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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8erg | ||||||
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タイトル | HTLV-1 capsid protein N-terminal domain hexagonal crystal form | ||||||
要素 | capsid protein p24カプシド | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / capsid (カプシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HTLV-1 subtype C (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain hexagonal crystal form 著者: Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8erg.cif.gz | 85.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8erg.ent.gz | 64.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8erg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14144.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HTLV-1 subtype C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: U3RC00 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M (NH4)SO4, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, pH7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→48.61 Å / Num. obs: 7949 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 32.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 263835 / Scaling rejects: 74 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold2 prediction 解像度: 2.1→48.61 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.27 Å2 / Biso mean: 43.7232 Å2 / Biso min: 18.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→48.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -4.4039 Å / Origin y: 26.1514 Å / Origin z: 17.0932 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 1 through 127) |