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- PDB-8epu: 1.6 A crystal structure of the lipocalin dog allergen Can f 1 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8epu
タイトル1.6 A crystal structure of the lipocalin dog allergen Can f 1 with the C118S mutation
要素Major allergen Can f 1
キーワードALLERGEN / Lipocalin / Fatty acid binding protein / Calyx
機能・相同性von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1
機能・相同性情報
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Min, J. / Pedersen, L.C. / Geoffrey, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Front Allergy / 年: 2023
タイトル: Structural and ligand binding analysis of the pet allergens Can f 1 and Fel d 7.
著者: Min, J. / Foo, A.C.Y. / Gabel, S.A. / Perera, L. / DeRose, E.F. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. / Mueller, G.A.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen Can f 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5701
ポリマ－16,5701
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.214, 36.512, 57.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-263-

HOH

詳細The oligomeric state is unknown. Lipocalin proteins are often in a transient monomer to oligomer state.

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要素

#1: タンパク質 Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1


分子量: 16569.699 Da / 分子数: 1 / 変異: C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18873
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 16064 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24.85 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 25.98
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 684 / CC1/2: 0.975

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUI1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 1.6→31.34 Å / SU ML: 0.1854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 29.3045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 802 5.01 %
Rwork0.2108 15193 -
obs0.2117 15995 93.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 0 68 1121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02011540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7318407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.70.32581210.27242302X-RAY DIFFRACTION84.87
1.7-1.830.29721320.25052489X-RAY DIFFRACTION93.27
1.83-2.010.28721390.22252626X-RAY DIFFRACTION97.19
2.01-2.310.25671370.21152618X-RAY DIFFRACTION97.59
2.31-2.910.22161370.23442600X-RAY DIFFRACTION95.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9309576345730.11528381324-1.222753905413.10254582945-0.4854515760281.647153382770.05324142914040.400333498627-0.0778739496202-0.102800322273-0.02514817029350.01440673226580.1372814027140.363447193997-0.03450992787120.2043295700180.033519469428-0.02650324232480.510634288470.01213062144950.136135807437-11.37588071055.5350342339215.8451805224
26.75806266984-1.58077446994-1.751044899221.87662004199-0.7443291161381.336160802360.05943881059870.0328004446308-0.349931335675-0.0906352937799-0.06321761974580.03982015871370.2745464946360.2106157435060.004524007470450.2570596204380.062567001898-0.02644147287110.320475349567-0.02672373876710.144957243166-8.10396278513-3.4584954269515.8190134268
31.76656672819-0.234262822618-0.405953677312.279100746770.4905857550445.7576209830.1375074310050.161868391450.0285560738595-0.06431045129330.0520477301874-0.00531382671980.1984207313830.0252655706551-0.1549679352490.192185470910.0342978968023-0.03473297945030.4246662050290.02687934824360.124159871121-4.752415174979.3987285672412.100879333
43.783430791551.1343797459-3.815160204232.42370828023-0.03779877769074.438632549120.042955249257-0.001181274058720.215024711942-0.0488637203565-0.08215859578190.3219153617080.1697045862620.3873205629370.04963896704240.219259621170.0638223195726-0.019726010570.576732591650.05107388960850.243214809004-15.94488630288.5138557616113.194126047
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 55 )27 - 551 - 29
22chain 'A' and (resid 56 through 100 )56 - 10030 - 74
33chain 'A' and (resid 101 through 153 )101 - 15375 - 127
44chain 'A' and (resid 154 through 171 )154 - 171128 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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