PDB-8erj: Crystal structure of Fub7 in complex with E-2-aminocrotonate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8erj

タイトル

Crystal structure of Fub7 in complex with E-2-aminocrotonate

要素

Sulfhydrylase FUB7

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / C-C bond formation

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusarium fujikuroi (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Hai, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Molecular and Structural Basis for C gamma-C Bond Formation by PLP-Dependent Enzyme Fub7.
著者: Liu, S. / Yeh, C. / Reavill, C. / Jones, B. / Zou, Y. / Hai, Y.

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8erj.cif.gz	824.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8erj.ent.gz	551.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8erj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8erj_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8erj_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8erj_validation.xml.gz	124.6 KB	表示
CIF形式データ	8erj_validation.cif.gz	173.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eqwC 8erbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfhydrylase FUB7

B: Sulfhydrylase FUB7

C: Sulfhydrylase FUB7

D: Sulfhydrylase FUB7

E: Sulfhydrylase FUB7

F: Sulfhydrylase FUB7

G: Sulfhydrylase FUB7

H: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

397 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

C: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
99.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

D: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

G: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Sulfhydrylase FUB7

H: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	190.957, 194.746, 146.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.318, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-623- HOH
2	1	B-620- HOH
3	1	C-631- HOH
4	1	D-624- HOH

#1: タンパク質	Sulfhydrylase FUB7 / Fusaric acid biosynthesis protein 7 分子量: 49236.988 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: FUB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: S0DUX5, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物	ChemComp-4LM / (2E)-2-{[(1E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}but-2-enoic acid 分子量: 330.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-WQF / (2S)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]but-3-enoic acid / Fusaric acid biosynthesis protein 7 分子量: 332.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₂H₁₇N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION 参照: 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium malonate pH 6.0, 25% PEG 3350, crystal soaked with 10 mM L-vinylglcyine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→60 Å / Num. obs: 219273 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.64 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 10780 / CC_1/2: 0.776

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: alphafold

解像度: 2.16→49.22 Å / SU ML: 0.2266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7074
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	11268	5.15 %
R_work	0.1775	207718	-
obs	0.179	218986	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→49.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26454	0	44	1061	27559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	27189
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9603	36951
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0615	4047
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	4780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6303	3773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.18	0.3424	278	0.3148	5828	X-RAY DIFFRACTION	83
2.18-2.21	0.3332	395	0.2855	6912	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.21-2.23	0.3155	403	0.2619	6905	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.23-2.26	0.2943	360	0.2533	6972	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.26-2.29	0.3031	358	0.2491	6953	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.29-2.32	0.2922	381	0.2429	6970	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.32-2.36	0.2804	350	0.2365	6978	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.36-2.39	0.2679	368	0.2319	6957	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.39-2.43	0.2596	446	0.2102	6888	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.43-2.47	0.2685	454	0.2102	6882	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.47-2.51	0.2474	384	0.203	6952	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.51-2.56	0.2431	407	0.205	6932	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.56-2.61	0.2331	436	0.1962	6932	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.61-2.66	0.2271	382	0.191	6968	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.66-2.72	0.205	346	0.1848	7035	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.72-2.78	0.2174	361	0.1827	6977	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.78-2.85	0.2209	363	0.1801	6958	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.85-2.93	0.2292	354	0.1857	7005	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.93-3.01	0.195	363	0.176	6919	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.01-3.11	0.2041	335	0.1754	6829	X-RAY DIFFRACTION	96.73
3.11-3.22	0.203	363	0.1696	6915	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.22-3.35	0.2027	377	0.1692	7020	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.35-3.5	0.1957	388	0.1686	7015	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.5-3.69	0.1818	377	0.158	7032	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.69-3.92	0.1634	407	0.1483	6968	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.92-4.22	0.1515	390	0.1402	7010	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.22-4.64	0.1487	394	0.1328	7011	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.64-5.32	0.1529	383	0.1418	7040	X-RAY DIFFRACTION	99.77
5.32-6.69	0.1724	338	0.1652	6952	X-RAY DIFFRACTION	98.06
6.7-49.22	0.1524	327	0.1419	7003	X-RAY DIFFRACTION	97.38

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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