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- PDB-8ekc: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ekc
タイトルEscherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • A-site phenylalanine tRNA
  • M-F-Stop mRNA
  • P-site initiator tRNA
  • Ribosomal protein L21
キーワードRIBOSOME / Antibiotic / Thermorubin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Thermorubin / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...PHENYLALANINE / Thermorubin / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rybak, M.Y. / Gagnon, M.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136936 米国
Welch FoundationH-2032-20200401 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Insights into the molecular mechanism of translation inhibition by the ribosome-targeting antibiotic thermorubin.
著者: Madhura N Paranjpe / Valeria I Marina / Aleksandr A Grachev / Tinashe P Maviza / Olga A Tolicheva / Alena Paleskava / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Andrey L Konevega / Yury S Polikanov / ...著者: Madhura N Paranjpe / Valeria I Marina / Aleksandr A Grachev / Tinashe P Maviza / Olga A Tolicheva / Alena Paleskava / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Andrey L Konevega / Yury S Polikanov / Matthieu G Gagnon /
要旨: Thermorubin (THR) is an aromatic anthracenopyranone antibiotic active against both Gram-positive and Gram-negative bacteria. It is known to bind to the 70S ribosome at the intersubunit bridge B2a and ...Thermorubin (THR) is an aromatic anthracenopyranone antibiotic active against both Gram-positive and Gram-negative bacteria. It is known to bind to the 70S ribosome at the intersubunit bridge B2a and was thought to inhibit factor-dependent initiation of translation and obstruct the accommodation of tRNAs into the A site. Here, we show that thermorubin causes ribosomes to stall in vivo and in vitro at internal and termination codons, thereby allowing the ribosome to initiate protein synthesis and translate at least a few codons before stalling. Our biochemical data show that THR affects multiple steps of translation elongation with a significant impact on the binding stability of the tRNA in the A site, explaining premature cessation of translation. Our high-resolution crystal and cryo-EM structures of the 70S-THR complex show that THR can co-exist with P- and A-site tRNAs, explaining how ribosomes can elongate in the presence of the drug. Remarkable is the ability of THR to arrest ribosomes at the stop codons. Our data suggest that by causing structural re-arrangements in the decoding center, THR interferes with the accommodation of tRNAs or release factors into the ribosomal A site.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
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改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_entity_assembly / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
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改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
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改定 3.12025年2月19日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 3.22025年3月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: 16S Ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
w: A-site phenylalanine tRNA
x: P-site initiator tRNA
v: M-F-Stop mRNA
A: 23S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
L: 50S ribosomal protein L13
M: 50S ribosomal protein L14
N: 50S Ribosomal Protein L15
O: 50S ribosomal protein L16
P: 50S ribosomal protein L17
Q: 50S ribosomal protein L18
R: 50S ribosomal protein L19
S: 50S ribosomal protein L20
T: Ribosomal protein L21
U: 50S ribosomal protein L22
V: 50S ribosomal protein L23
W: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L25
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,213,155773
ポリマ－2,194,90555
非ポリマー18,250718
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 awxvAB

#1: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1758835854
#22: RNA鎖 A-site phenylalanine tRNA


分子量: 24644.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBSTNAV-tRNAPhe / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: GenBank: 1850831943
#23: RNA鎖 P-site initiator tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBS-tRNAfMet / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: GenBank: 732678099
#24: RNA鎖 M-F-Stop mRNA


分子量: 7804.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia phage T4 (ファージ)
#25: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
#26: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38814.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1817378070

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26795.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: J7QM75
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MCS9
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SFQ7
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7XKZ3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LT86
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0ANK5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0H3PWX2
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0F1AUC4
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A7U9IV78
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: U9Y6H3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D8EB41
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SYP2
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A8E0MHL6
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EA57
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3TRH7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 CDEFGHLMNOPQRSUVWXYZ12345678

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: U9Y9G2
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A1AGK6
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A829CFT8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SR17
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0YZK9
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EW51
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1NW45
#35: タンパク質 50S Ribosomal Protein L15


分子量: 14994.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15329.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: E6BI61
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LC97
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: E3PKY8
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0AJX1
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MAS6
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A829CFV1
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3KWX7
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7XH79
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3JA73
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D6IEL0
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0YKA9
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7XI28
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: F4NQ61
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MGC4
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2L017

-
タンパク質 , 1種, 1分子 T

#41: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A829CSJ4

-
非ポリマー , 5種, 1018分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#57: 化合物 ChemComp-T8B / Thermorubin / {12-hydroxy-9-[(2Z)-3-hydroxy-3-(2-hydroxyphenyl)prop-2-enoyl]-10,11-dimethoxy-3-(methoxycarbonyl)-1-oxo-1H-naphtho[2,3-g]isochromen-8-yl}acetic acid


分子量: 600.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H24O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#58: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#21, #23-#55 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10032

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2EPU2.11.1画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.8.9.1モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 982190
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 310702 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7K00

7k00


Accession code: 7K00 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007156297
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.719233861
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.95462028
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04529856
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00612297

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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