PDB-8eim: Structure of ALAS with C-terminal truncation from S. cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eim

タイトル

Structure of ALAS with C-terminal truncation from S. cerevisiae

要素

5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / HEME BIOSYNTHESIS / 5-AMINOLEVULINIC ACID / PYRIDOXAL 5-PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of organelle assembly / Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tran, J.U. / Brown, B.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The yeast ALA synthase C-terminus positively controls enzyme structure and function.
著者: Tran, J.U. / Brown, B.L.

履歴

登録	2022年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eim.cif.gz	461.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eim.ent.gz	293 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8eim_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eim_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8eim_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	8eim_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8eim	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5txrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.280, 99.550, 120.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 69 - 534 / Label seq-ID: 12 - 477

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase 分子量: 52460.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 0.2M magensium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.91 Å / Num. obs: 56191 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 8843 / CC_1/2: 0.594 / R_rim(I) all: 1.714 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TXR

5txr

解像度: 2.1→47.909 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 14.9 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	2809	5.001 %
R_work	0.1878	53365	-
all	0.19	-	-
obs	-	56174	99.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.352 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.381 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.733 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6767	0	63	189	7019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.646	9434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.443	1.574	14917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.299	5	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.452	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.522	10	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.327	10	304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	6072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.23	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.449	2.264	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.44	2.261	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.168	3.383	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.168	3.383	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.122	2.545	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.122	2.547	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.13	3.715	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.13	3.716	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.535	31.629	7844
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.526	31.457	7814
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.086	0.05	13419

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08648	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08648	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.339	203	0.337	3850	0.337	4106	0.93	0.931	98.7092	0.316
2.154-2.213	0.328	200	0.308	3799	0.309	3999	0.936	0.941	100	0.282
2.213-2.277	0.324	193	0.281	3684	0.283	3878	0.932	0.952	99.9742	0.248
2.277-2.347	0.263	189	0.246	3578	0.246	3767	0.962	0.964	100	0.21
2.347-2.424	0.264	183	0.236	3492	0.237	3675	0.956	0.968	100	0.197
2.424-2.509	0.274	178	0.233	3377	0.235	3556	0.955	0.968	99.9719	0.19
2.509-2.603	0.253	171	0.215	3241	0.217	3413	0.96	0.975	99.9707	0.172
2.603-2.709	0.243	166	0.202	3164	0.204	3330	0.968	0.977	100	0.161
2.709-2.829	0.268	159	0.193	3024	0.197	3183	0.957	0.979	100	0.154
2.829-2.967	0.253	153	0.18	2894	0.183	3048	0.965	0.981	99.9672	0.147
2.967-3.127	0.214	145	0.184	2749	0.185	2894	0.971	0.981	100	0.154
3.127-3.316	0.163	137	0.157	2613	0.157	2752	0.983	0.986	99.9273	0.135
3.316-3.543	0.216	129	0.164	2447	0.166	2576	0.974	0.985	100	0.148
3.543-3.825	0.195	121	0.17	2307	0.171	2433	0.977	0.983	99.7945	0.159
3.825-4.188	0.176	112	0.152	2125	0.153	2238	0.982	0.986	99.9553	0.148
4.188-4.678	0.182	102	0.149	1938	0.15	2040	0.98	0.986	100	0.152
4.678-5.393	0.226	90	0.176	1718	0.179	1810	0.972	0.982	99.8895	0.185
5.393-6.584	0.292	78	0.209	1475	0.213	1554	0.962	0.977	99.9357	0.215
6.584-9.225	0.184	62	0.163	1183	0.164	1246	0.981	0.984	99.9197	0.182
9.225-47.909	0.204	38	0.171	706	0.173	749	0.973	0.98	99.3324	0.208

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0308	-0.9089	0.4037	12.5511	1.8606	5.5192	0.1119	0.5564	0.2997	-1.7499	-0.1297	-0.2458	-0.4779	0.389	0.0177	0.3893	-0.0148	-0.0921	0.3388	0.1012	0.4775	-3.132	-23.392	-46.524
2	5.0034	1.8584	-2.9206	5.5364	-3.3122	6.1441	-0.0427	0.2239	-0.6095	-0.0332	-0.095	-0.5932	0.0314	-0.18	0.1377	0.1658	0.0075	-0.0819	0.0524	-0.0737	0.6945	26.709	-33.583	-32.783
3	2.6581	-0.1653	-0.116	4.3001	0.1653	0.4796	0.08	-0.0652	0.2358	0.3139	-0.0239	-0.5165	0.0131	0.0441	-0.0561	0.0884	-0.0057	-0.1041	0.0058	-0.0085	0.5465	29.689	-9.127	-27.37
4	1.9578	0.0953	1.6925	1.6469	-0.8173	6.0866	-0.146	0.3669	-0.0028	-0.6515	0.3051	-0.4726	0.049	-0.3588	-0.1591	0.3422	-0.0458	0.1905	0.27	-0.0068	0.6619	32.95	-17.702	-54.067
5	3.2371	-1.2524	2.546	8.5765	-5.7152	13.8572	-0.0636	0.3439	-0.006	0.0102	0.0596	-0.7496	-0.1224	0.0772	0.004	0.0591	0.0357	0.0036	0.2345	-0.0853	0.7159	47.668	-17.432	-36.472
6	11.0048	4.3596	-9.1794	7.6229	-11.5985	19.6682	-0.1323	-0.4801	-0.3785	0.5445	-0.0744	0.076	-0.0782	-0.3478	0.2066	0.6263	-0.0983	-0.0069	0.4646	-0.1263	0.4634	24.117	-1.314	-11.131
7	5.6953	0.9382	-2.0926	4.2986	0.4867	5.7707	0.2982	-0.3753	-0.5043	0.4905	-0.2047	-0.6002	-0.077	0.3963	-0.0936	0.236	-0.0057	-0.1702	0.0625	0.0202	0.562	16.809	-37.612	-23.327
8	2.1594	0.0434	0.0763	5.3025	0.5384	0.896	0.0814	-0.0366	0.4082	-0.0312	-0.0728	0.5505	-0.046	0.0655	-0.0086	0.0482	-0.0209	0.0072	0.0144	-0.0271	0.4807	-3.55	-22.051	-29.071
9	3.846	1.7151	-1.6439	4.7054	1.0838	3.145	0.8505	-1.0694	0.1128	1.8773	-0.6575	0.1682	-0.0442	0.348	-0.193	0.873	-0.3075	0.0105	0.3088	0.0002	0.4489	4.691	-31.943	-7.449
10	1.426	1.8524	2.7797	9.576	-0.8912	8.2726	0.4821	-0.028	-0.005	0.7504	-0.2876	0.4853	0.9076	0.1135	-0.1945	0.1808	-0.0036	0.0822	0.0196	0.0701	0.7118	-7.184	-44.255	-23.363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	68 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	103 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	157 - 381
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	382 - 508
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	509 - 534

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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