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- PDB-8epk: Complex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8epk
タイトルComplex of anticoagulant RNA aptamer and human coagulation factor IXa (S195A)
要素
  • (Coagulation factor IXa ...) x 2
  • RNA (31-MER)
キーワードBLOOD CLOTTING / coagulation factor IX / RNA aptamer / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kolyadko, V.N. / Krishnaswamy, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL139420 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Allosteric Control of Coagulation Factor IXa via Its Exosite II Regulates Blood Clotting
著者: Kolyadko, V.N. / Layzer, J.M. / Perry, K. / Sullenger, B.A. / Krishnaswamy, S.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IXa light chain
B: Coagulation factor IXa heavy chain
C: Coagulation factor IXa light chain
D: Coagulation factor IXa heavy chain
E: RNA (31-MER)
F: RNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,25410
ポリマ－87,1256
非ポリマー1294
水18010
1
A: Coagulation factor IXa light chain
B: Coagulation factor IXa heavy chain
E: RNA (31-MER)
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Binding of coagulation factor IXa to biotinylated RNA 31-mer was confirmed with bio-layer interferometry using Octet SAX pins. Binding also confirmed by competition ...根拠: surface plasmon resonance, Binding of coagulation factor IXa to biotinylated RNA 31-mer was confirmed with bio-layer interferometry using Octet SAX pins. Binding also confirmed by competition assay with heparin-Sepharose column chromatography
  • 43.6 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6275
ポリマ－43,5623
非ポリマー642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Coagulation factor IXa light chain
D: Coagulation factor IXa heavy chain
F: RNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6275
ポリマ－43,5623
非ポリマー642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.496, 79.579, 84.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Coagulation factor IXa ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Coagulation factor IXa light chain


分子量: 7267.338 Da / 分子数: 2 / 断片: furin cleavage site (RRKR) inserted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / プラスミド: phCMV1-WPRE / 詳細 (発現宿主): propeptide of mouse IgG HC / Cell (発現宿主): fibroblast / 細胞株 (発現宿主): AV12 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00740
#2: タンパク質 Coagulation factor IXa heavy chain


分子量: 26174.818 Da / 分子数: 2 / Mutation: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / プラスミド: phCMV1-WPRE / 詳細 (発現宿主): propeptide of mouse IgG HC / Cell (発現宿主): fibroblast / 細胞株 (発現宿主): AV12 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00740

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#3: RNA鎖 RNA (31-MER)


分子量: 10120.267 Da / 分子数: 2
断片: 30 RNA residues with 2'-F and 2'-OMe modifications, capped with 5'-hexylamino linker and 3'-inverted deoxy-Thymidine residue (3'-3' linkage)
由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
6_b4_cr4_1_12.73254.99plate or ribbon
1
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60 mM Na Citrate pH 5.0; 4% Tacsimate pH 7.0; 23% PEG 8000
PH範囲: 5.5 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→60.24 Å / Num. obs: 27106 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 4

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.65-2.773.62.2935060.3841.3952.68796.4
8.78-60.243.40.0327820.9980.020.03897.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.65 Å60.24 Å
Translation2.65 Å60.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EPH, 3DD2

8eph

3dd2


解像度: 2.65→60.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 51.51 / SU ML: 0.427 / SU R Cruickshank DPI: 1.1256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.126 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 1313 4.9 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.2328 25317 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 171.79 Å2 / Biso mean: 93.716 Å2 / Biso min: 48.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2---2.16 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→60.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4512 1344 4 10 5870
Biso mean--107.18 71.91 -
残基数----642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0186152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7592.0968540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1832.77411626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26622.759232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15615772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.715 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 81 -
Rwork0.421 1548 -
obs--80.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7036-1.7869-3.27124.06590.80718.02190.2117-0.08580.158-0.45830.3875-0.3856-0.52240.583-0.59910.7821-0.05560.09780.4904-0.03940.1518-9.19119.143-58.026
22.5176-0.6461-1.27935.4723-0.51715.0494-0.0158-0.40440.1170.6847-0.0223-0.2175-0.49180.25470.0380.8707-0.00740.01190.4851-0.04210.0176-12.94210.187-33.574
30.26460.204-0.89884.62122.265910.5897-0.1415-0.1443-0.02060.77170.2222-0.06591.32610.3305-0.08071.47790.13440.040.69310.05390.148-20.762-24.5139.738
42.2742-0.06250.46385.86480.63965.5877-0.12660.1689-0.18620.054-0.0023-0.68950.74680.52840.12891.02960.1060.05450.4625-0.02420.1115-15.247-15.565-14.2
54.6742-4.32492.13885.795-0.89784.12590.21040.48140.1055-0.6765-0.3344-0.55630.46131.03150.1241.07680.20630.19310.73950.1230.17310.475-11.187-46.218
66.07582.5983-1.41875.7292-0.77745.14280.1518-0.3670.02490.6375-0.1228-0.5334-0.32440.7394-0.0291.0734-0.0204-0.1150.5608-0.08670.0795-11.6747.2182.091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A84 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3C84 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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