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万見
- PDB-8erf: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain orthorhombic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8erf
タイトルHTLV-1 capsid protein N-terminal domain orthorhombic crystal form
要素capsid protein p24カプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Capsid (カプシド)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle ...Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HTLV-1 subtype C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214344/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain orthorhombic crystal form
著者: Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein p24
B: capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3863
ポリマ－28,2902
非ポリマー961
水3,945219
1
A: capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1451
ポリマ－14,1451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2412
ポリマ－14,1451
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.769, 77.323, 101.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 capsid protein p24 / カプシド


分子量: 14144.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HTLV-1 subtype C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: U3RC00
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M (NH4)SO4, 25% PEG 4000, 0.1 M Na acetate, pH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→42.55 Å / Num. obs: 42553 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 15.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 553859 / Scaling rejects: 231
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.4912.20.7132364419390.8570.210.7442.495.1
8.03-42.5510.30.04633373240.9980.0150.04836.499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å42.55 Å
Translation3.8 Å42.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2 prediction

解像度: 1.47→42.55 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 4311 10.15 %
Rwork0.1817 38154 -
obs0.1842 42465 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.28 Å2 / Biso mean: 24.1318 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→42.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 5 219 2208
Biso mean--14.51 28.69 -
残基数----253
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.47-1.480.33551300.30151120125092
1.48-1.50.26081420.232912581400100
1.5-1.520.22311450.209612521397100
1.52-1.540.22241440.210912881432100
1.54-1.560.24471660.185111861352100
1.56-1.580.21991470.189112501397100
1.58-1.60.20331390.182712661405100
1.6-1.630.22331240.180513061430100
1.63-1.650.22211130.182812571370100
1.65-1.680.21281650.191312341399100
1.68-1.710.19111370.186412931430100
1.71-1.740.22821440.184812281372100
1.74-1.770.21261730.18412531426100
1.77-1.810.1921320.175212861418100
1.81-1.850.22421390.185312401379100
1.85-1.890.21371440.199312781422100
1.89-1.940.24871350.195512851420100
1.94-1.990.22071440.179212421386100
1.99-2.050.18971490.178212861435100
2.05-2.120.19351290.171212611390100
2.12-2.190.17121290.160313251454100
2.19-2.280.16661370.158412511388100
2.28-2.380.20091380.161113111449100
2.38-2.510.17251610.165912521413100
2.51-2.670.18531570.167112811438100
2.67-2.870.19281360.182113131449100
2.87-3.160.21291370.181813001437100
3.16-3.620.2051560.1813021458100
3.62-4.560.1941560.160913401496100
4.56-42.550.25741630.219614101573100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.855-3.0291-0.16547.3131-1.41461.2678-0.3031-0.67541.18191.05750.12650.198-0.58420.06850.0860.31040.0328-0.00820.1871-0.09730.559115.845426.468315.5098
22.35273.04611.43378.7267-4.10748.970.10570.098-0.1531-0.1147-0.0342-0.19040.32960.191-0.02830.12380.0274-0.00610.18150.00780.118622.515310.210420.9515
33.51632.2759-0.1967.4743-1.16065.4725-0.1071-0.3249-0.12420.06280.1026-0.21340.2929-0.058-0.05070.09910.053-0.01870.1928-0.00520.107811.74688.181322.8651
43.4884-0.88520.6461.3228-0.47491.45370.0070.17080.0635-0.0429-0.0095-0.04160.0454-0.0290.00410.08970.00040.00610.0923-0.00020.07986.170713.28617.3374
55.2669-0.1509-0.0977.4281-0.43943.8041-0.0286-0.1572-0.1390.18810.13530.08840.2348-0.0572-0.08990.07590.0078-0.00540.1084-0.00820.06384.415711.466414.7596
63.2254-0.7726-0.95293.4061-3.49884.5784-0.01710.5107-0.8753-1.0918-0.0601-0.11660.731-0.01320.13790.3166-0.0139-0.04280.1692-0.02970.361329.2515-2.422237.1675
73.88291.5198-4.76014.30740.22598.44070.00970.0756-0.4796-0.2462-0.2292-0.83650.19490.54090.51930.10230.0075-0.02630.15830.05480.20135.14226.348139.2714
83.0029-3.32392.46815.2078-4.55084.14740.0222-0.2763-0.2450.1774-0.1748-0.1995-0.19740.31670.08110.1544-0.0156-0.02570.21290.02980.139438.663916.065230.9517
93.7562-1.30892.56643.56383.18697.11080.20270.61931.5881-0.2757-0.1835-1.1449-1.0730.8935-0.10750.3447-0.07440.0180.22610.11330.384729.652526.534627.7684
105.3256-3.07431.80121.8259-1.0253.9640.07740.18730.2162-0.0468-0.1613-0.2051-0.2840.21490.08970.1282-0.0090.00320.13320.02260.082526.637415.859628.0435
112.73740.7667-0.52521.6950.22811.90230.1079-0.1890.2928-0.0324-0.0402-0.038-0.16250.0343-0.07050.1123-0.0157-0.00530.1123-0.00490.089822.997919.760942.1733
123.49561.0405-1.15661.2870.10823.01560.0184-0.2159-0.0950.2117-0.0380.0521-0.0774-0.1041-0.01250.1046-0.0096-0.00670.1290.00820.085418.668311.544841.6329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 27 )A17 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 48 )A28 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 106 )A49 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 127 )A107 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 16 )B11 - 16
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 17 through 26 )B17 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 34 )B27 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 35 through 48 )B35 - 48
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 49 through 85 )B49 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 86 through 126 )B86 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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