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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8epu | ||||||
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タイトル | 1.6 A crystal structure of the lipocalin dog allergen Can f 1 with the C118S mutation | ||||||
![]() | Major allergen Can f 1 | ||||||
![]() | ALLERGEN / Lipocalin / Fatty acid binding protein / Calyx | ||||||
機能・相同性 | von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Min, J. / Pedersen, L.C. / Geoffrey, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and ligand binding analysis of the pet allergens Can f 1 and Fel d 7. 著者: Min, J. / Foo, A.C.Y. / Gabel, S.A. / Perera, L. / DeRose, E.F. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8epvC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The oligomeric state is unknown. Lipocalin proteins are often in a transient monomer to oligomer state. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16569.699 Da / 分子数: 1 / 変異: C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35 % PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 16064 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24.85 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 25.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 684 / CC1/2: 0.975 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Alphafold 解像度: 1.6→31.34 Å / SU ML: 0.1854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 29.3045 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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