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- PDB-8es5: Aha1 domain protein from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8es5
タイトルAha1 domain protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Activator of HSP90 ATPase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized proteins
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START-like domain superfamily / Activator of HSP90 ATPase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Colautti, J. / Whitney, J.C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-175011 カナダ
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Lack of evidence that Pseudomonas aeruginosa AmpDh3-PA0808 constitute a type VI secretion system effector-immunity pair.
著者: Colautti, J. / Bullen, N.P. / Whitney, J.C.
履歴
登録2022年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activator of HSP90 ATPase
B: Activator of HSP90 ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2562
ポリマ－37,2562
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.250, 80.770, 161.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Activator of HSP90 ATPase / Aha-domain containing protein / Hydrophobic ligand-binding SRPBCC domain-containing protein / ...Aha-domain containing protein / Hydrophobic ligand-binding SRPBCC domain-containing protein / Polyketide cyclase


分子量: 18628.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: ALP65_01635, CAZ10_12280, CGU42_24225, E4V10_11310, E5D53_09975, ECC04_025130, GNQ48_22815, GUL26_32225, IPC112_06470, IPC113_16175, IPC114_06300, IPC115_16635, IPC116_21530, IPC117_23830, ...遺伝子: ALP65_01635, CAZ10_12280, CGU42_24225, E4V10_11310, E5D53_09975, ECC04_025130, GNQ48_22815, GUL26_32225, IPC112_06470, IPC113_16175, IPC114_06300, IPC115_16635, IPC116_21530, IPC117_23830, IPC118_24885, IPC119_22090, IPC120_22920, IPC121_15885, IPC122_14240, IPC123_21595, IPC127_17080, IPC128_12580, IPC129_14830, IPC1307_08390, IPC130_15985, IPC1311_05030, IPC1312_10265, IPC1313_09265, IPC1315_09230, IPC1316_28620, IPC1318_20315, IPC1321_08970, IPC1322_23855, IPC1323_24425, IPC1324_24975, IPC1325_28310, IPC1326_26955, IPC1327_26965, IPC1328_11460, IPC1330_07965, IPC1331_14515, IPC1332_07915, IPC1333_12745, IPC1334_21705, IPC1335_20030, IPC1337_13565, IPC1338_13970, IPC1339_06105, IPC1340_00685, IPC1342_19940, IPC1343_23115, IPC1345_07245, IPC1346_03305, IPC1347_03310, IPC1348_06420, IPC1349_24410, IPC137_09075, IPC141_05605, IPC142_12970, IPC143_04165, IPC1474_08160, IPC1479_23100, IPC1480_20605, IPC1481_16240, IPC1482_22755, IPC1485_20645, IPC1486_21520, IPC1487_28555, IPC1488_18465, IPC1489_25745, IPC1490_13950, IPC1491_29690, IPC1492_10880, IPC1494_24870, IPC1496_28030, IPC1498_25975, IPC1499_25640, IPC1502_29775, IPC1505_22755, IPC1506_24185, IPC1507_30140, IPC1508_08890, IPC1509_23845, IPC1510_21680, IPC1511_24065, IPC1514_13215, IPC1515_30070, IPC1516_27955, IPC1518_25615, IPC1519_18350, IPC1520_08810, IPC1521_25625, IPC1522_17760, IPC1523_10175, IPC1583_13105, IPC1584_18345, IPC1586_03650, IPC1588_18095, IPC1591_24450, IPC1593_10200, IPC1594_13515, IPC1595_12975, IPC1600_24650, IPC1603_10275, IPC1605_09630, IPC1606_09440, IPC161_18185, IPC162_05305, IPC163_12725, IPC164_03985, IPC165_12730, IPC166_14020, IPC167_12325, IPC168_09035, IPC169_12725, IPC170_03985, IPC171_03270, IPC177_20875, IPC179_27280, IPC180_28275, IPC181_29790, IPC184_20490, IPC26_11900, IPC29_03355, IPC30_27755, IPC31_29355, IPC32_19700, IPC34_03630, IPC35_03625, IPC36_07965, IPC37_27065, IPC38_26825, IPC41_08615, IPC42_15275, IPC43_05745, IPC44_00745, IPC45_00440, IPC46_12970, IPC47_09240, IPC48_17305, IPC49_09655, IPC50_11900, IPC51_17245, IPC56_22035, IPC574_22770, IPC575_22565, IPC576_10805, IPC577_20560, IPC578_20915, IPC579_18565, IPC57_23835, IPC580_19845, IPC582_21405, IPC584_19435, IPC586_09710, IPC589_06135, IPC58_23240, IPC596_15625, IPC597_18725, IPC598_15335, IPC599_12975, IPC600_15765, IPC601_18060, IPC602_15630, IPC603_24215, IPC604_25550, IPC605_21230, IPC606_28855, IPC607_17200, IPC608_16940, IPC609_08050, IPC610_20280, IPC611_25060, IPC612_29200, IPC613_08965, IPC614_25830, IPC615_04710, IPC616_29805, IPC618_12735, IPC61_15960, IPC620_07365, IPC621_16340, IPC622_13980, IPC623_23800, IPC624_25875, IPC625_17455, IPC627_19330, IPC629_16435, IPC630_18315, IPC632_18900, IPC633_13010, IPC634_20820, IPC737_22890, IPC73_23080, IPC74_22410, IPC75_00435, IPC76_01485, IPC77_21055, IPC78_18935, NCTC13621_07392, PA52Ts2_1801, PAMH19_4109
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: A0A072ZZS8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M Sodium malonate, 0.1 M HEPES:NaOH, 0.5% (w/v) Jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→40.38 Å / Num. obs: 39557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01791 / Rpim(I) all: 0.01791 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル解像度: 1.97→2.041 Å / Num. unique obs: 2215 / CC1/2: 0.855 / % possible all: 86.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6A

3q6a


解像度: 1.97→40.38 Å / SU ML: 0.2493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.6511
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1242 5 %
Rwork0.1934 23621 -
obs0.1952 24863 95.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→40.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 0 150 2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01962386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.57743236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0969356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1324316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.050.27681250.24152343X-RAY DIFFRACTION86.51
2.05-2.140.26131300.21412435X-RAY DIFFRACTION90.48
2.14-2.260.24311280.19992529X-RAY DIFFRACTION93.23
2.26-2.40.25781370.19892597X-RAY DIFFRACTION95.26
2.4-2.580.25851360.21462632X-RAY DIFFRACTION96.88
2.58-2.840.22981430.20822685X-RAY DIFFRACTION98.3
2.84-3.250.27371440.21822741X-RAY DIFFRACTION98.9
3.25-4.10.20071460.18042770X-RAY DIFFRACTION99.79
4.1-40.380.21321530.17592889X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.2232434387 Å / Origin y: 22.9800794029 Å / Origin z: 58.5398064488 Å
111213212223313233
T0.315318496259 Å20.04867886837 Å20.0276518875124 Å2-0.248966835831 Å2-0.0117157705068 Å2--0.238242884126 Å2
L2.8520874106 °20.583970207905 °20.502180078066 °2-1.49583413524 °20.201533908025 °2--1.46908821275 °2
S0.0114651650592 Å °-0.100305615532 Å °-0.0906209597891 Å °0.259891120486 Å °0.0594645258279 Å °0.0377924827544 Å °0.0611597354412 Å °0.0365669695646 Å °-0.0574945896952 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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