22451970.20916223100
2.7054-2.76830.23721940.19776131100
2.7683-2.83760.22931850.20786226100
2.8376-2.91430.20721920.19756159100
2.9143-30.23771940.19236214100
3-3.09690.23671910.19786196100
3.0969-3.20760.24331940.18396101100
3.2076-3.3360.20781980.1816283100
3.336-3.48780.22431960.16996147100
3.4878-3.67170.1671920.15296123100
3.6717-3.90170.16561860.13756234100
3.9017-4.2030.17621840.14716178100
4.203-4.62590.18691980.13976213100
4.6259-5.29510.17061870.15256165100
5.2951-6.67070.24111830.19026172100
6.6707-76.20.17961920.1589617199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42310.1302-0.79890.7078-0.01813.5587-0.0494-0.30170.01570.2282-0.1473-0.1345-0.06940.34840.13250.4113-0.0493-0.0860.4477-0.00590.5138190.87-31.88722.997
27.8925-1.5734-5.00945.83861.14314.9908-0.16840.1227-0.44260.0494-0.0203-0.46080.35270.27760.13280.30770.0356-0.06460.4462-0.02760.4659190.107-48.5910.653
31.73891.149-0.85232.5128-1.2522.24310.0865-0.04870.4040.286-0.05080.156-0.2364-0.0186-0.02660.40830.0131-0.04640.3759-0.05820.4671173.71-23.717.876
40.82490.26110.0781.3776-0.41060.9624-0.0050.20080.1759-0.28150.02650.2640.1338-0.14570.00750.43830.0164-0.10650.437-0.02330.4228160.992-36.681-2.691
51.8644-1.403-0.27468.1683-1.44121.3903-0.03880.38380.0296-0.45140.09070.70640.0788-0.1896-0.04570.5063-0.0556-0.18570.526-0.02060.404155.424-39.867-8.032
61.32410.18260.20741.5031-0.09220.7124-0.00920.25150.1956-0.2926-0.03550.00660.01190.06550.04750.38460.0099-0.03420.41030.01550.3386175.591-32.022-0.688
71.87020.4704-0.18365.0233-3.38298.2356-0.13930.3345-0.2823-0.6999-0.0694-0.09880.41220.0910.16620.41430.0649-0.05810.3845-0.09830.3827170.104-51.838-6.095
80.93020.13060.04411.65840.28042.1733-0.1185-0.014-0.2104-0.2255-0.0603-0.01750.21310.07880.14820.46940.0131-0.03150.3470.02410.5896171.126-72.0420.186
97.3246-0.88516.45442.3355-1.62616.91910.25980.2352-0.2059-0.0791-0.1725-0.01410.32590.3264-0.14180.37760.0342-0.01840.3309-0.03290.3616170.634-59.2123.53
101.11460.4399-0.47272.3314-1.58133.34090.03040.0482-0.1314-0.07880.06810.40350.2509-0.5048-0.1110.3461-0.0149-0.08090.4393-0.02970.5785149.45-65.6119.625
111.69380.2823-0.18162.3817-0.30971.05950.0877-0.35550.19420.3437-0.07480.2433-0.2108-0.153-0.01270.3815-0.00290.03510.4445-0.10270.3559154.495-44.84937.965
125.50631.9918-0.3024.2852-0.54232.11110.0422-0.50290.48830.4659-0.01730.6562-0.2738-0.1229-0.04020.55470.03170.09920.5051-0.13320.4197153.736-38.2342.99
131.2270.3478-0.02071.6057-0.05180.78570.0711-0.3285-0.12350.2735-0.07450.24560.0519-0.09870.00520.4098-0.0233-0.00410.4260.01310.3724158.743-59.71536.942
146.31722.4525-4.37933.2779-2.38147.3620.2257-0.7305-0.06560.5042-0.2442-0.1134-0.27230.1883-0.02560.4174-0.0031-0.08950.4314-0.02670.3299171.929-44.0542.716
154.88620.2799-6.12290.0171-0.34947.67730.26420.9285-1.1223-0.0287-1.56254.0950.0912-1.52391.42410.48490.008-0.0860.701-0.05461.1748145.796-16.8274.306
169.30653.91945.091.78051.71144.21140.1145-0.13350.0951-0.7528-0.7771.0852-1.6728-0.69040.55031.38690.28280.44650.8103-0.25491.5464143.7694.4812.914
173.41432.68121.82232.7895-0.55856.86510.6959-0.54980.00250.3533-0.30260.1514-0.2373-0.922-0.39080.44780.00730.02720.621-0.05230.9165147.364-14.46310.172
185.6244-5.67370.0387.316-1.65724.9177-0.09710.10380.5122-0.46850.1568-0.0341-0.1379-0.0505-0.10130.4381-0.0085-0.080.4316-0.07150.6739155.319-13.7464.923
199.3072-4.79744.40238.2262-5.63664.0490.49460.94710.3811-1.04270.07520.4847-0.074-0.15-0.66110.92020.0904-0.09480.56140.02090.7489155.899-3.2251.418
204.5508-4.82695.32355.1872-5.7326.331-0.41390.36990.47390.1762-0.39960.5218-1.81970.90920.72250.8027-0.1528-0.18480.4912-0.06960.6357162.884-10.71211.811
219.77131.7695-5.78917.6346-1.76563.51170.1157-0.13510.86030.7770.7204-0.859-0.53420.1832-0.75191.0912-0.2429-0.24510.50950.06730.7724160.2682.02210.703
226.13714.01140.55618.30371.87137.34310.2541-0.96230.2681.8034-0.43370.8643-0.6518-0.64870.14850.8771-0.04020.08080.5546-0.07290.7054151.858-9.84714.983
237.2686-2.7772-3.18986.92681.86712.5371.17480.24250.61242.18660.10871.4049-1.9204-0.21-1.10421.51320.16580.22340.53160.09331.2467149.6455.7956.488
247.7596-6.9604-5.12068.96385.97616.38910.27140.02390.0619-0.5833-0.07860.7935-0.606-0.3672-0.22330.49860.0658-0.08710.4571-0.00440.7132152.512-12.5251.022
254.6351-0.47454.79392.2196-1.08235.1629-0.9962-0.83855.0004-0.046-0.7650.8433-1.4204-2.2261.77420.98820.2522-0.0781.13720.01531.2785130.065-43.31628.975
260.0843-0.5558-0.60843.65464.03094.989-0.5322-0.33051.4126-0.28030.27970.9457-0.07920.28090.30410.7122-0.1002-0.2492.2964-0.46351.443111.938-54.17419.227
276.28871.75980.27296.5301-1.08560.2780.20750.6847-0.5369-0.0359-0.05311.5004-0.3879-2.3071-0.07880.50210.0734-0.03681.3512-0.12531.0258131.649-50.927.019
284.0228-1.5183-3.35472.852-1.17115.3942-0.28690.0029-0.74440.49480.59550.79270.2954-0.8229-0.30330.722-0.28790.28281.6901-0.5031.5291123.998-59.24332.144
292.45240.92070.48790.35810.17090.08980.14590.7001-1.36620.0299-0.63031.19811.2289-1.81320.31090.8609-0.46450.0551.8252-0.65191.6805128.24-63.88722.967
301.9908-0.76410.79137.58680.08426.4688-0.96532.34650.5469-1.18660.01781.72880.3949-2.71440.90950.8357-0.0031-0.10651.9682-0.17480.9647129.661-51.92818.35
310.5158-0.17990.81751.28160.36722.1627-0.09431.1696-1.4305-0.37920.66920.09690.308-0.5205-0.26810.784-0.30590.19712.6998-0.87722.2196113.73-59.7825.314
323.7045-0.08074.27733.8082-2.50846.4940.22231.0670.28750.0057-0.73831.44310.1317-1.07470.48240.47580.01290.0121.2826-0.19111.1237131.624-52.59931.46
337.15211.73382.27070.95830.37190.86840.04540.340.13170.1636-0.47131.4147-0.1063-1.6597-0.02190.4610.09120.05351.5689-0.27351.281128.871-50.5733.244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 33:93 )A33 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 94:123 )A94 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 124:181 )A124 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 182:269 )A182 - 269
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 270:319 )A270 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 320:535 )A320 - 535
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 536:583 )A536 - 583
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 33:105 )B33 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 106:138 )B106 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 139:181 )B139 - 181
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 182:269 )B182 - 269
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 270:319 )B270 - 319
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 320:535 )B320 - 535
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 536:583 )B536 - 583
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 3:9 )C3 - 9
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 10:20 )C10 - 20
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 21:29 )C21 - 29
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 30:41 )C30 - 41
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 42:54 )C42 - 54
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 55:61 )C55 - 61
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 62:68 )C62 - 68
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 69:86 )C69 - 86
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 87:94 )C87 - 94
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN C AND RESID 95:118 )C95 - 118
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 3:9 )D3 - 9
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 10:20 )D10 - 20
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 21:41 )D21 - 41
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 43:54 )D43 - 54
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 55:69 )D55 - 69
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN D AND RESID 70:82 )D70 - 82
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN D AND RESID 88:94 )D88 - 94
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN D AND RESID 95:103 )D95 - 103
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN D AND RESID 104:118 )D104 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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