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- PDB-8eph: Crystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eph
タイトルCrystal structure of human coagulation factor IXa (S195A), apo-form, DES-GLA
要素
  • Coagulation factor IXa heavy chain
  • Coagulation factor IXa light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / coagulation factor IX / apo form / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / : / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kolyadko, V.N. / Krishnaswamy, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL139420 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: An RNA aptamer exploits exosite-dependent allostery to achieve specific inhibition of coagulation factor IXa.
著者: Kolyadko, V.N. / Layzer, J.M. / Perry, K. / Sullenger, B.A. / Krishnaswamy, S.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IXa light chain
B: Coagulation factor IXa heavy chain
C: Coagulation factor IXa light chain
D: Coagulation factor IXa heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,47210
ポリマ－74,9834
非ポリマー4896
水8,359464
1
A: Coagulation factor IXa light chain
B: Coagulation factor IXa heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7365
ポリマ－37,4912
非ポリマー2443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
2
C: Coagulation factor IXa light chain
D: Coagulation factor IXa heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7365
ポリマ－37,4912
非ポリマー2443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.247, 90.247, 156.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Coagulation factor IXa light chain


分子量: 11316.673 Da / 分子数: 2 / 断片: furin cleavage site (RRKR) inserted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / プラスミド: phCMV1-WPRE / 詳細 (発現宿主): propeptide of mouse IgG HC / Cell (発現宿主): fibroblast / 細胞株 (発現宿主): AV12 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00740
#2: タンパク質 Coagulation factor IXa heavy chain


分子量: 26174.818 Da / 分子数: 2 / Mutation: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / プラスミド: phCMV1-WPRE / 詳細 (発現宿主): propeptide of mouse IgG HC / Cell (発現宿主): fibroblast / 細胞株 (発現宿主): AV12 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00740
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
dg9lite_soak12.12642.06Tear-drop to square
1
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na Citrate pH 5.0; 30% Jeffamine ED-2001 pH 7.0
PH範囲: 5.0 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→78.16 Å / Num. obs: 52703 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 4

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.88-1.926.20.67833180.8540.2920.7499
9.01-78.165.40.0495460.9950.0240.05595.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.77 Å78.16 Å
Translation4.77 Å78.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JB9, 5VYG

5jb9

5vyg


解像度: 1.88→78.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.474 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1583 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 2660 5.1 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1855 49995 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.46 Å2 / Biso mean: 30.374 Å2 / Biso min: 15.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→78.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 24 464 5546
Biso mean--25.79 33.61 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0185235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.8557106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0992.7411044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6725656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55923.433268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60615862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9571524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.928 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 193 -
Rwork0.269 3603 -
all-3796 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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