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- PDB-8en9: TehA native-SAD structure determined at 5 keV with a helium envir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8en9
タイトルTehA native-SAD structure determined at 5 keV with a helium environment
要素Tellurite resistance protein TehA homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / anomalous diffration / native SAD / low energy / helium path
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation efflux transmembrane transporter activity / response to tellurium ion / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tellurite resistance protein TehA/malic acid transport protein / Tellurite resistance protein TehA / : / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Tellurite resistance protein TehA homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Karasawa, A. / Andi, B. / Ruchs, M.R. / Shi, W. / McSweeney, S. / Hendrickson, W.A. / Liu, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116799 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Multi-crystal native-SAD phasing at 5 keV with a helium environment.
著者: Karasawa, A. / Andi, B. / Fuchs, M.R. / Shi, W. / McSweeney, S. / Hendrickson, W.A. / Liu, Q.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8089
ポリマ－35,2531
非ポリマー1,5568
水1,06359
1
A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子

A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子

A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,42527
ポリマ－105,7583
非ポリマー4,66724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area16100 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area35370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.399, 95.399, 136.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

NA

21A-554-

HOH

31A-556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tellurite resistance protein TehA homolog


分子量: 35252.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: tehA, HI_0511 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P44741
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES, 1 mM zinc sulfate, 27-29% PEG400, 10 mM spermidine, 50 mM octyl glucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 2.479 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.53 Å / Num. obs: 28275 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 109.6 % / Biso Wilson estimate: 35.19 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 3438 / CC1/2: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSv1-1545データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→39.53 Å / SU ML: 0.3246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.1378
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 2841 10.09 %
Rwork0.1698 25322 -
obs0.1747 28163 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 103 59 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90093532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6529876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.650.45461360.41331158X-RAY DIFFRACTION89.49
2.65-2.690.38591420.30621172X-RAY DIFFRACTION97.48
2.69-2.750.28351430.22981295X-RAY DIFFRACTION99.58
2.75-2.80.26181460.18891259X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.860.26121480.18561318X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.930.24461340.18211224X-RAY DIFFRACTION100
2.93-30.22031500.18081306X-RAY DIFFRACTION100
3-3.080.23051420.17021280X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.170.25671360.18351276X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.280.17981400.16221252X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.390.21851440.15251328X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.530.20381400.13981262X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.690.19181440.16041248X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.890.22511360.14381276X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.130.21091480.14231302X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.450.16031400.13071270X-RAY DIFFRACTION100
4.45-4.890.16681420.14761264X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.60.20961400.16591292X-RAY DIFFRACTION100
5.6-7.050.22711460.19571268X-RAY DIFFRACTION100
7.05-39.530.20191440.17661272X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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