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- PDB-8egw: Complex of Fat4(EC1-4) bound to Dchs1(EC1-3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8egw
タイトルComplex of Fat4(EC1-4) bound to Dchs1(EC1-3)
要素
  • Protocadherin Fat 4
  • Protocadherin-16
キーワードCELL ADHESION / Fat4 / Dachsous1 / Cadherin / Protocadherin / Adhesion / Fat / Dachsous
機能・相同性
機能・相同性情報


condensed mesenchymal cell proliferation / septin cytoskeleton organization / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / hippo signaling / pattern specification process / post-anal tail morphogenesis / catenin complex ...condensed mesenchymal cell proliferation / septin cytoskeleton organization / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / hippo signaling / pattern specification process / post-anal tail morphogenesis / catenin complex / digestive tract development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neural tube development / ossification involved in bone maturation / branching involved in ureteric bud morphogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cochlea development / neurogenesis / protein localization to plasma membrane / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / cerebral cortex development / apical part of cell / cell migration / gene expression / cadherin binding / calcium ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FAT4-like, N-terminal cadherin-like domain / : / Laminin G domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Cadherin / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Cadherin conserved site ...FAT4-like, N-terminal cadherin-like domain / : / Laminin G domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Cadherin / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Protocadherin Fat 4 / Protocadherin-16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Medina, E. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133482 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the planar cell polarity cadherins Fat4 and Dachsous1.
著者: Medina, E. / Easa, Y. / Lester, D.K. / Lau, E.K. / Sprinzak, D. / Luca, V.C.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-16
B: Protocadherin Fat 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,23941
ポリマ－84,6402
非ポリマー4,59939
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area39540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.660, 61.370, 100.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protocadherin-16 / Cadherin-19 / Cadherin-25 / Fibroblast cadherin-1 / Protein dachsous homolog 1


分子量: 33863.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCHS1, CDH19, CDH25, FIB1, KIAA1773, PCDH16 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96JQ0
#2: タンパク質 Protocadherin Fat 4 / hFat4 / Cadherin family member 14 / FAT tumor suppressor homolog 4 / Fat-like cadherin protein FAT-J


分子量: 50777.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAT4, CDHF14, FATJ, Nbla00548 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6V0I7

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糖 , 4種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 314分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M Magnesium Chloride; 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.1; 20% Polyethylene Glycol 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.204→49.085 Å / Num. obs: 50558 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.87
反射 シェル解像度: 2.204→2.283 Å / Num. unique obs: 5002 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 98.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A4C, 4ZPL, 4ZI8, 4ZPO, 5IU9, 3Q2W

2a4c

4zpl

4zi8

4zpo

5iu9

3q2w


解像度: 2.3→49.083 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 2008 4.49 %
Rwork0.19 --
obs0.192 44762 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5626 0 260 292 6178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0418151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.663585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.3481440.30323026X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42130.32131420.29242981X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.49250.30641330.27793055X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.5730.31681540.25343059X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.66490.3421390.26153026X-RAY DIFFRACTION100
2.6649-2.77160.31991390.26093036X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.89770.3161550.25053012X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.05050.31841300.22883071X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.24160.25791460.21553042X-RAY DIFFRACTION100
3.2416-3.49180.22791470.18513046X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-3.84310.2121450.1643083X-RAY DIFFRACTION100
3.8431-4.39890.24661450.15393065X-RAY DIFFRACTION100
4.3989-5.54090.16851410.14553095X-RAY DIFFRACTION100
5.5409-49.0830.17021480.16613157X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23280.4783-0.63120.1395-0.2629-0.1553-0.1059-0.0127-0.1748-0.1031-0.0295-0.08960.1044-0.035100.4825-0.11260.04640.4680.00740.4365.25526.73476.6183
20.17690.3969-0.12040.07180.09550.4650.05940.1079-0.0331-0.05580.0074-0.0665-0.0522-0.0406-0.00040.42010.01240.07640.34850.01220.349628.7979-17.872320.1234
30.8151-0.13370.84610.3131-0.04480.9190.0814-0.33620.004-0.08660.0070.2120.19490.0565-00.3458-0.0105-0.03770.32990.03970.3268-0.8793-33.536554.4005
40.0120.2224-0.2751-0.03470.03080.4784-0.0817-0.06680.2086-0.0687-0.04130.01260.2101-0.0369-0.00020.3994-0.0490.10420.39690.0250.464-41.4911-25.425872.142
50.3792-0.08710.4120.4888-0.04990.36510.0185-0.0210.0876-0.0902-0.01830.02460.09150.056500.34250.0140.00560.30640.03440.3855-10.7778-18.201341.9869
60.12130.3102-0.31250.409-0.19460.030.04020.06280.3890.00760.07460.1654-0.0169-0.03030.00050.3196-0.0438-0.01960.38040.05520.345723.51882.255333.1783
70.19430.05640.10610.6506-0.22060.7137-0.00870.10330.36720.07380.14150.0523-0.17190.26380.00030.4879-0.10650.01630.5453-0.06090.571771.935629.268816.5294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 146 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 258 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 356 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 44 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 139 through 214 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 215 through 356 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 357 through 467 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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