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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8enf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LGR ligand alpha2/beta5 from C. elegans in crystal form 1 (native) | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cystine-knot hormone (CKH) / leucine-rich repeat-containing G protein-coupled receptor (LGR) / evolution / glycoprotein hormone (GPH) / thyrostimulin | ||||||
機能・相同性 | ![]() Hormone ligand-binding receptors / G alpha (s) signalling events / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / hormone activity / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gong, Z. / Hendrickson, W.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of LGR ligand alpha2/beta5 from Caenorhabditis elegans with implications for the evolution of glycoprotein hormones 著者: Gong, Z. / Wang, W. / El Omari, K. / Lebedev, A.A. / Clarke, O.B. / Hendrickson, W.A. #1: ![]() タイトル: Combining AlphaFold and phenix.mr_rosetta for solving challenging crystal structures 著者: Wang, W. / Gong, Z. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8enbSC ![]() 8endC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10565.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11590.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: gpb5, CELE_T23B12.8, T23B12.8 / 発現宿主: ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0, 50% w/v PEG200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.29→44.87 Å / Num. obs: 6059 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 165.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.29→3.57 Å / Num. unique obs: 404 / CC1/2: 0.389 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 8ENB 解像度: 3.29→44.87 Å / SU ML: 0.5182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.9477 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 158.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.29→44.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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