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万見
- PDB-8ep9: The capsid structure of Human Parvovirus 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ep9
タイトルThe capsid structure of Human Parvovirus 4
要素Human Parvovirus 4
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Parvovirus / Capsid / PARV4 / Tetraparvovirus / Pathogen
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / ORF2
機能・相同性情報
生物種Human parvovirus 4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Mietzsch, M. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Capsid Structure of Aleutian Mink Disease Virus and Human Parvovirus 4: New Faces in the Parvovirus Family Portrait.
著者: Renuk Lakshmanan / Mario Mietzsch / Alberto Jimenez Ybargollin / Paul Chipman / Xiaofeng Fu / Jianming Qiu / Maria Söderlund-Venermo / Robert McKenna /
要旨: Parvoviruses are small, single-stranded DNA viruses with non-enveloped capsids. Determining the capsid structures provides a framework for annotating regions important to the viral life cycle. ...Parvoviruses are small, single-stranded DNA viruses with non-enveloped capsids. Determining the capsid structures provides a framework for annotating regions important to the viral life cycle. Aleutian mink disease virus (AMDV), a pathogen in minks, and human parvovirus 4 (PARV4), infecting humans, are parvoviruses belonging to the genera and , respectively. While Aleutian mink disease caused by AMDV is a major threat to mink farming, no clear clinical manifestations have been established following infection with PARV4 in humans. Here, the capsid structures of AMDV and PARV4 were determined via cryo-electron microscopy at 2.37 and 3.12 Å resolutions, respectively. Despite low amino acid sequence identities (10-30%) both viruses share the icosahedral nature of parvovirus capsids, with 60 viral proteins (VPs) assembling the capsid via two-, three-, and five-fold symmetry VP-related interactions, but display major structural variabilities in the surface loops when the capsid structures are superposed onto other parvoviruses. The capsid structures of AMDV and PARV4 will add to current knowledge of the structural platform for parvoviruses and permit future functional annotation of these viruses, which will help in understanding their infection mechanisms at a molecular level for the development of diagnostics and therapeutics.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human Parvovirus 4
B: Human Parvovirus 4
C: Human Parvovirus 4
D: Human Parvovirus 4
E: Human Parvovirus 4
F: Human Parvovirus 4
G: Human Parvovirus 4
H: Human Parvovirus 4
I: Human Parvovirus 4
J: Human Parvovirus 4
K: Human Parvovirus 4
L: Human Parvovirus 4
M: Human Parvovirus 4
N: Human Parvovirus 4
O: Human Parvovirus 4
P: Human Parvovirus 4
Q: Human Parvovirus 4
R: Human Parvovirus 4
S: Human Parvovirus 4
T: Human Parvovirus 4
U: Human Parvovirus 4
V: Human Parvovirus 4
W: Human Parvovirus 4
X: Human Parvovirus 4
Y: Human Parvovirus 4
Z: Human Parvovirus 4
a: Human Parvovirus 4
b: Human Parvovirus 4
c: Human Parvovirus 4
d: Human Parvovirus 4
e: Human Parvovirus 4
f: Human Parvovirus 4
g: Human Parvovirus 4
h: Human Parvovirus 4
i: Human Parvovirus 4
j: Human Parvovirus 4
k: Human Parvovirus 4
l: Human Parvovirus 4
m: Human Parvovirus 4
n: Human Parvovirus 4
o: Human Parvovirus 4
p: Human Parvovirus 4
q: Human Parvovirus 4
r: Human Parvovirus 4
s: Human Parvovirus 4
t: Human Parvovirus 4
u: Human Parvovirus 4
v: Human Parvovirus 4
w: Human Parvovirus 4
x: Human Parvovirus 4
y: Human Parvovirus 4
z: Human Parvovirus 4
1: Human Parvovirus 4
2: Human Parvovirus 4
3: Human Parvovirus 4
4: Human Parvovirus 4
5: Human Parvovirus 4
6: Human Parvovirus 4
7: Human Parvovirus 4
8: Human Parvovirus 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,701,45060
ポリマ－3,701,45060
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Human Parvovirus 4


分子量: 61690.828 Da / 分子数: 60 / 断片: UNP residues 363-914 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human parvovirus 4 (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A7J3Q7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human parvovirus 4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human parvovirus 4 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: cisTEM / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5248 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.015264720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.05362400
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.706211380
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05938580
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00747880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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