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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eip | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cyanophycin dipeptide hydrolase CphZ E251A from Acinetobacter baylyi DSM587 in complex with beta-Asp-Arg | ||||||
要素 | Succinylglutamate desuccinylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CphZ / cyanophycin | ||||||
機能・相同性 | Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase / Succinylglutamate desuccinylase / Aspartoacylase family / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding / Chem-7ID / : / Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Sharon, I. / Schmeing, T.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Discovery of cyanophycin dipeptide hydrolase enzymes suggests widespread utility of the natural biopolymer cyanophycin. 著者: Sharon, I. / McKay, G.A. / Nguyen, D. / Schmeing, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eip.cif.gz | 304.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eip.ent.gz | 246.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eip_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eip_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eip_validation.xml.gz | 56.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eip_validation.cif.gz | 79 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eip | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8einC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41167.598 Da / 分子数: 4 / 変異: E251A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi ADP1 (バクテリア) 株: ATCC 33305 / BD413 / ADP1 / 遺伝子: ACIAD1282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FCQ4 #2: 化合物 | ChemComp-7ID / ( #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 24% PEG3350, 0.2 M NaBr, 10 mM spermine and 10 mM LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→85.6 Å / Num. obs: 73553 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07169 / Net I/σ(I): 6.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 6064 / CC1/2: 0.947 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Model generated using Rosetta 解像度: 2.24→49.04 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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