[日本語] English
万見
- PDB-8ent: Interleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ent
タイトルInterleukin-21 signaling complex with IL-21R and IL-2Rg
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin-21
  • Interleukin-21 receptor
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / IL-21 / receptor / complex / signaling / CYTOKINE / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-21 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / tyrosine phosphorylation of STAT protein / germinal center B cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus ...interleukin-21 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / tyrosine phosphorylation of STAT protein / germinal center B cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / T follicular helper cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin receptor SHC signaling / cell maturation / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / Interleukin-7 signaling / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / transmembrane signaling receptor activity / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type-III domain profile. ...Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-21 / Interleukin-21 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Abhiraman, G.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: A structural blueprint for interleukin-21 signal modulation.
著者: Gita C Abhiraman / Theodora U J Bruun / Nathanael A Caveney / Leon L Su / Robert A Saxton / Qian Yin / Shaogeng Tang / Mark M Davis / Kevin M Jude / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and ...Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and association with autoimmune disease. To better understand the structural basis of IL-21 signaling, we determine the structure of the IL-21-IL-21R-γc ternary signaling complex by X-ray crystallography and a structure of a dimer of trimeric complexes using cryo-electron microscopy. Guided by the structure, we design analogs of IL-21 by introducing substitutions to the IL-21-γc interface. These IL-21 analogs act as partial agonists that modulate downstream activation of pS6, pSTAT3, and pSTAT1. These analogs exhibit differential activity on T and B cell subsets and modulate antibody production in human tonsil organoids. These results clarify the structural basis of IL-21 signaling and offer a potential strategy for tunable manipulation of humoral immunity.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-21
B: Interleukin-21 receptor
C: Cytokine receptor common subunit gamma
D: Interleukin-21
E: Interleukin-21 receptor
F: Cytokine receptor common subunit gamma
G: Interleukin-21
H: Interleukin-21 receptor
I: Cytokine receptor common subunit gamma
J: Interleukin-21
K: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,81136
ポリマ－251,53311
非ポリマー4,27725
水99155
1
A: Interleukin-21
B: Interleukin-21 receptor
C: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5379
ポリマ－69,1213
非ポリマー1,4156
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Interleukin-21
E: Interleukin-21 receptor
F: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8129
ポリマ－69,1213
非ポリマー6916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Interleukin-21
H: Interleukin-21 receptor
I: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4969
ポリマ－69,1213
非ポリマー1,3746
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Interleukin-21
K: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9669
ポリマ－44,1692
非ポリマー7977
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.167, 66.464, 162.684
Angle α, β, γ (deg.)83.340, 83.710, 73.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 80 or resid 91 through 125))
d_2ens_1(chain "D" and (resid 3 through 80 or resid 91 through 125))
d_3ens_1(chain "G" and (resid 3 through 80 or resid 91 through 125))
d_4ens_1chain "J"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 40 or (resid 41...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 1 through 40 or (resid 41...
d_3ens_2(chain "H" and (resid 1 through 40 or (resid 41...
d_4ens_2(chain "K" and (resid 1 through 82 or resid 85 through 129 or resid 131 through 208))
d_1ens_3(chain "C" and (resid 32 through 36 or (resid 37...
d_2ens_3(chain "F" and (resid 32 through 97 or (resid 98...
d_3ens_3(chain "I" and (resid 32 through 36 or (resid 37...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNSERA1 - 78
d_12ens_1LEUSERA89 - 123
d_21ens_1GLNSERK1 - 78
d_22ens_1LEUSERK81 - 115
d_31ens_1GLNSERQ3 - 80
d_32ens_1LEUSERQ91 - 125
d_41ens_1GLNSERZ1 - 113
d_11ens_2CYSGLNB1 - 82
d_12ens_2GLNTYRB85 - 129
d_13ens_2LEUSERB131 - 208
d_21ens_2CYSTYRL1 - 127
d_22ens_2LEUSERL129 - 206
d_31ens_2CYSGLNR1 - 82
d_32ens_2GLNTYRR85 - 129
d_33ens_2LEUSERR131 - 208
d_41ens_2CYSGLNAA1 - 82
d_42ens_2GLNTYRAA85 - 129
d_43ens_2LEUSERAA131 - 208
d_11ens_3PROTRPE1 - 21
d_12ens_3ASNLYSE31 - 67
d_13ens_3ILEGLYE69 - 193
d_21ens_3PROLYSO1 - 58
d_22ens_3ILEARGO60 - 74
d_23ens_3PROGLYO76 - 185
d_31ens_3PROTRPT1 - 21
d_32ens_3ASNLYST31 - 67
d_33ens_3ILEARGT69 - 83
d_34ens_3PROGLYT85 - 194

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.744978658953, -0.0717278831469, 0.663220859506), (0.59320765357, 0.526002872623, -0.609447009787), (-0.305141733382, 0.84745270592, 0.434410443909)-1.49507335794, 30.4406357023, -114.876251213
2given(-0.293229132128, -0.956041679757, -0.000991281205704), (-0.956037641057, 0.293230777992, -0.00278203540926), (0.00295041596497, 0.000131928316919, -0.999995638811)2.97316398712, 1.87165890684, -80.0610122397
3given(-0.790141682394, -0.473157315636, 0.389612982847), (-0.534148292431, 0.219813912294, -0.816313325663), (0.300602267849, -0.853114293997, -0.426420306673)-26.0247553637, 12.8753247344, 34.9841916331
4given(0.727473012763, -0.066728320185, 0.682883845896), (0.594074238171, 0.559230252981, -0.578219096618), (-0.343305716881, 0.826322488764, 0.446466492943)-1.8638369681, 30.0338225714, -114.847286051
5given(-0.294350547625, -0.955696462371, 0.00142370098029), (-0.95569397323, 0.294353187903, 0.00228698554356), (-0.00260473491564, -0.000687446999389, -0.99999637138)2.97941020973, 1.96355993, -80.100158132
6given(-0.781492376951, -0.516685455933, 0.349722467674), (-0.518370765735, 0.225756736107, -0.824818552976), (0.347219547261, -0.825875314881, -0.444261803749)-25.2936826344, 13.0400805612, 34.8530215759
7given(0.708789702308, -0.109429244551, 0.696880476365), (0.623391370253, 0.559522869499, -0.546184362648), (-0.330152021644, 0.821559126871, 0.464801294813)-0.394697458332, 31.3022610094, -113.941005
8given(-0.296089301806, -0.955160217842, 0.00028914983134), (-0.955158880994, 0.296088345557, -0.00178988373353), (0.00162401184165, -0.000806149454317, -0.999998356353)2.95672373815, 1.80153076271, -80.0251676687

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 11分子 ADGJBEHKCFI

#1: タンパク質
Interleukin-21 / IL-21 / Za11


分子量: 16703.977 Da / 分子数: 4 / 変異: N68Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBE4
#2: タンパク質
Interleukin-21 receptor / IL-21 receptor / IL-21R / Novel interleukin receptor


分子量: 27465.482 Da / 分子数: 4 / 変異: N78Q, N85Q, N106D, N116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21R, NILR, UNQ3121/PRO10273 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HBE5
#3: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / ...Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 24951.838 Da / 分子数: 3 / 変異: N53Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P31785

-
糖 , 3種, 11分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 69分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→48.17 Å / Num. obs: 57754 / % possible obs: 91.66 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 70.14 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.1292 / Rsym value: 0.2143 / Net I/σ(I): 4.22
反射 シェル解像度: 2.831→2.932 Å / Num. unique obs: 5757 / CC1/2: 0.401

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TGX, 2B5I

3tgx

2b5i


解像度: 2.83→48.17 Å / SU ML: 0.5576 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.3321
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2997 1962 3.42 %random
Rwork0.2536 55437 --
obs0.2551 57399 91.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15503 0 277 55 15835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002316225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.588522007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04152371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00482809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.25276019
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20817591276
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.765354142107
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.24524359338
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.773081879451
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.642445498043
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.701217896471
ens_3d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10656700392
ens_3d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.855964192661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-2.90.55071290.45943629X-RAY DIFFRACTION82.88
2.9-2.980.41981410.39873924X-RAY DIFFRACTION91.7
2.98-3.060.41741430.35383952X-RAY DIFFRACTION91.1
3.06-3.160.36851350.31593824X-RAY DIFFRACTION86.9
3.16-3.280.38031410.29614053X-RAY DIFFRACTION94.97
3.28-3.410.38091470.29914077X-RAY DIFFRACTION94.16
3.41-3.560.31781410.28244047X-RAY DIFFRACTION93.38
3.56-3.750.28621430.25474024X-RAY DIFFRACTION92.76
3.75-3.980.2641350.24053934X-RAY DIFFRACTION91.15
3.98-4.290.2971430.23163887X-RAY DIFFRACTION89.56
4.29-4.720.23761410.20344134X-RAY DIFFRACTION94.92
4.72-5.410.25481410.2134035X-RAY DIFFRACTION93.51
5.41-6.810.2881390.25543896X-RAY DIFFRACTION89.97
6.81-48.170.27391430.22044021X-RAY DIFFRACTION92.64

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る