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万見
- PDB-8ehg: Rabbit muscle aldolase determined using single-particle cryo-EM w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehg
タイトルRabbit muscle aldolase determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera.
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Peng, R. / Fu, X. / Mendez, J.H. / Randolph, P.H. / Bammes, B. / Stagg, S.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143805 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139616 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119032 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023
タイトル: Characterizing the resolution and throughput of the Apollo direct electron detector.
著者: Ruizhi Peng / Xiaofeng Fu / Joshua H Mendez / Peter S Randolph / Benjamin E Bammes / Scott M Stagg /
要旨: Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been ...Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been developed by Direct Electron. The Apollo uses a novel event-based MAPS detector custom designed for ultra-fast electron counting. We have evaluated this new camera, finding that it delivers high detective quantum efficiency (DQE) and low coincidence loss, enabling high-quality electron counting data acquisition at up to nearly 80 input electrons per pixel per second. We further characterized the performance of Apollo for single particle cryo-EM on real biological samples. Using mouse apoferritin, Apollo yielded better than 1.9 Å resolution reconstructions at all three tested dose rates from a half-day data collection session each. With longer collection time and improved specimen preparation, mouse apoferritin was reconstructed to 1.66 Å resolution. Applied to a more challenging small protein aldolase, we obtained a 2.24 Å resolution reconstruction. The high quality of the map indicates that the Apollo has sufficiently high DQE to reconstruct smaller proteins and complexes with high-fidelity. Our results demonstrate that the Apollo camera performs well across a broad range of dose rates and is capable of capturing high quality data that produce high-resolution reconstructions for large and small single particle samples.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
C: Fructose-bisphosphate aldolase A
D: Fructose-bisphosphate aldolase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5804
ポリマ－157,5804
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "D"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISPROD1 - 343
d_21ens_1HISPROB1 - 343
d_31ens_1HISPROC1 - 343
d_41ens_1HISPROA1 - 343

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (-1), (-1)306.688, 306.688
2given(-1), (-1), (1)306.688, 306.688
3given(-1), (1), (-1)306.688, 306.688

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase A / Muscle-type aldolase


分子量: 39394.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aldolase from rabbit muscle / タイプ: COMPLEX
詳細: Plays a key role in glycolysis and gluconeogenesis. In addition, may also function as scaffolding protein.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 14921 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: DTT are added freshly before use.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDL-DithiothreitolDTT1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 72621 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 80 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.347 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8682
詳細: Images were collected using Direct Electron Apollo camera at a fixed movie frame rate of 60 frames/second.
画像スキャン横: 8192 / 縦: 8192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択2D projections from EMD-21023 was used for template based particle picking
2Leginon3-3画像取得leginon are used for automated single particle data collection.
4CTFFIND4CTF補正ctffind4 implemented in cryoSPRARC is used for ctf estimation
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当heterogenous refinement in cryosparc is used firstly
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当Non-uniform refinement is used for high resolution
12cryoSPARC3.3.2分類heterogenous refinement is used for 3D classification
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成auto sharpened map in cryosparc refinement is used
画像処理詳細: Direct Electron Apollo
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3805094
詳細: particles were picked using templates projected from EMD-21023.
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 722778 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 8.14 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002310672
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.490614464
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03931644
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00371880
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.24291472
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.97290830355E-13
ens_1d_3DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.55931575471E-13
ens_1d_4DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.47924947443E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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