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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eh2 | ||||||
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タイトル | Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | SDR family oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Short-chain / SDR | ||||||
機能・相同性 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shaw, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from Acinetobacter baumannii 著者: Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eh2.cif.gz | 231.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eh2.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eh2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eh2_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eh2_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8eh2_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eh2_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/8eh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/8eh2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2d1yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 259 / Label seq-ID: 1 - 259
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27827.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: F4T85_19375, FJU42_12090, HBK86_07635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3FP68 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M lithium chloride, 0.1M Tris pH 8.0, 20% (v/v) polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: 80 / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.4 Å / Num. obs: 20194 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 2085 / CC1/2: 0.819 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2D1Y 解像度: 2.4→29.4 Å / SU ML: 0.2284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5445 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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