PDB-8er5: Crystal Structure of NlpC/P60 domain from Clostridium innocuum Nl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8er5

タイトル

Crystal Structure of NlpC/P60 domain from Clostridium innocuum NlpC/P60 domain-containing protein CI_01448.

要素

NlpC/P60 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / NlpC/P60 domain / peptidoglycan hydrolase / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

: / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

[Clostridium] innocuum 2959 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of NlpC/P60 domain from Clostridium innocuum NlpC/P60 domain-containing protein CI_01448.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8er5.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8er5.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8er5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8er5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8er5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP98324.401

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NlpC/P60 domain-containing protein

B: NlpC/P60 domain-containing protein

ヘテロ分子

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.954, 51.954, 157.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-713- HOH

#1: タンパク質	NlpC/P60 domain-containing protein 分子量: 12531.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) [Clostridium] innocuum 2959 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1094_01267 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)Magic / 参照: UniProt: N9VDX5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein: 10.0 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: AmSO4 (G4), 1.0M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES sodium salt pH 5.6, 2% (w/v) PEG 400; Cryo: 2M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月18日 / 詳細: BE
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 19632 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.5 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.149 / R_sym value: 0.137 / Χ²: 1.202 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 959 / CC_1/2: 0.779 / CC star: 0.936 / R_pim(I) all: 0.357 / R_rim(I) all: 0.928 / R_sym value: 0.856 / Χ²: 1.008 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.874 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	995	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1561	-	-	-
obs	0.1584	18593	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.84 Å² / B_iso mean: 22.028 Å² / B_iso min: 14.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0.18 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.92→29.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1734	0	60	291	2085
B_iso mean	-	-	47.28	33.98	-
残基数	-	-	-	-	251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.621	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.338	1.564	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.946	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.972	22.381	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.208	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.612	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.055	0.02	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.05	0.02	423

LS精密化シェル

解像度: 1.921→1.971 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	64	-
R_work	0.21	1353	-
all	-	1417	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3034	-1.0204	-0.3377	0.6029	0.2435	1.7719	-0.1291	-0.0998	0.2626	-0.0922	0.0033	-0.119	-0.0512	0.3196	0.1258	0.1596	0.0653	-0.0005	0.1484	0.0276	0.0862	9.7798	0.6752	13.726
2	0.5285	0.3622	-0.7166	1.5698	-0.3452	2.4275	-0.1093	0.0241	-0.0258	0.0017	0.043	0.083	0.215	0.0787	0.0663	0.0968	0.0691	0.015	0.0821	0.0119	0.0615	9.8694	-4.8659	8.3772
3	3.1437	-1.1796	-0.5757	1.9498	0.077	4.3978	-0.0556	-0.0359	0.1693	0.078	-0.0969	-0.0951	-0.2356	0.3598	0.1525	0.0341	0.0104	-0.009	0.1014	0.0153	0.0602	19.978	4.8362	17.0437
4	3.2678	-2.0774	0.5634	6.0041	0.6705	0.8497	-0.1402	0.1116	-0.1886	0.1795	0.0022	0.0858	0.2032	0.1804	0.138	0.1007	0.0709	0.0652	0.1178	0.0352	0.0874	17.2511	-5.9213	16.9281
5	2.6266	2.8531	0.3328	3.2579	0.7493	1.7069	-0.0162	-0.2015	-0.0259	0.0893	-0.1483	0.0513	0.1722	0.1058	0.1645	0.1014	0.0729	0.034	0.0673	0.0201	0.0631	8.5189	-5.2938	22.5156
6	2.888	0.7915	-1.6506	2.5174	-1.5726	4.6712	-0.009	-0.2713	-0.179	0.0192	-0.229	-0.1362	0.1118	0.6322	0.2379	0.0425	0.0566	0.0013	0.1362	0.0425	0.0653	19.4782	-4.1491	21.8639
7	9.806	2.349	2.9438	0.6848	0.4529	2.0675	-0.0992	0.35	-0.3159	-0.0422	0.1166	-0.0415	0.0212	-0.0159	-0.0174	0.0551	0.0261	0.0059	0.0578	-0.0175	0.0682	-9.5219	1.9877	4.5003
8	1.4621	-0.7808	0.3121	6.114	0.4786	2.2179	0.0132	-0.0906	-0.0393	-0.0693	-0.0735	-0.0603	-0.1692	0.0455	0.0602	0.0646	0.0432	0.0077	0.0653	0.0034	0.0484	-0.914	16.6917	16.6134
9	1.0322	-0.6293	-0.2865	3.2241	2.058	4.9251	0.0534	0.0952	0.0486	-0.0171	0.0371	-0.0723	-0.1875	0.1775	-0.0905	0.0449	0.025	-0.0063	0.0401	-0.003	0.037	-0.4882	15.657	10.8717
10	3.1617	0.9732	-0.1409	0.6026	-0.9358	2.854	-0.0834	0.1839	-0.0396	-0.006	0.0557	0.0044	-0.084	-0.1953	0.0278	0.0895	0.0585	0.0032	0.1766	-0.0474	0.1125	-11.6041	10.8485	6.1348
11	2.045	0.7426	0.4	0.642	0.727	2.2334	0.0132	0.0382	-0.0544	0.0716	-0.0638	0.0223	-0.1221	-0.0987	0.0506	0.1059	0.0521	-0.0089	0.1144	-0.0057	0.1062	-10.4142	14.6574	17.352
12	1.7059	-0.8592	-1.1436	1.2408	0.673	4.805	-0.0202	0.1976	-0.0887	0.0586	-0.1098	0.0608	-0.1052	-0.4844	0.13	0.0124	0.0147	-0.0052	0.0672	-0.0103	0.0422	-17.2125	12.136	15.1135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	289 - 315
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	316 - 348
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	349 - 363
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	364 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	376 - 397
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	398 - 414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	290 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	302 - 318
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	319 - 337
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	338 - 365
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	366 - 393
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	394 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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