[日本語] English
万見
- PDB-8em5: Mycobacterium thermoresistible MmpS5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8em5
タイトルMycobacterium thermoresistible MmpS5
要素MmpS5
キーワードPROTEIN BINDING / periplasmic protein
機能・相同性Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / IODIDE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2024
タイトル: The structure of Mycobacterium thermoresistibile MmpS5 reveals a conserved disulfide bond across mycobacteria.
著者: Cuthbert, B.J. / Mendoza, J. / de Miranda, R. / Papavinasasundaram, K. / Sassetti, C.M. / Goulding, C.W.
履歴
登録2022年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MmpS5
B: MmpS5
C: MmpS5
D: MmpS5
E: MmpS5
F: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,33338
ポリマ－65,7796
非ポリマー6,55432
水9,836546
1
A: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2098
ポリマ－10,9631
非ポリマー1,2457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2415
ポリマ－10,9631
非ポリマー1,2774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4026
ポリマ－10,9631
非ポリマー1,4395
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9486
ポリマ－10,9631
非ポリマー9855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9707
ポリマ－10,9631
非ポリマー1,0076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: MmpS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5636
ポリマ－10,9631
非ポリマー6005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.284, 85.257, 89.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
MmpS5


分子量: 10963.166 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: KEK_05752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CDU2

-
非ポリマー , 5種, 578分子

#2: 化合物
ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40.08 Å / Num. obs: 51815 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3435 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.455 / Rrim(I) all: 0.969 / Χ2: 0.67 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→40.08 Å / SU ML: 0.1748 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 5176 10 %
Rwork0.1612 46592 -
obs0.1645 51768 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 226 546 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05596096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0734743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7102720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.28931590.23871436X-RAY DIFFRACTION86.87
1.97-1.990.25781630.21481467X-RAY DIFFRACTION91.93
1.99-2.020.22611680.20571511X-RAY DIFFRACTION91.8
2.02-2.040.22741670.19781493X-RAY DIFFRACTION92.43
2.04-2.070.22771710.20771536X-RAY DIFFRACTION93.08
2.07-2.10.25251700.20431534X-RAY DIFFRACTION92.46
2.1-2.130.25991610.20741462X-RAY DIFFRACTION89.57
2.13-2.160.24331700.18941512X-RAY DIFFRACTION92.27
2.16-2.190.22461710.19251554X-RAY DIFFRACTION94.11
2.19-2.230.22621700.18021522X-RAY DIFFRACTION94.74
2.23-2.270.22571740.16781561X-RAY DIFFRACTION95.38
2.27-2.310.22011720.16951556X-RAY DIFFRACTION94.68
2.31-2.350.22511710.1621540X-RAY DIFFRACTION94.84
2.35-2.40.19621740.16621567X-RAY DIFFRACTION95.19
2.4-2.450.2231710.17511527X-RAY DIFFRACTION94.75
2.46-2.510.21281690.16731532X-RAY DIFFRACTION91.16
2.51-2.570.19931740.16731551X-RAY DIFFRACTION96.15
2.57-2.640.19041760.16321585X-RAY DIFFRACTION96.18
2.64-2.720.21131720.15651556X-RAY DIFFRACTION95.95
2.72-2.810.1781790.15091607X-RAY DIFFRACTION96.33
2.81-2.910.19641750.14441579X-RAY DIFFRACTION96.8
2.91-3.030.18511760.14951578X-RAY DIFFRACTION96.48
3.03-3.160.16281700.1471530X-RAY DIFFRACTION91.99
3.16-3.330.1731800.14811620X-RAY DIFFRACTION98.09
3.33-3.540.16081760.12561598X-RAY DIFFRACTION97.58
3.54-3.810.14481790.13051608X-RAY DIFFRACTION97.97
3.81-4.20.18291810.1421630X-RAY DIFFRACTION97.89
4.2-4.80.15311740.12811554X-RAY DIFFRACTION94.53
4.8-6.050.18151820.16021644X-RAY DIFFRACTION98.54
6.05-40.080.21591810.20731642X-RAY DIFFRACTION96.15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る