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- PDB-8eiy: Cobalt(II)-substituted S48T Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eiy
タイトルCobalt(II)-substituted S48T Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N-Cyclohexylformamide
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zheng, C. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118044 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133894 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Enhanced active-site electric field accelerates enzyme catalysis.
著者: Zheng, C. / Ji, Z. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
履歴
登録2022年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8129
ポリマ－80,1052
非ポリマー1,7077
水81145
1
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8129
ポリマ－80,1052
非ポリマー1,7077
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y+1/2,-z-11
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.100, 71.540, 92.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 40052.480 Da / 分子数: 2 / 変異: S48T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: liver enzyme / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#5: 化合物 ChemComp-CXF / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / N-シクロヘキシルホルムアミド


分子量: 127.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: tert-butanol(12%-20%), 2mM NADH, 3.3mM N-cyclohexylformamide, 1mM Co(II) acetate in 50mM Tris buffer at pH 8.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→39.09 Å / Num. obs: 22067 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7.05 % / Biso Wilson estimate: 66.231 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 9.41 / Num. measured all: 155570 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.55-2.627.2511.6541.7911971170516510.7341.7896.8
2.62-2.697.2021.3912.0311436162615880.8051.49897.7
2.69-2.777.1741.1692.4711299162515750.8491.25996.9
2.77-2.857.20.9623.0411001156715280.8921.03797.5
2.85-2.947.1290.773.5910416150814610.910.8396.9
2.94-3.057.0780.5934.79838144913900.9530.6495.9
3.05-3.166.8710.5025.359097140313240.9460.54294.4
3.16-3.296.8540.46.598252137512040.9740.43287.6
3.29-3.447.2580.3268.439392132112940.9810.3598
3.44-3.617.2480.2779.048828123912180.9890.29898.3
3.61-3.87.1520.19611.28225118011500.9910.21197.5
3.8-4.037.030.15512.917796114011090.9920.16797.3
4.03-4.316.8630.10515.257069106410300.9930.11496.8
4.31-4.666.5010.0916.7757479848840.9950.09889.8
4.66-5.16.8930.0819.3957979208410.9970.08691.4
5.1-5.77.0240.07419.7656758208080.9970.0898.5
5.7-6.587.0170.06721.5850317397170.9970.07297
6.58-8.066.7050.05325.439496245890.9980.05894.4
8.06-11.46.8030.04733.3429664924360.9980.0588.6
11.4-39.096.6110.03934.6517852812700.9990.04396.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RM6

7rm6


解像度: 2.55→39.09 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1106 5.02 %
Rwork0.2077 20921 -
obs0.2104 22027 95.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.84 Å2 / Biso mean: 59.1988 Å2 / Biso min: 30.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→39.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5572 0 101 45 5718
Biso mean--55.44 53.2 -
残基数----748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.670.41491340.32182640277497
2.67-2.810.38261390.29162639277897
2.81-2.980.34121350.282633276897
2.98-3.210.29911330.26242505263892
3.21-3.540.33611450.23472611275696
3.54-4.050.25221440.20062676282098
4.05-5.10.21771350.1722547268293
5.1-39.090.20281410.16292670281196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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