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- PDB-8eml: Crystal Structure of Gsx2 Homeodomain in Complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eml
タイトルCrystal Structure of Gsx2 Homeodomain in Complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')
  • GS homeobox 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Gsx2 / Homeodomain / Transcription Factor / DNA / Complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


subpallium neuron fate commitment / subpallium development / hindbrain morphogenesis / forebrain dorsal/ventral pattern formation / GABAergic neuron differentiation / spinal cord association neuron differentiation / olfactory bulb interneuron differentiation / telencephalon regionalization / neuron fate specification / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process ...subpallium neuron fate commitment / subpallium development / hindbrain morphogenesis / forebrain dorsal/ventral pattern formation / GABAergic neuron differentiation / spinal cord association neuron differentiation / olfactory bulb interneuron differentiation / telencephalon regionalization / neuron fate specification / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neuron fate commitment / forebrain morphogenesis / pattern specification process / olfactory bulb development / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / generation of neurons / positive regulation of Notch signaling pathway / Notch signaling pathway / regulation of cell migration / central nervous system development / brain development / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GS homeobox 2 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / GS homeobox 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Webb, J.A. / Kovall, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079428 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Gsx2 Homeodomain in Complex with DNA
著者: Webb, J.A. / Kovall, R.A.
履歴
登録2022年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GS homeobox 2
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')
A: GS homeobox 2
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2757
ポリマ－34,1246
非ポリマー1501
水27015
1
B: GS homeobox 2
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0623
ポリマ－17,0623
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GS homeobox 2
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2124
ポリマ－17,0623
非ポリマー1501
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.700, 37.650, 107.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 205 through 261)
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "D"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGGLUD1 - 57
d_21ens_1ARGGLUA1 - 57
d_11ens_2DGDCE
d_21ens_2DGDCB
d_11ens_3DGDCF
d_21ens_3DGDCC

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0157879334583, 0.999875136831, -0.000672238236365), (0.999871849665, -0.0157860921741, 0.002661492138), (0.0026505478009, -0.000714171549584, -0.999996232271)-4.27429742255, 4.32286821286, 53.3674344628
2given(0.00719526386727, 0.999972223362, -0.00194439785775), (0.999777538065, -0.00715528260622, 0.0198412779907), (0.0198268141506, -0.00208672853384, -0.999801251752)-4.36175103702, 4.08175321831, 53.4968673205
3given(0.0161856618761, 0.999787695127, -0.0127510400205), (0.999729572109, -0.015969122298, 0.0169047266618), (0.0166975147885, -0.0130212059735, -0.999775795464)-4.23617367519, 4.06348613759, 53.4981646524

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要素

#1: タンパク質 GS homeobox 2 / Genetic-screened homeobox 2 / Homeobox protein GSH-2


分子量: 7886.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsx2, Gsh-2, Gsh2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31316
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4617.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量: 4558.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Magnesium Chloride Hexahydrate, 0.1M Rubidium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 30% PEG Smear Broad

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.43 Å / Num. obs: 15221 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique obs: 1230 / CC1/2: 0.405 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H1K

2h1k


解像度: 2.21→36.3 Å / SU ML: 0.3536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.9436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 1498 9.86 %
Rwork0.2204 13702 -
obs0.2247 15200 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→36.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 1148 10 15 2123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01342257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51393273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0953370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0206217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.1415682
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.243584385223
ens_2d_2EX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0447505504342
ens_3d_2FX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0637707318085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.280.37031120.32081066X-RAY DIFFRACTION88.97
2.28-2.370.33431420.29971258X-RAY DIFFRACTION99.86
2.37-2.460.34621290.30491236X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.570.3141410.28921253X-RAY DIFFRACTION99.93
2.57-2.710.36121270.28461288X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.880.33191250.27671243X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.10.33111400.27881264X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.410.24591360.19611248X-RAY DIFFRACTION99.21
3.41-3.90.2351490.20681249X-RAY DIFFRACTION99.93
3.91-4.910.21561450.18631280X-RAY DIFFRACTION99.93
4.92-36.30.2631520.19551317X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.94215388778 Å / Origin y: -1.52782673382 Å / Origin z: 26.6338682289 Å
111213212223313233
T0.34972744753 Å2-0.074613674052 Å20.0536637623532 Å2-0.390968311055 Å20.0161279134673 Å2--0.320030724505 Å2
L2.47684602349 °20.108674169155 °20.925499025969 °2-2.7381438266 °2-0.67030099567 °2--1.99373446732 °2
S0.128827068849 Å °-0.276891369929 Å °0.0506522757492 Å °-0.294609332654 Å °0.0982254758262 Å °-0.0294222636319 Å °-0.16058797036 Å °0.19350338811 Å °0.0172499000062 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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