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- PDB-8elc: Human JNK2 bound to covalent inhibitor YL2056 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8elc
タイトルHuman JNK2 bound to covalent inhibitor YL2056
要素Mitogen-activated protein kinase 9
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / JNK2 / YLIU2056 / Kinase Inhibitor / Structure-Based Drug Design / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex / CELL CYCLE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to tricellular tight junction / JUN kinase activity / inflammatory response to wounding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of podosome assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / cellular response to cadmium ion / mitogen-activated protein kinase ...protein localization to tricellular tight junction / JUN kinase activity / inflammatory response to wounding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of podosome assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / cellular response to cadmium ion / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / regulation of circadian rhythm / apoptotic signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / cellular response to reactive oxygen species / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular senescence / rhythmic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y56 / Mitogen-activated protein kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.072 Å
データ登録者Li, L. / Gurbani, D. / Westover, K.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch FoundationI-1829 米国
American Cancer SocietyRSG-18-039-01 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Development of a Covalent Inhibitor of c-Jun N-Terminal Protein Kinase (JNK) 2/3 with Selectivity over JNK1.
著者: Lu, W. / Liu, Y. / Gao, Y. / Geng, Q. / Gurbani, D. / Li, L. / Ficarro, S.B. / Meyer, C.J. / Sinha, D. / You, I. / Tse, J. / He, Z. / Ji, W. / Che, J. / Kim, A.Y. / Yu, T. / Wen, K. / ...著者: Lu, W. / Liu, Y. / Gao, Y. / Geng, Q. / Gurbani, D. / Li, L. / Ficarro, S.B. / Meyer, C.J. / Sinha, D. / You, I. / Tse, J. / He, Z. / Ji, W. / Che, J. / Kim, A.Y. / Yu, T. / Wen, K. / Anderson, K.C. / Marto, J.A. / Westover, K.D. / Zhang, T. / Gray, N.S.
履歴
登録2022年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7842
ポリマ－48,1951
非ポリマー5891
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.235, 65.761, 94.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 9 / MAP kinase 9 / MAPK 9 / JNK-55 / Stress-activated protein kinase 1a / SAPK1a / Stress-activated ...MAP kinase 9 / MAPK 9 / JNK-55 / Stress-activated protein kinase 1a / SAPK1a / Stress-activated protein kinase JNK2 / c-Jun N-terminal kinase 2


分子量: 48194.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK9, JNK2, PRKM9, SAPK1A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P45984, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-Y56 / 4-(dimethylamino)-N-{4-[(3S)-3-({4-[(8R)-2-phenylpyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl]pyrimidin-2-yl}amino)pyrrolidine-1-carbonyl]phenyl}butanamide


分子量: 588.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.072→47.06 Å / Num. obs: 24374 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 39.65 Å2 / CC1/2: 0.52 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.072→2.146 Å / Num. unique obs: 23920 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 97.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3npc

3npc


解像度: 2.072→47.06 Å / SU ML: 0.2495 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 1143 4.78 %
Rwork0.2078 22769 -
obs0.2103 23912 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.072→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2885 0 44 73 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06984070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6127396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.072-2.170.34121200.28452722X-RAY DIFFRACTION94.89
2.17-2.280.30791370.26772751X-RAY DIFFRACTION95.79
2.28-2.420.28461520.24792764X-RAY DIFFRACTION96.68
2.42-2.610.31071580.22522809X-RAY DIFFRACTION97.7
2.61-2.870.26611290.21472878X-RAY DIFFRACTION98.62
2.87-3.290.25731500.21862852X-RAY DIFFRACTION98.23
3.29-4.140.25371510.18482938X-RAY DIFFRACTION99.65
4.14-47.060.23331460.1923055X-RAY DIFFRACTION98.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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