PDB-8erb: Crystal structure of Fub7 in complex with vinylglycine ketimine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8erb

タイトル

Crystal structure of Fub7 in complex with vinylglycine ketimine

要素

Sulfhydrylase FUB7

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / C-C bond formation

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusarium fujikuroi (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Hai, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Molecular and Structural Basis for C gamma-C Bond Formation by PLP-Dependent Enzyme Fub7.
著者: Liu, S. / Yeh, C. / Reavill, C. / Jones, B. / Zou, Y. / Hai, Y.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8erb.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8erb.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8erb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8erb_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8erb_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	8erb_validation.xml.gz	252.4 KB	表示
CIF形式データ	8erb_validation.cif.gz	345.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eqwSC 8erjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfhydrylase FUB7

B: Sulfhydrylase FUB7

C: Sulfhydrylase FUB7

D: Sulfhydrylase FUB7

G: Sulfhydrylase FUB7

H: Sulfhydrylase FUB7

F: Sulfhydrylase FUB7

I: Sulfhydrylase FUB7

P: Sulfhydrylase FUB7

J: Sulfhydrylase FUB7

M: Sulfhydrylase FUB7

Q: Sulfhydrylase FUB7

N: Sulfhydrylase FUB7

E: Sulfhydrylase FUB7

L: Sulfhydrylase FUB7

K: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

760 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Sulfhydrylase FUB7

C: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Sulfhydrylase FUB7

D: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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3

G: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

L: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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4

H: Sulfhydrylase FUB7

K: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Sulfhydrylase FUB7

P: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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6

I: Sulfhydrylase FUB7

J: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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7

M: Sulfhydrylase FUB7

E: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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8

N: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

Q: Sulfhydrylase FUB7

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.703, 193.364, 149.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Sulfhydrylase FUB7 / Fusaric acid biosynthesis protein 7 分子量: 47180.879 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: FUB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: S0DUX5, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物	ChemComp-WBJ / (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]but-3-enoic acid 分子量: 330.230 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 6.0, 25% PEG 3350, crystals soaked with 2 mM O-acetyl-L-homoserine for 5 min.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→60 Å / Num. obs: 565830 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.83 Å² / CC_1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 28182 / CC_1/2: 0.755

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8EQW

8eqw

解像度: 1.98→47.75 Å / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.7055
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	28235	5.03 %
R_work	0.2004	533120	-
obs	0.2017	561355	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	52617	0	352	2267	55236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	54324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2547	73811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0882	8083
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	9557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1032	7479

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.2831	844	0.2447	16790	X-RAY DIFFRACTION	93.18
2-2.03	0.2737	917	0.2335	17899	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.03-2.05	0.319	918	0.2798	17872	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.05-2.08	0.4359	901	0.4143	17565	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.08-2.11	0.3377	961	0.2916	17653	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.11-2.14	0.2748	950	0.2201	17870	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.14-2.17	0.2597	917	0.2122	18062	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.17-2.2	0.2464	948	0.2086	17832	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.2-2.23	0.3163	938	0.2722	17380	X-RAY DIFFRACTION	96.98
2.23-2.27	0.4918	799	0.4578	16158	X-RAY DIFFRACTION	89.4
2.27-2.31	0.281	872	0.2357	17763	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.31-2.35	0.2427	996	0.1985	17820	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.35-2.4	0.236	956	0.195	17938	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.4-2.44	0.2147	949	0.1905	17962	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.44-2.5	0.2224	972	0.1881	17948	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.56	0.2434	993	0.1978	17871	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.56-2.62	0.2327	955	0.1963	17945	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.62-2.69	0.2661	950	0.22	17904	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.69-2.77	0.2412	950	0.2009	17962	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.77-2.86	0.2263	932	0.1937	17919	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.86-2.96	0.2198	996	0.1978	17821	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.96-3.08	0.2304	950	0.1996	17929	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.08-3.22	0.2077	930	0.1881	17906	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.22-3.39	0.212	936	0.1896	17954	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.39-3.6	0.2076	982	0.1886	17885	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.6-3.88	0.1908	952	0.1743	17881	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.88-4.27	0.1639	960	0.1517	17979	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.27-4.89	0.1483	968	0.1334	18041	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.89-6.15	0.1677	1027	0.1542	17992	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.16-47.75	0.1501	916	0.1472	17619	X-RAY DIFFRACTION	96.35

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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