PDB-8egm: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8egm

タイトル

Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with compound AZ13644908

要素

UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / murC / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase / Cell wall biogenesis / peptidoglycan biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Hill, P. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8egm.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8egm.ent.gz	773.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8egm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8egm_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8egm_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8egm_validation.xml.gz	92.9 KB	表示
CIF形式データ	8egm_validation.cif.gz	128.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x9nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

277 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	285.260, 109.200, 108.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.403, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 15 through 16 or resid 18...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 15 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	HIS	ARG	A	1 - 2
d_1	2	ens_1	ILE	ASP	A	4 - 62
d_1	3	ens_1	LEU	ARG	A	64 - 82
d_1	4	ens_1	PRO	VAL	A	84 - 85
d_1	5	ens_1	PRO	ALA	A	87 - 89
d_1	6	ens_1	MET	VAL	A	91 - 195
d_1	7	ens_1	PHE	THR	A	197 - 253
d_1	8	ens_1	LEU	VAL	A	255 - 266
d_1	9	ens_1	MET	VAL	A	268 - 282
d_1	10	ens_1	ALA	ASP	A	284 - 291
d_1	11	ens_1	ALA	GLY	A	293 - 303
d_1	12	ens_1	908	908	B
d_1	13	ens_1	SO4	SO4	C
d_2	1	ens_1	HIS	ARG	D	1 - 2
d_2	2	ens_1	ILE	ASP	D	4 - 62
d_2	3	ens_1	LEU	ARG	D	64 - 82
d_2	4	ens_1	PRO	VAL	D	84 - 85
d_2	5	ens_1	PRO	ALA	D	87 - 89
d_2	6	ens_1	MET	VAL	D	91 - 195
d_2	7	ens_1	PHE	THR	D	197 - 253
d_2	8	ens_1	LEU	VAL	D	255 - 266
d_2	9	ens_1	MET	VAL	D	268 - 282
d_2	10	ens_1	ALA	ASP	D	284 - 291
d_2	11	ens_1	ALA	GLY	D	293 - 303
d_2	12	ens_1	908	908	E
d_2	13	ens_1	SO4	SO4	F
d_3	1	ens_1	HIS	ARG	G	1 - 2
d_3	2	ens_1	ILE	ASP	G	4 - 62
d_3	3	ens_1	LEU	ARG	G	64 - 82
d_3	4	ens_1	PRO	VAL	G	84 - 85
d_3	5	ens_1	PRO	ALA	G	87 - 89
d_3	6	ens_1	MET	VAL	G	91 - 195
d_3	7	ens_1	PHE	THR	G	197 - 253
d_3	8	ens_1	LEU	VAL	G	255 - 266
d_3	9	ens_1	MET	VAL	G	268 - 282
d_3	10	ens_1	ALA	ASP	G	284 - 291
d_3	11	ens_1	ALA	GLY	G	293 - 303
d_3	12	ens_1	908	908	H
d_3	13	ens_1	SO4	SO4	I
d_4	1	ens_1	HIS	ARG	J	1 - 2
d_4	2	ens_1	ILE	ASP	J	4 - 62
d_4	3	ens_1	LEU	ARG	J	64 - 82
d_4	4	ens_1	PRO	VAL	J	84 - 85
d_4	5	ens_1	PRO	ALA	J	87 - 89
d_4	6	ens_1	MET	VAL	J	91 - 195
d_4	7	ens_1	PHE	THR	J	197 - 253
d_4	8	ens_1	LEU	VAL	J	255 - 266
d_4	9	ens_1	MET	VAL	J	268 - 282
d_4	10	ens_1	ALA	ASP	J	284 - 291
d_4	11	ens_1	ALA	GLY	J	293 - 303
d_4	12	ens_1	908	908	K
d_4	13	ens_1	SO4	SO4	L
d_5	1	ens_1	HIS	ARG	M	1 - 2
d_5	2	ens_1	ILE	ASP	M	4 - 62
d_5	3	ens_1	LEU	ARG	M	64 - 82
d_5	4	ens_1	PRO	VAL	M	84 - 85
d_5	5	ens_1	PRO	ALA	M	87 - 89
d_5	6	ens_1	MET	VAL	M	91 - 195
d_5	7	ens_1	PHE	THR	M	197 - 253
d_5	8	ens_1	LEU	VAL	M	255 - 266
d_5	9	ens_1	MET	VAL	M	268 - 282
d_5	10	ens_1	ALA	ASP	M	284 - 291
d_5	11	ens_1	ALA	GLY	M	293 - 303
d_5	12	ens_1	908	908	N
d_5	13	ens_1	SO4	SO4	O
d_6	1	ens_1	HIS	ARG	P	1 - 2
d_6	2	ens_1	ILE	ASP	P	4 - 62
d_6	3	ens_1	LEU	ARG	P	64 - 82
d_6	4	ens_1	PRO	VAL	P	84 - 85
d_6	5	ens_1	PRO	ALA	P	87 - 89
d_6	6	ens_1	MET	VAL	P	91 - 195
d_6	7	ens_1	PHE	THR	P	197 - 253
d_6	8	ens_1	LEU	VAL	P	255 - 266
d_6	9	ens_1	MET	VAL	P	268 - 282
d_6	10	ens_1	ALA	ASP	P	284 - 291
d_6	11	ens_1	ALA	GLY	P	293 - 303
d_6	12	ens_1	908	908	Q
d_6	13	ens_1	SO4	SO4	R
d_7	1	ens_1	HIS	ARG	S	1 - 2
d_7	2	ens_1	ILE	ASP	S	4 - 62
d_7	3	ens_1	LEU	ARG	S	64 - 82
d_7	4	ens_1	PRO	VAL	S	84 - 85
d_7	5	ens_1	PRO	ALA	S	87 - 89
d_7	6	ens_1	MET	VAL	S	91 - 195
d_7	7	ens_1	PHE	THR	S	197 - 253
d_7	8	ens_1	LEU	VAL	S	255 - 266
d_7	9	ens_1	MET	VAL	S	268 - 282
d_7	10	ens_1	ALA	ASP	S	284 - 291
d_7	11	ens_1	ALA	GLY	S	293 - 303
d_7	12	ens_1	908	908	T
d_7	13	ens_1	SO4	SO4	U
d_8	1	ens_1	HIS	ARG	V	1 - 2
d_8	2	ens_1	ILE	ASP	V	4 - 62
d_8	3	ens_1	LEU	ARG	V	64 - 82
d_8	4	ens_1	PRO	VAL	V	84 - 85
d_8	5	ens_1	PRO	ALA	V	87 - 89
d_8	6	ens_1	MET	VAL	V	91 - 195
d_8	7	ens_1	PHE	THR	V	197 - 253
d_8	8	ens_1	LEU	VAL	V	255 - 266
d_8	9	ens_1	MET	VAL	V	268 - 282
d_8	10	ens_1	ALA	ASP	V	284 - 291
d_8	11	ens_1	ALA	GLY	V	293 - 303
d_8	12	ens_1	908	908	W
d_8	13	ens_1	SO4	SO4	X

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.854589137797, 0.38960062339, -0.343349326216), (0.376771819007, 0.0101582296332, -0.926250401766), (-0.357379912643, -0.920927882424, -0.155471648265)	-80.0724344569, -48.0205642084, 21.2313108606
2	given	(0.999991398334, 5.73775384991E-5, -0.00414728404346), (-6.00558695722E-5, 0.999999789744, -0.000645681976074), (0.00414724612382, 0.000645925490883, 0.999991191526)	-14.3375062216, -54.6679521733, 41.3171945289
3	given	(0.709374531957, -0.00608845988404, 0.70480543703), (-0.00450739574978, -0.999981429463, -0.00410172072439), (0.704817321577, -0.000267180812212, -0.709388801589)	2.53353047214, 2.95776058281, 0.998560917917
4	given	(-0.856207613913, -0.382598796064, -0.347169530816), (-0.372526265083, -0.00838441378427, 0.927983773257), (-0.357956287415, 0.923876540917, -0.135349301603)	-57.9361569242, -3.29942295432, -31.5252577755
5	given	(-0.857209590096, 0.382571664777, -0.344718203692), (0.377658157277, 0.0119418449301, -0.92586808379), (-0.350094322847, -0.923848642175, -0.154717973944)	-65.7385755896, 6.60169417761, -19.7863028254
6	given	(0.712472573654, -0.00617833571282, 0.701672758456), (-0.0103830964027, -0.999944583374, 0.00173824346393), (0.701623134667, -0.00852398668855, -0.712497241083)	16.7660769582, 57.683828782, -40.1911551397
7	given	(-0.858733173522, -0.374273367083, -0.349995404807), (-0.373429708213, -0.0106296920296, 0.927597575822), (-0.350895411366, 0.92725749193, -0.130636725091)	-44.1187524398, 51.3366102079, -72.5068600977

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase 分子量: 33976.645 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: murC, PA4411 / プラスミド: PsaeA.00137.b.B5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-WIU / (2R)-2-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2-phenylethyl (2-aminoethyl)carbamate 分子量: 492.577 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂N₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.59 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: Molecular Dimensions Morpheus A1/A10 optimization condition: 100mM BisTris / HCl pH 6.3, 30mM Li2SO4, 30mM K2SO4, 14% (w/V) PEG 3000, 19% (V/V) 1,2.6-hexanetriol: PsaeA.00137.b.B5.PW37941 at ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus A1/A10 optimization condition: 100mM BisTris / HCl pH 6.3, 30mM Li2SO4, 30mM K2SO4, 14% (w/V) PEG 3000, 19% (V/V) 1,2.6-hexanetriol: PsaeA.00137.b.B5.PW37941 at 12mg/ml, apo crystals soaked for 4h with 0.5mM BSI111801/AZ13644908, tray 325295 c1: cryo: direct: puck onk6-1

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.59 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: Molecular Dimensions Morpheus A1/A10 optimization condition: 100mM BisTris / HCl pH 6.3, 30mM Li2SO4, 30mM K2SO4, 14% (w/V) PEG 3000, 19% (V/V) 1,2.6-hexanetriol: PsaeA.00137.b.B5.PW37941 at ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月28日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 156126 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.657 % / B_iso Wilson estimate: 46.124 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.901 / Net I/σ(I): 14.32

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	4.666	0.642	2.2	11514	0.877	0.726	99.8
2.26-2.32	4.666	0.52	2.69	11238	0.92	0.588	99.8
2.32-2.39	4.67	0.421	3.31	10904	0.941	0.475	99.9
2.39-2.46	4.674	0.358	3.86	10613	0.958	0.405	99.9
2.46-2.54	4.681	0.294	4.69	10234	0.972	0.333	99.9
2.54-2.63	4.673	0.236	5.77	9945	0.98	0.267	99.8
2.63-2.73	4.682	0.188	7.26	9605	0.987	0.212	99.8
2.73-2.84	4.674	0.142	9.37	9215	0.992	0.161	99.8
2.84-2.97	4.682	0.113	11.59	8899	0.994	0.128	99.9
2.97-3.11	4.681	0.089	13.93	8462	0.996	0.101	99.8
3.11-3.28	4.671	0.068	17.92	8069	0.998	0.077	99.7
3.28-3.48	4.659	0.052	22.03	7657	0.998	0.058	99.8
3.48-3.72	4.653	0.044	25.1	7130	0.999	0.05	99.8
3.72-4.02	4.645	0.037	29.38	6728	0.999	0.042	99.8
4.02-4.4	4.645	0.03	33.36	6148	0.999	0.034	99.9
4.4-4.92	4.628	0.028	36.45	5627	0.999	0.031	99.8
4.92-5.68	4.63	0.029	34.41	4923	0.999	0.033	99.6
5.68-6.96	4.584	0.029	33.6	4183	0.999	0.033	99.7
6.96-9.84	4.541	0.023	41.2	3255	0.999	0.026	99.5
9.84-50	4.26	0.021	43.14	1777	0.999	0.024	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1 dev 4694	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 6X9N, MurC same crystal form

6x9n

解像度: 2.2→42.66 Å / SU ML: 0.1857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	1915	1.23 %	0
R_work	0.182	153968	-	-
obs	0.1824	155883	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17884	0	328	881	19093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	18858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8776	25767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	3367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4081	6755

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.264766715738
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.173407102358
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.187981311536
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.231118143947
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.257512275412
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.190595414978
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.221905550291

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.2854	148	0.25	10953	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.26-2.32	0.3285	126	0.2376	10984	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.32-2.38	0.2606	150	0.2241	10928	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.38-2.46	0.2871	121	0.2228	11001	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.46-2.55	0.2959	101	0.2212	10988	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.55-2.65	0.236	87	0.2092	11027	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.65-2.77	0.2659	154	0.2029	10946	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.77-2.92	0.2377	144	0.207	10964	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.92-3.1	0.2083	114	0.2099	11052	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.1-3.34	0.2588	117	0.192	11029	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.34-3.68	0.2127	175	0.1857	10956	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.68-4.21	0.1862	154	0.1544	11038	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.21-5.3	0.1962	154	0.1382	11084	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.3-42.66	0.1546	170	0.1642	11018	X-RAY DIFFRACTION	98.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5235001335	0.332326945279	-1.71236348502	4.94294414707	0.343025085293	4.06834023465	0.052278809063	-0.320854478866	-0.917511289264	0.572434851735	-0.108351815436	0.396396733648	0.444753894908	-0.230975380197	0.0716624298159	0.398259912552	-0.0121020841878	-0.0288124983099	0.286863845325	0.0770663941924	0.404745830631	-37.2207492636	4.70734610154	-34.5276032025
2	2.27606582219	0.422571484511	-0.384140676814	2.16253852936	-1.89083227019	4.75485548787	-0.070768759286	-0.00509542598729	-0.135282596496	0.0552197316625	0.00387596425789	0.0143695573674	0.101351793335	0.00593241848962	0.078664431575	0.314778820869	0.032377844231	-0.0163808607533	0.304618628534	-0.00627632535367	0.230845479901	-33.0583663314	18.23781396	-49.4585530812
3	3.11247229074	-0.109202057752	-0.0700449064528	1.79672610851	-0.229318915309	3.33297070677	0.0228002780632	0.287001195998	-0.0145456256302	0.038152984896	-0.0879617378527	-0.0699275661844	0.0268230848415	0.00559581870589	0.0655189896754	0.308849555538	-0.016946664868	-0.0704103444575	0.374211765909	0.0301546231857	0.186604187496	-34.8247070078	29.452657372	-61.4798373941
4	7.85642190819	-3.92298406103	2.1370726778	5.95557770579	-2.16942981604	2.08591020142	0.0548629538963	-0.593139017934	-0.184099050952	0.517428179036	0.0179022751762	0.235983450374	0.40193393863	-0.0743703109035	-0.109087998741	0.405081070726	-0.112258563216	0.0328644453818	0.368488106162	0.0509695850119	0.323272784437	-35.3542827739	-27.2952382235	31.3787989099
5	6.4961436588	-4.64569178155	0.367488486855	6.71173513481	0.433987527977	4.73283773934	-0.424910531037	-1.23495097886	-0.782673191693	1.1477184208	0.494936789683	0.338219140213	0.761464234779	-0.276759970569	-0.0951180694909	0.565634866517	-0.0798727289696	0.022232537916	0.568991275683	0.115748428	0.406673023066	-33.9621594938	-32.0088296296	38.1424543603
6	2.4023534222	1.20186623965	-0.308927846159	3.96525205043	-0.881416710128	1.53307975899	0.0176534265677	-0.0559015930165	-0.224251335621	0.0341675186061	-0.00378982369609	0.0849632874102	0.0820028295105	-0.0755236921872	-0.0286506777169	0.273379591868	-0.0617589033569	0.0100109084444	0.25844849195	-0.0183869526747	0.260894165614	-27.7486712059	-14.3569371729	23.9430597395
7	2.75319398435	-0.0291162915654	0.181240509009	3.78729848909	-0.186158879813	1.93014610952	-0.0129256575532	-0.025257298527	0.0851548797456	0.132186993751	0.0132778012602	-0.137168127184	0.0101739801616	-0.0401775801827	-0.00182684229147	0.247897053078	-0.0972571565242	-0.0314895711527	0.200194597157	-0.00558050523223	0.221539013345	-17.6556005311	-3.991379189	16.0579951569
8	8.44996522063	-0.476051703415	-2.67057265413	3.62303555679	0.352296542816	3.29057789831	-0.0415882335188	-0.221794999391	-1.17787785552	0.206969129249	-0.129994578423	0.3718434323	0.509725705296	-0.198017042921	0.15347001557	0.426780105056	-0.0941775814194	-0.0370040436931	0.311020236987	0.0246935053502	0.423098123884	-51.4727006409	-49.9040451893	6.57179646746
9	0.809395046889	0.355925521995	-0.967035364882	1.28228070061	-2.04814817141	3.510990972	-0.0570070958119	0.0243681855613	-0.108516925496	-0.0191972837401	-0.00334424836666	0.00474756269549	0.146790773074	-0.133124782353	0.0491231771856	0.344789901561	-0.0198308742203	-0.0382339900363	0.360309965602	-0.0585474918263	0.258712854514	-46.8775618473	-36.4350030705	-8.42737566269
10	2.47169576005	-0.274862086583	-0.215423583367	1.91438642123	-0.121801664993	3.39068838327	0.00617301093511	0.125131640708	0.0391359960834	0.0642735239311	-0.0141506725381	-0.0334835732927	0.0712332555762	-0.175823513955	0.011718421816	0.292529288136	-0.0280564311172	-0.065742167925	0.365182644541	-0.0103857130129	0.171234456073	-49.0520651299	-25.1575757004	-20.2784193398
11	4.72784821045	0.147340842594	1.97740812591	3.23021872581	1.51102838887	7.56017042741	-0.30414792823	0.467431243876	0.756640955084	-0.707469455291	-0.146106369621	0.0185830699168	-0.923463465816	-0.00471591244867	0.410850110175	0.454502832277	-0.0290253673489	-0.0226584412312	0.345357925134	0.085939010604	0.435387952936	-48.2361400108	-1.57892871249	-0.710705788764
12	3.21459836865	1.13366879692	-1.37256442572	1.82576527713	-1.57025201087	1.50898142554	-0.110578160041	-0.00458238180119	0.0364142986613	-0.0710979980645	0.057368377026	-0.0201440387536	-0.0125424257723	-0.0454974307751	0.0591808976123	0.295050354068	-0.0262452625029	0.0625027309466	0.365874392727	-0.0422941489021	0.307376023499	-55.8095138149	-14.8620518035	12.9924259515
13	3.30993515861	0.079845059435	-0.581111356792	1.67349293683	-0.279698234955	2.3963525172	0.0561381060831	-0.169929373418	0.0139512879978	0.0227451503365	-0.0489466306821	-0.0968835961145	-0.0532225080137	-0.153875546617	-0.0072135308941	0.239354157496	-0.0266593141953	0.0574782860142	0.393480414597	0.0184016010892	0.324200322479	-65.6740386424	-26.0144816704	20.1591476009
14	6.14046597408	2.681583568	1.53472226378	4.71940191412	1.00060420543	4.55397081808	-0.0108405802555	0.829808120987	0.410919137384	-0.455294155243	0.177626274568	-0.233638994254	-0.359474718773	0.526049770004	-0.147894365777	0.395264633497	0.0237208052841	0.053525461519	0.396036533276	0.0699422960293	0.299789318268	-15.8918728222	-21.4390937386	-9.06445118826
15	1.80510489413	-0.0755804598183	0.163444163323	3.58628726907	-2.49775991084	2.17476293084	0.0475756255899	0.0831218459068	-0.0829523954436	-0.059328182362	0.050459554048	-0.00253900608569	0.0453398122964	0.00521483882507	-0.102449110667	0.310781506406	0.0393075331629	-0.0222210311295	0.230635077862	-0.0385806798088	0.275951144703	-19.5650869785	-37.2977855163	3.79240988852
16	2.96189906912	-0.247167226804	0.291306152615	3.23972076062	-0.629932492236	2.02485772115	0.12160557494	0.0608542577598	-0.237813485862	-0.021034667774	-0.00741572088422	0.0502384773779	0.0923743609837	-0.0952406336748	-0.116803706309	0.277590382214	0.0214023302874	-0.036603521638	0.210276832729	0.0351645980054	0.302195886543	-18.0720931458	-47.641041379	16.5178360892
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18	2.55036711619	2.41063921061	-0.676663571982	4.34784051792	-1.02377413323	1.3682343178	-0.0042538168962	-0.157146385104	0.0839688871288	0.0315671335047	0.0415595693358	0.106090616086	-0.0401738483799	-0.0502232880817	-0.0351332420017	0.271258478888	0.00726891384803	-0.0242745810679	0.227425974951	-0.0262785546428	0.256397817587	-13.3899622424	40.2626285528	-17.3862018592
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20	3.99765377033	-0.872936239784	1.37794881275	4.33986640063	1.17793585194	5.27473631564	-0.0941103277305	0.521256739109	0.763661986536	-0.63140239593	-0.0908473859337	0.00893336197768	-0.765548489559	0.0208098403929	0.134405288131	0.400781005661	0.0137552453126	-0.00980984396586	0.311480204829	0.128243754779	0.446377592483	-34.0600382611	53.1420454861	-41.6734283072
21	2.35929840094	1.19809273326	-1.8598575786	1.32616585543	-0.9546387639	2.91389957325	-0.0703138540951	0.0560037412546	0.193521477372	-0.0241940543328	0.0518022990774	0.032633123937	-0.229845386186	-0.166213806275	0.00412390191531	0.25524248034	0.067713750064	0.0197337820397	0.290675196208	0.0195249271142	0.339123368525	-41.5684491445	39.6629151402	-28.0513553354
22	3.20233537148	-0.0709683769597	-0.314251390335	2.20872047312	-0.201695092167	3.78372824944	-0.00589388842686	-0.0805623769051	0.0532538486789	0.0386153291797	-0.0323060332879	-0.0432466390523	0.0151676538638	-0.265594722725	0.0516264385217	0.162802635581	0.0446586140315	0.0599964561741	0.299617504985	0.0358537256387	0.297431534167	-51.3999243716	28.5220425162	-21.1207613161
23	4.967156376	2.21735594758	0.471139654829	5.59617580473	1.16422690074	3.92298623028	-0.121256905116	0.682232245922	0.405335087687	-0.344634543631	0.34808078879	-0.374874672602	-0.432787704369	0.435403456004	-0.185489416563	0.340374082976	0.01519067295	0.0266566150645	0.4197425916	0.0603155149545	0.363320617902	-1.98567866508	32.4190096086	-48.3298563588
24	1.33932060717	-0.731696655807	0.555991958328	4.95509288653	-2.15195856701	1.90829652633	0.0431505076496	0.211831116055	-0.0531866493085	-0.38101947866	0.030937391042	0.0841509511748	0.164888651152	-0.0104517509641	-0.0647793205617	0.300781294195	0.081956397807	0.0083446117692	0.308877643578	0.00542368127691	0.263649465333	-6.22281817632	14.1307463692	-37.693000515
25	2.79215545788	-0.0585780828913	0.336479324675	3.20164609671	-0.127473971376	2.16637826114	0.108335036443	0.0289498409614	-0.105683160086	-0.0323580819954	0.00348485538596	-0.095829473111	0.0454894552364	-0.0621097424358	-0.125198221084	0.236351081421	0.0902113773115	-0.00139695536444	0.216621581242	0.0585266167193	0.275207983988	-3.81059743594	6.98490610822	-24.9854978085

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 15 through 99 )	A	A	15 - 99	1 - 83
2	2	chain 'A' and (resid 100 through 177 )	A	A	100 - 177	84 - 161
3	3	chain 'A' and (resid 178 through 319 )	A	A	178 - 319	162 - 303
4	4	chain 'B' and (resid 15 through 46 )	B	D	15 - 46	1 - 32
5	5	chain 'B' and (resid 47 through 99 )	B	D	47 - 99	33 - 83
6	6	chain 'B' and (resid 100 through 177 )	B	D	100 - 177	84 - 161
7	7	chain 'B' and (resid 178 through 319 )	B	D	178 - 319	162 - 303
8	8	chain 'C' and (resid 15 through 99 )	C	G	15 - 99	1 - 83
9	9	chain 'C' and (resid 100 through 177 )	C	G	100 - 177	84 - 161
10	10	chain 'C' and (resid 178 through 319 )	C	G	178 - 319	162 - 303
11	11	chain 'D' and (resid 15 through 99 )	D	J	15 - 99	1 - 83
12	12	chain 'D' and (resid 100 through 177 )	D	J	100 - 177	84 - 161
13	13	chain 'D' and (resid 178 through 319 )	D	J	178 - 319	162 - 303
14	14	chain 'E' and (resid 15 through 99 )	E	M	15 - 99	1 - 83
15	15	chain 'E' and (resid 100 through 177 )	E	M	100 - 177	84 - 161
16	16	chain 'E' and (resid 178 through 319 )	E	M	178 - 319	162 - 303
17	17	chain 'F' and (resid 15 through 99 )	F	P	15 - 99	1 - 83
18	18	chain 'F' and (resid 100 through 177 )	F	P	100 - 177	84 - 161
19	19	chain 'F' and (resid 178 through 319 )	F	P	178 - 319	162 - 303
20	20	chain 'G' and (resid 15 through 99 )	G	S	15 - 99	1 - 83
21	21	chain 'G' and (resid 100 through 177 )	G	S	100 - 177	84 - 161
22	22	chain 'G' and (resid 178 through 319 )	G	S	178 - 319	162 - 303
23	23	chain 'H' and (resid 15 through 114 )	H	V	15 - 114	1 - 98
24	24	chain 'H' and (resid 115 through 177 )	H	V	115 - 177	99 - 161
25	25	chain 'H' and (resid 178 through 319 )	H	V	178 - 319	162 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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