PDB-8eod: EEVD:Sis1-81 (J domain) bound conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eod

タイトル

EEVD:Sis1-81 (J domain) bound conformation

要素

Protein SIS1

キーワード

CHAPERONE / J-domain / Sis1 / EEVD

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of misfolded protein / tRNA import into nucleus / misfolded protein transport / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / misfolded protein binding / : / cellular response to starvation / translational initiation / unfolded protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Matos, C.O. / Pinheiro, G.M.S. / Ramos, C.H.I. / Almeida, F.C.L.

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2019/16114-1	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2017/26131-5	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	313517/2021-5	ブラジル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and dynamical basis for the interaction of HSP70-EEVD with JDP Sis1
著者: Matos, C.O. / Pinheiro, G.M.S. / Ramos, C.H.I. / Almeida, F.C.L.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 2.0	2025年2月12日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eod.cif.gz	505.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eod.ent.gz	423.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 51187

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Protein SIS1

9.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein SIS1 分子量: 9380.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIS1, YNL007C, N2879 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25294
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
2	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
2	7	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
2	2	1	isotropic	1	3D HNCO
2	3	1	isotropic	1	3D HNCA
2	4	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
2	5	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
2	8	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
2	9	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 500 uM [U-13C; U-15N] 15N-13C-Sis11-81:EEVD, 1 mM [U-90% 15N] 15N-Sis11-81:EEVD, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N, 13C-Sis11-81 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
500 uM	15N-13C-Sis11-81:EEVD	[U-13C; U-15N]	1
1 mM	15N-Sis11-81:EEVD	[U-90% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 0.2 M / Ionic strength err: 0.02 / Label: Condition_1 / pH: 7.2 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 900 MHz 詳細: spectrometer equipped with an inverse-detection triple resonance z-gradient TXI probe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger A. T. et.al.	精密化
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CcpNmr Analysis	2.5.2	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2.5.2	CCPN	peak picking

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 4088 restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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