PDB-8eqe: Co-crystal structure of PERK with compound 26

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eqe

タイトル

Co-crystal structure of PERK with compound 26

要素

Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3

キーワード

TRANSFERASE / kinase / PERK / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response ...regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / negative regulation of myelination / endocrine pancreas development / ALK mutants bind TKIs / endoplasmic reticulum organization / cellular response to cold / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ER overload response / bone mineralization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to glucose starvation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of translational initiation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal system development / calcium-mediated signaling / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.559 Å

データ登録者

Zhu, G. / Surman, M.D. / Mulvihill, M.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Pharmaceutics / 年: 2022
タイトル: Optimization of a Novel Mandelamide-Derived Pyrrolopyrimidine Series of PERK Inhibitors.
著者: Stokes, M.E. / Surman, M.D. / Calvo, V. / Surguladze, D. / Li, A.H. / Gasparek, J. / Betzenhauser, M. / Zhu, G. / Du, H. / Rigby, A.C. / Mulvihill, M.J.

履歴

登録	2022年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eqe.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eqe.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8eqe_validation.pdf.gz	727.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eqe_full_validation.pdf.gz	729.4 KB	表示
XML形式データ	8eqe_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	8eqe_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eq9C 8eqdC 4x7jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.342, 125.342, 58.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 / PRKR-like endoplasmic reticulum kinase / Pancreatic eIF2-alpha kinase / HsPEK 分子量: 36816.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK3, PEK, PERK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NZJ5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-WQ2 / (2R)-N-[(4M)-4-(4-amino-2,7-dimethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)-3-methylphenyl]-2-hydroxy-2-[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide 分子量: 469.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₂F₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% tacsimate pH 7.0 and 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.559→54.275 Å / Num. obs: 17214 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.559→2.63 Å / R_merge(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 1254

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X7J

4x7j

解像度: 2.559→54.275 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 19.599 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2873	883	5.135 %
R_work	0.2242	16312	-
all	0.227	-	-
obs	-	17195	99.866 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.949 Å²	-2.474 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.949 Å²	0 Å²
3-	-	-	16.055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.559→54.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2108	0	34	6	2148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.674	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	1.587	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.411	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.007	21.57	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.925	15	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.016	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.097	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.893	8.226	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.891	8.222	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.526	12.3	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.527	12.311	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.132	8.489	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.131	8.487	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.52	12.606	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.518	12.604	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.772	91.36	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.77	91.34	2412

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.559-2.625	0.48	76	0.477	1160	0.477	1252	0.019	0.024	98.722	0.446
2.625-2.697	0.42	58	0.433	1149	0.432	1207	0.119	0.087	100	0.407
2.697-2.775	0.502	74	0.412	1144	0.417	1220	0.155	0.201	99.8361	0.377
2.775-2.86	0.38	67	0.398	1074	0.397	1142	0.467	0.51	99.9124	0.357
2.86-2.954	0.378	58	0.34	1076	0.342	1134	0.614	0.672	100	0.308
2.954-3.057	0.466	59	0.331	1026	0.339	1085	0.662	0.701	100	0.301
3.057-3.172	0.422	56	0.308	987	0.314	1043	0.71	0.747	100	0.281
3.172-3.301	0.406	47	0.283	972	0.29	1019	0.704	0.793	100	0.258
3.301-3.447	0.323	46	0.251	922	0.253	968	0.778	0.87	100	0.233
3.447-3.615	0.287	60	0.258	884	0.261	944	0.895	0.89	100	0.248
3.615-3.809	0.22	35	0.216	833	0.216	868	0.921	0.92	100	0.21
3.809-4.039	0.277	56	0.211	793	0.215	851	0.927	0.935	99.765	0.206
4.039-4.317	0.201	41	0.178	753	0.18	794	0.938	0.946	100	0.179
4.317-4.66	0.204	32	0.162	699	0.164	731	0.952	0.963	100	0.17
4.66-5.101	0.178	23	0.152	662	0.153	685	0.961	0.966	100	0.16
5.101-5.697	0.231	17	0.175	614	0.177	631	0.951	0.955	100	0.181
5.697-6.566	0.299	30	0.191	523	0.196	553	0.913	0.944	100	0.202
6.566-8.012	0.359	19	0.157	456	0.163	475	0.899	0.962	100	0.171
8.012-11.21	0.139	23	0.137	360	0.138	383	0.976	0.974	100	0.16
11.21-54.275	0.343	6	0.223	225	0.226	231	0.818	0.945	100	0.246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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