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万見
- PDB-8epz: Crystal structure of Fe-S cluster-dependent dehydratase from Para... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8epz
タイトルCrystal structure of Fe-S cluster-dependent dehydratase from Paralcaligenes ureilyticus in complex with Mn
要素Dihydroxyacid dehydratase
キーワードLYASE / Fe-S dehydratase / sugar-acid dehydratase / ilvD/EDD family / DHAD
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dehydratase family
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CARBON DIOXIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / : / Dihydroxyacid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Paralcaligenes ureilyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bayaraa, T. / Lonhienne, T. / Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210101802 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fe-S cluster-dependent dehydratase from Paralcaligenes ureilyticus in complex with Mg
著者: Bayaraa, T. / Lonhienne, T. / Guddat, L.W.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroxyacid dehydratase
B: Dihydroxyacid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,95810
ポリマ－125,3032
非ポリマー6558
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.639, 113.135, 182.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroxyacid dehydratase


分子量: 62651.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paralcaligenes ureilyticus (バクテリア)
遺伝子: EDC26_11947 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4R3LQ44

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非ポリマー , 5種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M succinic acid, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.107 Å / Num. obs: 44640 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.987 Å / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3904 / Rpim(I) all: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EJ0

8ej0


解像度: 2.6→48.107 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1390 4.48 %
Rwork0.2102 29616 -
obs0.2121 31006 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.05 Å2 / Biso mean: 61.2977 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8605 0 23 70 8698
Biso mean--66.58 55.65 -
残基数----1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72811924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6683255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.69290.40151350.3369292699
2.6929-2.80070.40011380.3061291099
2.8007-2.92820.35881370.2843292099
2.9282-3.08250.32891390.2697295299
3.0825-3.27560.31651380.2422935100
3.2756-3.52850.26521380.2249295399
3.5285-3.88340.23361380.1957293599
3.8834-4.4450.22921390.1755297199
4.445-5.59890.1961420.168299099
5.5989-48.1070.18261460.17453124100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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