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- PDB-8eqm: Structure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eqm
タイトルStructure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-red light
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 13
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Far-red / photosystem II / cyanobacteria / chlorophyll
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / extrinsic component of membrane ...cytochrome c-heme linkage / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbX ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL D / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll F / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL D / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll F / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome c-550 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center X protein / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gisriel, C.J. / Shen, G. / Flesher, D.A. / Kurashov, V. / Golbeck, J.H. / Brudvig, G.W. / Amin, M. / Bryant, D.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM140174 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of a dimeric photosystem II complex from a cyanobacterium acclimated to far-red light.
著者: Christopher J Gisriel / Gaozhong Shen / David A Flesher / Vasily Kurashov / John H Golbeck / Gary W Brudvig / Muhamed Amin / Donald A Bryant /
要旨: Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme central to oxygenic photosynthesis. To drive water oxidation, light is harvested by accessory pigments, mostly chlorophyll (Chl) a molecules, which ...Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme central to oxygenic photosynthesis. To drive water oxidation, light is harvested by accessory pigments, mostly chlorophyll (Chl) a molecules, which absorb visible light (400-700 nm). Some cyanobacteria facultatively acclimate to shaded environments by altering their photosynthetic machinery to additionally absorb far-red light (FRL, 700-800 nm), a process termed far-red light photoacclimation or FaRLiP. During far-red light photoacclimation, FRL-PSII is assembled with FRL-specific isoforms of the subunits PsbA, PsbB, PsbC, PsbD, and PsbH, and some Chl-binding sites contain Chls d or f instead of the usual Chl a. The structure of an apo-FRL-PSII monomer lacking the FRL-specific PsbH subunit has previously been determined, but visualization of the dimeric complex has remained elusive. Here, we report the cryo-EM structure of a dimeric FRL-PSII complex. The site assignments for Chls d and f are consistent with those assigned in the previous apo-FRL-PSII monomeric structure. All sites that bind Chl d or Chl f at high occupancy exhibit a FRL-specific interaction of the formyl moiety of the Chl d or Chl f with the protein environment, which in some cases involves a phenylalanine sidechain. The structure retains the FRL-specific PsbH2 subunit, which appears to alter the energetic landscape of FRL-PSII, redirecting energy transfer from the phycobiliprotein complex to a Chl f molecule bound by PsbB2 that acts as a bridge for energy transfer to the electron transfer chain. Collectively, these observations extend our previous understanding of the structure-function relationship that allows PSII to function using lower energy FRL.
履歴
登録2022年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: Photosystem II reaction center X protein
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: Photosystem II reaction center X protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,028164
ポリマ－601,92932
非ポリマー100,099132
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Photosystem II ... , 13種, 26分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmOoTtUuXx

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1


分子量: 39958.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56440.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKI1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa proteinPSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 52375.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKI2
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39596.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKI3
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H


分子量: 7247.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKI0
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4229.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WM03
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K


分子量: 5069.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WR12
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L


分子量: 4566.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WII3
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 3980.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335
#12: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide


分子量: 29319.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKJ1
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T


分子量: 3606.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: A0A2W4UG77
#14: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 17325.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WMT5
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4273.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WIZ7

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9136.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WII1
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5023.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WKJ2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 Vv

#15: タンパク質 Cytochrome c-550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 18814.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WI32

-
糖 , 2種, 8分子

#28: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#33: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 714分子

#17: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#18: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#19: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#21: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#22: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#23: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#24: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#25: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium


分子量: 905.457 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物 ChemComp-CL7 / CHLOROPHYLL D


分子量: 895.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#31: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#32: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#34: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Far-red light-acclimated photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3, #1-#2, #4-#16 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 0.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 41.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90191 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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