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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ek9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the class A carbapenemase CRH-1 in complex with avibactam at 1.4 Angstrom resolution | |||||||||
![]() | Beta-lactamase | |||||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / class A carbapenemase / environmental lactamase / Chromobacterium / DBO inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Power, P. / Brunetti, F. / Ghiglione, B. / Guardabassi, L. / Gutkind, G. / Klinke, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Characterization of CRH-1, a Carbapenemase from Chromobacterium haemolyticum Related to KPC beta-Lactamases. 著者: Brunetti, F. / Ghiglione, B. / Gudeta, D.D. / Gutkind, G. / Guardabassi, L. / Klinke, S. / Power, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 789.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ehuC ![]() 4eqiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28685.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: B0T45_03570 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NXL / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: rectangular prisms |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 22% (w/v) PEG 4,000 + 0.2 M lithium chloride + 0.1 M Tris-HCl pH 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日 詳細: convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.885601 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→42.22 Å / Num. obs: 53514 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.87 % / Biso Wilson estimate: 23.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 24.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.82 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 8539 / CC1/2: 0.814 / Rrim(I) all: 1.007 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4EQI 解像度: 1.4→42.22 Å / SU ML: 0.2003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.8232 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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