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- PDB-8er0: X-ray crystal structure of Tet(X6) bound to anhydrotetracycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8er0
タイトルX-ray crystal structure of Tet(X6) bound to anhydrotetracycline
要素Flavin-dependent monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Tetracycline destructase / FAD-linked reductases / FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent monooxygenase TetX / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chryseobacterium oncorhynchi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kumar, H. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2U01AI123394 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of anhydrotetracycline-bound Tet(X6) reveals the mechanism for inhibition of type 1 tetracycline destructases.
著者: Kumar, H. / Williford, E.E. / Blake, K.S. / Virgin-Downey, B. / Dantas, G. / Wencewicz, T.A. / Tolia, N.H.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent monooxygenase
B: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7196
ポリマ－91,2952
非ポリマー2,4244
水4,738263
1
A: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8603
ポリマ－45,6481
非ポリマー1,2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8603
ポリマ－45,6481
非ポリマー1,2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.086, 52.212, 94.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Flavin-dependent monooxygenase / TetX monooxygenase / TetX


分子量: 45647.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chryseobacterium oncorhynchi (バクテリア)
遺伝子: tet(X) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A316WTJ0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A0A316WTJ0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-TDC / 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE / アンヒドロテトラサイクリン


分子量: 426.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.84 Å / Num. obs: 43044 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.64 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 3705 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WG9

6wg9


解像度: 2.2→19.84 Å / SU ML: 0.2225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1565
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 2003 4.66 %
Rwork0.1925 40939 -
obs0.1944 42942 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5877 0 168 263 6308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59418382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.83712294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.28981380.25442858X-RAY DIFFRACTION97.02
2.25-2.320.26461370.22732919X-RAY DIFFRACTION99.22
2.32-2.380.22961420.22272907X-RAY DIFFRACTION99.22
2.38-2.460.29561510.21982918X-RAY DIFFRACTION99.32
2.46-2.550.31631280.21552938X-RAY DIFFRACTION99.32
2.55-2.650.26821510.21552916X-RAY DIFFRACTION99.42
2.65-2.770.23031430.21492943X-RAY DIFFRACTION99.45
2.77-2.920.281400.20892941X-RAY DIFFRACTION99.29
2.92-3.10.25511490.21542866X-RAY DIFFRACTION96.91
3.1-3.340.26161370.19862805X-RAY DIFFRACTION95.64
3.34-3.670.21011460.17982984X-RAY DIFFRACTION99.75
3.67-4.20.18041470.16842964X-RAY DIFFRACTION99.94
4.2-5.270.18331450.14763006X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.9236748906 Å / Origin y: 4.75860543734 Å / Origin z: 24.5904379495 Å
111213212223313233
T0.234300194767 Å2-0.00471880109014 Å20.000806795629943 Å2-0.169330240339 Å20.0087793420769 Å2--0.212097489712 Å2
L0.279986721021 °2-0.0269190801021 °2-0.03326412065 °2-0.158037402085 °20.0664034474783 °2--0.318229539391 °2
S0.00530246916117 Å °-0.0868569358822 Å °-0.00546654099523 Å °-0.00982386944929 Å °0.0106006141303 Å °0.0358180347045 Å °0.00808523144996 Å °0.000909821035745 Å °-0.0175681754086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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