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- PDB-8ep7: Crystal Structure of the Ketol-acid Reductoisomerase from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ep7
タイトルCrystal Structure of the Ketol-acid Reductoisomerase from Bacillus anthracis in complex with NADP
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / IlvC / amino acid biosynthesis / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Ketol-acid Reductoisomerase from Bacillus anthracis in the complex with NADP.
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Gu, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2022年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Other / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8208
ポリマ－112,4333
非ポリマー2,3865
水3,675204
1
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4424
ポリマ－74,9552
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
2
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子

B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5626
ポリマ－74,9552
非ポリマー1,6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
3
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6346
ポリマ－74,9552
非ポリマー1,6794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.575, 131.860, 132.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-556-

HOH

21C-582-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) 2 / KARI 2 / Acetohydroxy-acid isomeroreductase 2 / AHIR 2 / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl ...KARI 2 / Acetohydroxy-acid isomeroreductase 2 / AHIR 2 / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase 2 / Ketol-acid reductoisomerase type 1 / Ketol-acid reductoisomerase type I


分子量: 37477.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
株: Ames Ancestor / 遺伝子: ilvC2, ilvC-2, BA_1852, GBAA_1852, BAS1716 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold
参照: UniProt: Q81S27, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M lithium acetate, 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 56648 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 41.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / R split: 0.041 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2774 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4TSK

4tsk


解像度: 2.2→41.73 Å / SU ML: 0.3699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7638
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 2795 4.96 %
Rwork0.2167 53552 -
obs0.2191 56347 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7496 0 153 204 7853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00477823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.660810600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04291173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.39722846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.39781420.33292542X-RAY DIFFRACTION95.35
2.23-2.280.35171420.30832622X-RAY DIFFRACTION98.96
2.28-2.320.37751300.30042665X-RAY DIFFRACTION99.32
2.32-2.370.32941350.2932655X-RAY DIFFRACTION99.36
2.37-2.420.42731200.29032670X-RAY DIFFRACTION99.22
2.42-2.470.35631170.27712666X-RAY DIFFRACTION99.39
2.47-2.540.33261350.2742659X-RAY DIFFRACTION99.4
2.54-2.60.35221270.28042667X-RAY DIFFRACTION99.47
2.6-2.680.3411240.28012690X-RAY DIFFRACTION99.29
2.68-2.770.36291580.27762653X-RAY DIFFRACTION99.33
2.77-2.870.31481370.28092646X-RAY DIFFRACTION99.29
2.87-2.980.3141510.26482664X-RAY DIFFRACTION99.26
2.98-3.120.31011810.25392633X-RAY DIFFRACTION99.36
3.12-3.280.29681310.22982687X-RAY DIFFRACTION99.65
3.28-3.490.31531390.21992688X-RAY DIFFRACTION99.75
3.49-3.760.23081640.20192701X-RAY DIFFRACTION99.97
3.76-4.130.2262960.18222739X-RAY DIFFRACTION99.79
4.13-4.730.23491450.16242735X-RAY DIFFRACTION99.9
4.73-5.950.21741290.17082762X-RAY DIFFRACTION99.97
5.96-41.730.17771920.17212808X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.070414356560.3283970266211.218944258967.778779672331.526740642553.73159183034-0.261144361312-0.3972315456480.1463095246852.13038218870.690406054583-0.132911263159-0.1704242425330.59106140383-0.2212521851860.9279363171260.199253306368-0.05344030895520.726760605504-0.2237772252730.53857208700426.578630081912.248904710149.7257931147
23.450647965541.494209576491.14963953757.12662809715-0.2879832169594.870831857240.25628517813-0.462671324076-0.1144104251171.552470506690.3210334387910.04623261878250.1564956373020.184414541256-0.6129220578220.6669217891340.155039304521-0.0244300352550.648492071833-0.1381954684040.526329143525.21705753642.0337701529646.6282930776
34.084991660921.752485921012.233687813950.947946889073-0.6856296463390.12839460480.64280082386-2.309841826390.4009413704290.28785908847-0.2954162104890.05327018038290.0165076726665-0.317271872685-0.008086660413540.504193023134-0.2753970617830.08511369083181.22905556948-0.2211019836260.2624453668171.182548181434.4303541942532.4102805844
45.533329332590.5317801495240.7688725382623.26590371458-1.216230866552.33135322476-0.9595080935321.210004150980.07434255403020.0766223421590.574998550065-0.147742449085-0.9643948518520.7237839928540.3134255302011.02855702861-0.3091491919620.1159199609380.884742836526-0.2223744717490.6488177252527.5561600551447.698676607325.9551727021
52.162210770650.673227283393.012298275310.02143160119020.02788213966182.63872133857-0.36159438586-0.09201138083071.55939966626-0.0180391540375-0.02538956324750.339981534261-0.4759255488720.199531162680.1936053287430.4376030209630.0100632633108-0.07071299606670.273910060937-0.08472564600061.381315389674.4753964170132.3269880941.05629606755
65.257899441362.042714775030.860108432765.379706512141.183716157933.905170117670.17111935154-0.2670720149520.2814094225020.543744586086-0.304050900924-0.416569373586-0.07729405192520.2378657620420.09028743033760.363903212479-0.119471612504-0.03065256110620.387872250875-0.03502687223090.38510383677651.616344373626.531227002910.7358394545
75.056734276042.3744941990.9646077595364.154014412930.9775204250054.37258664546-0.02124530815230.2574788092680.4906702745350.00727404136639-0.02610838788170.000133939590051-0.2257213126970.4389903355730.0478382384150.261555452428-0.0706130833231-0.01197523378660.3372164922070.0107422236080.43528981675245.126236595727.49967241753.3717113316
81.70123430130.1920431403380.1719174062831.749336234920.7055998417990.4337230602170.0713656363712-0.02621322886790.03407101327970.0358346231407-0.0805980932302-0.150361897480.002875776747540.02621530684370.006197320710190.226481704121-0.00986743361801-0.007753055992430.305507283939-0.03758599334980.30170694659530.75886709572.703495789962.97175007012
98.58535451049-5.63693955946-0.6146919735437.238129392083.558757468069.204843193120.175874352652-0.5694693710760.3136734994310.3461221975580.0670953515571-1.518875878070.06825776284890.631520990579-0.3338793043950.493275548085-0.0282743916701-0.1440852149160.4465496062860.00199531363410.58982820313343.6076700506-9.7606545668812.5057135094
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 111 )AA2 - 1111 - 110
22chain 'A' and (resid 112 through 181 )AA112 - 181111 - 176
33chain 'A' and (resid 182 through 323 )AA182 - 323177 - 318
44chain 'B' and (resid 1 through 181 )BC1 - 1811 - 179
55chain 'B' and (resid 182 through 325 )BC182 - 325180 - 323
66chain 'C' and (resid 1 through 91 )CF1 - 911 - 91
77chain 'C' and (resid 92 through 181 )CF92 - 18192 - 181
88chain 'C' and (resid 182 through 309 )CF182 - 309182 - 309
99chain 'C' and (resid 310 through 328 )CF310 - 328310 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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