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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ere | ||||||
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タイトル | HTLV-1 capsid protein N-terminal domain triclinic crystal form | ||||||
要素 | capsid protein p24カプシド | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / capsid (カプシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HTLV-1 subtype C (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.87 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: HTLV-1 capsid protein N-terminal domain triclinic crystal form 著者: Yu, R.J. / Li, N. / Jacques, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ere.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ere.ent.gz | 72.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ere.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8ere ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8ere | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14144.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HTLV-1 subtype C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: U3RC00 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% ethylene glycol, 10% PEG 8K, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.7999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.7999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.87→31.31 Å / Num. obs: 84819 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 8.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 565868 / Scaling rejects: 1937 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Alphafold2 prediction 解像度: 0.87→31.31 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 11.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 38.79 Å2 / Biso mean: 10.5308 Å2 / Biso min: 5.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.87→31.31 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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