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- PDB-8ejv: The crystal structure of Pseudomonas putida PcaR in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ejv
タイトルThe crystal structure of Pseudomonas putida PcaR in complex with succinate
要素Transcription regulatory protein (Pca regulon)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Complex / Transcription Factor (転写因子) / Succinate (コハク酸) / Gene Regulation (遺伝子発現の調節)
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoadipate transcriptional regulator, PcaR/PcaU/PobR / helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / IclR helix-turn-helix domain / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / コハク酸 / Transcription regulatory protein (Pca regulon)
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Pham, C. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Stogios, P.J. / Mahadevan, R. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Ontario Research FundBiochemicals from Cellulosic Biomass (BioCeB) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Pseudomonas putida PcaR in complex with succinate
著者: Pham, C. / Stogios, P.J. / Mahadevan, R. / Savchenko, A.
履歴
登録2022年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein (Pca regulon)
B: Transcription regulatory protein (Pca regulon)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0569
ポリマ－63,5572
非ポリマー5007
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.822, 148.822, 56.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription regulatory protein (Pca regulon)


分子量: 31778.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (シュードモナス・プチダ)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440
遺伝子: pcaR, PP_1375 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q88N41

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非ポリマー , 5種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir: 1.8 M ammonium phosphate monophosphate, 0.1 M succinic acid, pH 7, 1.25% w/v Benzyltriethylammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→37.21 Å / Num. obs: 26706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 58.04 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 56.16
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 1243 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.193 / Rrim(I) all: 0.628

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IA2

2ia2


解像度: 2.43→37.21 Å / SU ML: 0.2918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.7458
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 1337 5.01 %RANDOM
Rwork0.2083 25369 --
obs0.2107 26706 97.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→37.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3919 0 28 130 4077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81315440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.05321492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.510.31121310.28422523X-RAY DIFFRACTION98.99
2.52-2.620.33451340.26212580X-RAY DIFFRACTION99.52
2.62-2.730.34761320.26552562X-RAY DIFFRACTION99.45
2.73-2.880.28731350.23972572X-RAY DIFFRACTION99.82
2.88-3.060.30291330.24512584X-RAY DIFFRACTION99.74
3.06-3.30.29551370.22632568X-RAY DIFFRACTION99.74
3.3-3.630.26871330.22462520X-RAY DIFFRACTION97.14
3.63-4.150.22871190.19792165X-RAY DIFFRACTION83.21
4.15-5.230.20741360.16732619X-RAY DIFFRACTION99.78
5.23-37.210.24431470.19632676X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.78903033109-0.79074185126-1.065442958742.12918223392-0.5034024338293.91533587468-0.294382973576-0.257560717193-0.5487883427720.2214219117430.278222046030.2602771579560.241544006626-0.427648179249-0.02127082519690.4829834263680.08761763273010.1002760059230.3506297514280.07886906151390.431385597240.381939344830.916107700818.0707121018
23.702301198271.6004561907-0.6207921536256.16494305540.05301026799582.56724114139-0.05689214434970.162824344033-0.0986696956780.176942757955-0.1343487762660.339519406790.3830118328-0.1206283542050.2006920171590.4220291732870.06110855725230.127625838460.306725776285-0.04788116621850.41373242096253.838200859210.7529993001-1.12556706676
35.398109652530.8016461601642.272266932084.12224199289-0.649599589134.60304116308-0.121538947366-0.202162685208-0.187544026910.197086353369-0.108019813605-0.33135920465-0.3584991215120.4456185881040.2141186096890.5031351919590.05537282042230.03369962737040.4065032728060.05074105275580.34707088571855.446606740331.920043631819.2512941772
43.903876628032.69555752424-0.6166408788696.34962528720.006745274861655.62396668555-0.2644858045520.273683227214-0.579240968695-0.9628148097750.0799600406538-0.3619049846890.5372897523820.3345325791930.1200509553670.5761866679510.04123208019110.05684218652070.3571321792320.01469836507240.41060986467149.973651472338.2882342074-5.43045180999
56.290711659322.502180409231.039155291295.479229593660.8648196453914.94392382412-0.2349231950640.2666632227470.388037962794-0.7033450144720.0769806326230.127481531583-0.317629123054-0.01073558149470.1584403368080.5368033143690.0128400285875-0.02460406699440.3782957436190.06022277532710.38444988066249.477790542850.6172196467-7.58535659327
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 118 )AA29 - 1181 - 90
22chain 'A' and (resid 119 through 291 )AA119 - 29191 - 255
33chain 'B' and (resid 41 through 118 )BD41 - 1181 - 78
44chain 'B' and (resid 119 through 177 )BD119 - 17779 - 137
55chain 'B' and (resid 178 through 291 )BD178 - 291138 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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