PDB-8eqc: Crystal structure of human anti-N1 neuraminidase 3H03 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eqc

タイトル

Crystal structure of human anti-N1 neuraminidase 3H03 Fab

要素

3H03 Fab heavy chain
3H03 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / neuraminidase / H1N1 / broad protection / pandemic

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhu, X. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Human anti-N1 monoclonal antibodies elicited by pandemic H1N1 virus infection broadly inhibit HxN1 viruses in vitro and in vivo.
著者: Lena Hansen / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Jackson S Turner / Gabriel Ozorowski / Daniel Stadlbauer / Juha Vahokoski / Aaron J Schmitz / Amena A Rizk / Wafaa B Alsoussi / ...
要旨: Neuraminidase (NA) is one of the two influenza virus surface glycoproteins, and antibodies that target it are an independent correlate of protection. However, our current understanding of NA ...

履歴

登録	2022年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eqc.cif.gz	349.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eqc.ent.gz	285.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8eqc_validation.pdf.gz	845.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eqc_full_validation.pdf.gz	848.8 KB	表示
XML形式データ	8eqc_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	8eqc_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27920C 27921C 8e6jC 8e6kC 8eqaC 4kmtS 6obzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 3H03 Fab light chain

H: 3H03 Fab heavy chain

A: 3H03 Fab light chain

B: 3H03 Fab heavy chain

ヘテロ分子

95.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: 3H03 Fab light chain

H: 3H03 Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 3H03 Fab light chain

B: 3H03 Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.299, 117.721, 136.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	3H03 Fab light chain 分子量: 23361.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	3H03 Fab heavy chain 分子量: 24484.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M (NH4)2PO4, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.41 Å / Num. obs: 61480 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 39 Å² / CC_1/2: 0.979 / R_pim(I) all: 0.07 / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2759 / CC_1/2: 0.547 / R_pim(I) all: 0.5 / R_sym value: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KMT, 6OBZ

4kmt

6obz

解像度: 2.2→46.41 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	3012	4.91 %
R_work	0.1791	58370	-
obs	0.181	61382	98.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.24 Å² / B_iso mean: 46.8673 Å² / B_iso min: 25.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→46.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6608	0	5	441	7054
B_iso mean	-	-	45.49	49.21	-
残基数	-	-	-	-	868

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3277	90	0.3193	2134	2224	79
2.23-2.27	0.3561	135	0.3093	2448	2583	93
2.27-2.31	0.302	132	0.2723	2542	2674	96
2.31-2.35	0.286	122	0.2522	2633	2755	98
2.35-2.39	0.3035	146	0.2473	2622	2768	99
2.39-2.44	0.2822	130	0.2398	2667	2797	100
2.44-2.5	0.3057	127	0.2308	2666	2793	100
2.5-2.55	0.2735	147	0.2245	2648	2795	100
2.55-2.62	0.2664	147	0.2333	2675	2822	100
2.62-2.69	0.324	133	0.235	2698	2831	100
2.69-2.77	0.3253	129	0.2388	2659	2788	100
2.77-2.86	0.2467	145	0.2171	2681	2826	100
2.86-2.96	0.2336	144	0.2003	2674	2818	100
2.96-3.08	0.2437	142	0.1917	2678	2820	100
3.08-3.22	0.241	134	0.197	2697	2831	100
3.22-3.39	0.2209	128	0.1976	2710	2838	100
3.39-3.6	0.222	130	0.1725	2733	2863	100
3.6-3.88	0.1717	138	0.1545	2695	2833	100
3.88-4.27	0.2008	134	0.1394	2746	2880	100
4.27-4.88	0.1339	142	0.1159	2743	2885	100
4.88-6.15	0.1761	172	0.1335	2742	2914	100
6.15-46.41	0.1861	165	0.1686	2879	3044	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9047	-0.6029	-0.3388	3.3572	-0.3947	1.5559	-0.1772	-0.0427	-0.0083	-0.3498	0.2289	-0.1168	0.147	-0.005	-0.0642	0.3523	-0.0218	0.0012	0.3598	0.0349	0.3544	30.2232	-38.3342	-30.1466
2	1.3962	0.9039	-0.0562	1.4596	-0.6361	2.4625	-0.0697	-0.0538	0.0796	-0.1626	0.0166	0.1798	0.0188	-0.131	0.0311	0.3326	-0.023	0.0123	0.3275	0.0039	0.3321	21.6567	-41.3457	-21.6879
3	1.4512	0.0813	0.6999	2.877	-0.8043	1.3487	-0.1483	0.0285	-0.0331	-0.2356	0.1437	-0.0212	0.0082	-0.22	-0.1017	0.369	-0.0041	0.0312	0.3531	0.0293	0.3008	24.1748	-38.0761	-27.5033
4	0.3068	0.2769	0.3295	1.1275	0.293	0.4595	-0.1437	-0.0778	0.1097	-0.06	0.1035	0.0609	-0.1073	0.0184	-0.0027	0.3402	0.0086	-0.0134	0.3549	-0.0095	0.3515	34.2984	-21.0734	-17.5265
5	1.8534	0.3662	1.7458	1.4792	0.6285	1.9718	0.0306	0.1148	-0.1539	-0.1291	0.0225	0.0135	0.1248	0.0007	-0.068	0.3589	0.0333	-0.0286	0.3377	-0.0094	0.3312	39.3896	-11.4541	-20.4071
6	2.3689	0.9385	1.7851	2.009	-0.3081	2.4511	-0.2625	0.1506	0.4156	-0.1438	0.0065	0.1091	-0.2586	0.0747	0.2552	0.4163	-0.0033	-0.0384	0.3251	-0.0027	0.4184	44.8422	-1.401	-16.8456
7	2.602	0.4686	-0.4714	2.6373	0.0401	0.5604	-0.1254	0.0569	0.4357	0.0701	-0.0352	0.1855	-0.0543	-0.0508	0.1963	0.311	-0.0039	-0.0176	0.3693	0.0176	0.2921	25.3915	-39.465	0.0493
8	2.2839	0.1672	0.2447	2.7736	0.3333	2.3566	0.0182	-0.2833	0.0497	-0.0717	-0.1068	-0.2868	-0.0473	0.1898	0.071	0.257	0.0178	-0.0013	0.2489	0.0037	0.3206	30.2478	-43.4704	-8.7041
9	6.7127	1.2887	-2.1498	3.3075	-0.637	4.1272	0.4267	-0.1394	-0.7268	0.3746	-0.232	-0.2476	0.1657	0.3261	-0.1481	0.2971	0.0334	0.0556	0.2919	-0.0197	0.4182	29.4072	-53.4307	-4.9977
10	1.2816	1.0032	0.2046	1.5759	0.1042	1.3165	-0.0648	-0.093	-0.0542	0.1237	-0.0391	-0.0644	-0.048	0.0352	0.1149	0.3071	0.0106	0.0187	0.3213	0.0249	0.3398	27.6099	-44.5182	-4.8685
11	2.313	-0.265	0.9495	1.9997	-0.1325	1.8141	-0.0093	-0.265	0.2599	0.1151	-0.0305	0.1717	-0.2131	-0.337	0.0027	0.3236	0.0207	0.0153	0.4476	-0.0109	0.3963	32.0282	-11.8779	-4.8713
12	2.297	-0.5099	0.9299	0.9818	-0.3889	1.7112	0.0392	-0.0843	0.0632	-0.0524	0.0489	0.05	0.0136	-0.0744	-0.0945	0.4572	-0.0232	-0.0322	0.3869	-0.0167	0.3788	28.9019	-32.1389	-41.4152
13	0.5036	-0.3218	-0.4688	2.7205	-0.0495	2.8435	0.0165	0.2193	-0.3426	-0.2291	-0.0087	-0.0201	0.362	-0.116	-0.0502	0.3822	-0.0544	-0.0251	0.3451	-0.0082	0.3733	31.5358	-35.9214	-53.0111
14	1.9253	0.042	0.1623	1.2946	-0.4128	1.1499	-0.0445	0.2139	-0.1074	-0.1171	0.022	0.033	0.2193	-0.0888	0.0135	0.4008	-0.0587	-0.0038	0.3715	-0.0252	0.3236	29.6009	-33.5421	-48.448
15	1.7156	0.3237	1.0579	1.3487	0.7884	0.9237	0.0319	0.0391	-0.0781	0.0178	0.0635	-0.1734	0.0377	0.1245	-0.1685	0.3856	0.0032	0.0172	0.391	0.0326	0.3293	58.357	-20.8976	-36.9759
16	3.1528	2.2507	0.1126	5.3536	0.2539	0.66	-0.025	-0.2245	0.2811	0.4216	0.0213	0.2977	0.0655	-0.158	-0.0003	0.3955	0.0182	-0.0018	0.373	0.0084	0.3595	56.9567	-18.1108	-31.7566
17	0.8389	0.7842	0.4048	1.6294	1.0531	1.7486	0.1078	-0.2742	-0.0375	0.7155	0.1337	-0.2107	-0.3314	0.1515	-0.1539	0.612	-0.0087	0.0001	0.5634	-0.0548	0.44	57.4145	-8.9507	-30.4852
18	2.8176	0.7827	0.2881	3.1754	-0.0387	1.6113	0.0842	-0.1645	0.1456	0.3459	-0.0335	-0.1665	-0.0754	0.2922	-0.0269	0.3743	-0.0484	-0.0174	0.4644	-0.0181	0.3505	61.7426	-16.4449	-31.7969
19	2.5175	1.5833	0.5727	2.4268	1.0676	1.3093	0.1606	0.391	-0.4199	-0.4606	-0.0299	-0.5315	-0.079	-0.0331	-0.2003	0.487	-0.0314	-0.0021	0.4046	-0.0482	0.3992	40.761	-21.9033	-67.9547
20	4.0328	0.4259	0.9308	2.1282	-1.1004	2.8635	-0.1709	0.0553	-0.0954	-0.0386	0.1084	0.0099	-0.5481	0.082	-0.0506	0.4209	0.0052	-0.0278	0.3281	-0.0164	0.3283	32.6789	-22.1625	-60.7785
21	1.444	0.7795	0.7684	2.7636	-0.0507	3.4185	0.017	0.2788	-0.0247	-0.2724	-0.0426	0.0258	0.1106	-0.1485	0.0643	0.3655	-0.0222	-0.0177	0.3825	-0.0316	0.2989	32.8194	-21.5889	-66.174
22	0.4853	0.1003	-0.0794	1.3146	-0.0576	0.6046	-0.0793	-0.0524	-0.0522	-0.0035	0.1008	0.072	0.1574	0.1608	0.011	0.3877	0.0221	0.0394	0.3789	-0.0112	0.3408	58.2433	-16.1474	-48.8717
23	1.5338	-0.4662	-0.0611	3.3465	-0.3821	2.5595	-0.1691	-0.1237	-0.2278	-0.0805	0.1966	-0.2779	0.0702	0.4661	-0.0387	0.3798	0.0412	0.0624	0.4687	-0.0327	0.4305	66.4117	-21.1867	-49.7583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 26 through 61 )	L	26 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 62 through 90 )	L	62 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 91 through 128 )	L	91 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 129 through 174 )	L	129 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 175 through 214 )	L	175 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 1 through 33 )	H	1 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 34 through 51 )	H	34 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 52 through 63 )	H	52 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 64 through 109 )	H	64 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 110 through 228 )	H	110 - 228
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	1 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 26 through 61 )	A	26 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 62 through 101 )	A	62 - 101
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 102 through 128 )	A	102 - 128
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 129 through 150 )	A	129 - 150
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 151 through 163 )	A	151 - 163
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 164 through 214 )	A	164 - 214
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	1 - 33
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 34 through 51 )	B	34 - 51
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 52 through 106 )	B	52 - 106
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 107 through 184 )	B	107 - 184
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 185 through 228 )	B	185 - 228

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)