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万見
- PDB-8erg: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain hexagonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8erg
タイトルHTLV-1 capsid protein N-terminal domain hexagonal crystal form
要素capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / structural molecule activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger ...Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HTLV-1 subtype C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214344/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain hexagonal crystal form
著者: Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2412
ポリマ－14,1451
非ポリマー961
水36020
1
A: capsid protein p24
ヘテロ分子

A: capsid protein p24
ヘテロ分子

A: capsid protein p24
ヘテロ分子

A: capsid protein p24
ヘテロ分子

A: capsid protein p24
ヘテロ分子

A: capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,44612
ポリマ－84,8706
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.620, 74.620, 73.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 capsid protein p24


分子量: 14144.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HTLV-1 subtype C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: U3RC00
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M (NH4)SO4, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.61 Å / Num. obs: 7949 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 32.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 263835 / Scaling rejects: 74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.1125.51.549126194940.4880.3011.5842.481.7
8.95-48.6126.40.08536501380.9990.0160.08737.799.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.82 Å49.08 Å
Translation3.82 Å49.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 prediction

解像度: 2.1→48.61 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 738 9.79 %
Rwork0.24 6797 -
obs0.243 7535 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.27 Å2 / Biso mean: 43.7232 Å2 / Biso min: 18.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数975 0 5 20 1000
Biso mean--37 37.81 -
残基数----124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.260.36471460.273513071453
2.26-2.490.28821390.263613331472
2.49-2.850.29831400.255313331473
2.85-3.590.26671530.244813511504
3.59-48.610.24221600.22114731633
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.4039 Å / Origin y: 26.1514 Å / Origin z: 17.0932 Å
111213212223313233
T0.1653 Å2-0.0147 Å20.0354 Å2-0.232 Å2-0.028 Å2--0.2638 Å2
L1.819 °20.7231 °20.8345 °2-4.0928 °22.1044 °2--3.7007 °2
S0.0922 Å °-0.1033 Å °0.1171 Å °-0.2754 Å °-0.1779 Å °-0.012 Å °-0.1162 Å °0.0198 Å °0.0715 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 127)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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