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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8egl
タイトルCrystal Structure of Guanylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with GMP and ADP
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / ATP-binding / Nucleotide-binding / GMP kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase / guanylate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Guanylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with GMP and ADP
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
C: Guanylate kinase
D: Guanylate kinase
E: Guanylate kinase
F: Guanylate kinase
G: Guanylate kinase
H: Guanylate kinase
I: Guanylate kinase
J: Guanylate kinase
K: Guanylate kinase
L: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,70136
ポリマ－288,21612
非ポリマー9,48524
水8,305461
1
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
C: Guanylate kinase
J: Guanylate kinase
K: Guanylate kinase
L: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,85118
ポリマ－144,1086
非ポリマー4,74312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Guanylate kinase
E: Guanylate kinase
F: Guanylate kinase
G: Guanylate kinase
H: Guanylate kinase
I: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,85118
ポリマ－144,1086
非ポリマー4,74312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.280, 72.370, 144.730
Angle α, β, γ (deg.)81.603, 87.997, 60.003
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 15 or (resid 16...
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d_10ens_1(chain "J" and (resid 3 through 15 or (resid 16...
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d_12ens_1(chain "L" and (resid 3 through 45 or (resid 46...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_111ens_1LEUGDPA184
d_112ens_1ADPADPB
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d_28ens_1GLUPHEC125 - 170
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d_210ens_1LEUGDPC175
d_211ens_1ADPADPD
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d_35ens_1LEULEUE77 - 110
d_36ens_1PROPHEE112 - 118
d_37ens_1LEUSERE120 - 123
d_38ens_1GLUARGE125 - 134
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d_310ens_1ALAARGE181 - 182
d_311ens_1LEUALAE184 - 202
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d_46ens_1PROPHEG112 - 118
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d_49ens_1ARGPHEG144 - 179
d_410ens_1ALAARGG181 - 182
d_411ens_1LEUGDPG184
d_412ens_1ADPADPH
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d_52ens_1GLUPHEI44 - 52
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d_54ens_1HISGLUI70 - 72
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d_59ens_1ARGPHEI144 - 179
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d_512ens_1GDPGDPI
d_513ens_1ADPADPJ
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d_107ens_1LEUSERS120 - 123
d_108ens_1GLUARGS125 - 134
d_109ens_1ARGPHES141 - 176
d_1010ens_1ALAARGS178 - 179
d_1011ens_1LEUGDPS181
d_1012ens_1ADPADPT
d_111ens_1GLYTHRU1 - 36
d_112ens_1GLUPHEU43 - 51
d_113ens_1PHEGLUU57 - 65
d_114ens_1HISGLUU69 - 71
d_115ens_1LEULEUU76 - 109
d_116ens_1PROPHEU111 - 117
d_117ens_1LEUSERU119 - 122
d_118ens_1GLUARGU124 - 133
d_119ens_1ARGPHEU143 - 178
d_1110ens_1ALAARGU180 - 181
d_1111ens_1LEUGDPU183
d_1112ens_1ADPADPV
d_121ens_1GLYLEUW2 - 92
d_122ens_1PROPHEW94 - 100
d_123ens_1LEUSERW102 - 105
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d_128ens_1GDPGDPW
d_129ens_1ADPADPX

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.947023967709, 0.317138922873, -0.050680451697), (0.316676376901, -0.94837907814, -0.0171229804583), (-0.0534946436391, 0.000166571069522, -0.998568122541)-1.54351787426, 14.7538944619, 36.4871448451
2given(-0.50622400046, 0.860582342977, 0.0559936810297), (-0.86144638192, -0.507651833014, 0.0141332060961), (0.0405880824279, -0.0410809858042, 0.998331087451)-35.0783544699, -11.4627470349, 0.683164651067
3given(-0.514025635082, 0.85204970233, 0.0989391289544), (0.855331528315, 0.517840091569, -0.0157992479249), (-0.0646963920889, 0.0765045379303, -0.994968056033)-113.527865805, -1.64284131713, -36.2260868079
4given(0.998124362835, 0.0320960277548, -0.0521306178559), (0.0316760566377, -0.999458893846, -0.00886267163292), (-0.0523868662124, 0.00719475607286, -0.998600947192)-77.3567157326, -12.2892313481, -35.4144053553
5given(0.94987112449, 0.308486448621, -0.0508031286254), (-0.307312234138, 0.951145400367, 0.02969205465), (0.0574807586076, -0.0125912023798, 0.998267210727)-79.2779757893, -27.560333063, -71.5416606963
6given(-0.478674351841, -0.877954305708, -0.00819157971192), (-0.876502730137, 0.477298050865, 0.0626860008465), (-0.0511256193208, 0.0371861228063, -0.997999681022)-104.133612661, -37.7790528617, -36.0685859597
7given(-0.212975365373, -0.976145934914, -0.0421972451233), (0.975317596271, -0.209821430238, -0.0687790216388), (0.0582844760562, -0.0558039529464, 0.996739102617)-97.4859333451, 4.65989382018, -71.4891601735
8given(-0.741014259871, 0.670781429061, 0.0308243587869), (-0.671330137579, -0.741057043975, -0.012259851244), (0.0146189276675, -0.0297780456209, 0.999449626021)-116.284309176, -27.3074395997, -72.1171803257
9given(-0.205781428212, -0.978127220266, -0.0303503669958), (-0.977366051386, 0.203867800179, 0.0565112524041), (-0.0490877316737, 0.0412923845786, -0.997940546112)-19.8339254099, -17.4484087429, 36.385544436
10given(-0.745956428212, 0.665416287147, 0.027751973061), (0.665828790489, 0.746052990124, 0.00877255284683), (-0.0148670429399, 0.0250220048448, -0.999576345412)-38.6954064972, 14.4502739713, 36.6480175608
11given(-0.491997571271, -0.870549043277, 0.00909687386695), (0.869863708729, -0.491985222968, -0.0358840997942), (0.0357143962624, -0.00974184950621, 0.999314554216)-27.1057054434, 24.5413857278, 0.326884151686

-
要素

#1: タンパク質
Guanylate kinase / / GMP kinase


分子量: 24017.996 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: gmk, PA5336 / プラスミド: Psaea.01463.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTM2, guanylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RigakuReagents. JCSG+ screen, condition G7: 100mM succinic acid pH 7.0, 15% PEG 3350; PsaeA.01463.a.AE1.PW38943 at 20mg/ml + 5mM ATP + 5mM GMP + 5mM MgCl2; tray 320335g7; cryo: 20%EG; puck xhd7-11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2022年1月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 103118 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.459 % / Biso Wilson estimate: 51.475 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 26.37
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.416.2780.6073.2974340.8240.66394.9
2.41-2.486.930.5314.172710.9060.57498
2.48-2.557.3280.4474.9671910.9290.48197.9
2.55-2.637.5980.3546.3769840.960.37998.2
2.63-2.717.6270.3077.1468280.9690.32998.4
2.71-2.817.6240.2558.3965630.9820.27398.4
2.81-2.917.6580.1811.4664130.9880.19398.7
2.91-3.037.6680.14314.0661210.9930.15398.9
3.03-3.177.6940.10718.2858620.9950.11599.1
3.17-3.327.6790.08323.1456130.9970.08999.2
3.32-3.57.6520.06430.2853400.9980.06999.3
3.5-3.727.6120.04640.7951060.9990.04999.4
3.72-3.977.6080.03748.1747650.9990.0499.5
3.97-4.297.6370.02958.94450310.03199.6
4.29-4.77.6240.02567.96405810.02699.8
4.7-5.257.5930.02566.85374610.02799.9
5.25-6.077.5760.02960.03329210.03299.7
6.07-7.437.5680.02566.9274010.02799.7
7.43-10.517.5070.01790.77215010.018100
10.51-507.380.016102.64113810.01798.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1 4674精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 7u5f, GMP-bound structure

7u5f


解像度: 2.35→48.15 Å / SU ML: 0.3025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.8897
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 1986 1.93 %0
Rwork0.1962 101110 --
obs0.1968 103096 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18544 0 324 461 19329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005419323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725226353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04582987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00783729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04387198
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.527849380945
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.474611874349
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.637613325856
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.525368527063
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.457944013861
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.636946553555
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.611900672357
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.582953587923
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.566824897666
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.600351828034
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.10544436194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.30851350.27247035X-RAY DIFFRACTION94.77
2.41-2.470.28611460.24927028X-RAY DIFFRACTION97.81
2.47-2.550.27621340.23947179X-RAY DIFFRACTION97.99
2.55-2.630.27181160.22427236X-RAY DIFFRACTION98.28
2.63-2.720.27991250.23967233X-RAY DIFFRACTION98.32
2.72-2.830.28841470.24277189X-RAY DIFFRACTION98.5
2.83-2.960.27391340.23287282X-RAY DIFFRACTION98.75
2.96-3.120.26811350.22467237X-RAY DIFFRACTION98.97
3.12-3.310.24381530.20457286X-RAY DIFFRACTION99.21
3.31-3.570.22431480.19637248X-RAY DIFFRACTION99.28
3.57-3.930.22331500.17857264X-RAY DIFFRACTION99.41
3.93-4.490.20931740.16457310X-RAY DIFFRACTION99.73
4.49-5.660.19591410.17127294X-RAY DIFFRACTION99.87
5.66-48.150.1891480.17737289X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80564484978-0.0399954707223-1.189211224772.073856695141.172078832452.75509393975-0.2198261981070.447997684041-0.0672206367918-0.4999307559450.335895402875-0.113054685447-0.1211667695190.437485529-0.1162734527880.392700937231-0.0919802724929-0.005935106293160.565939322408-0.02998413668060.306820595622-0.5302770331031.964656204511.24328750274
24.220429300581.816448739021.643931797683.912815545940.1558065291762.523799170060.352254257112-0.7564631082350.5831465988320.733885611933-0.507107238721-0.011883595501-0.08221748610680.07894977430080.1099042515130.412794895051-0.09383055921040.03917732664380.617682422704-0.03019865635790.381965283162-1.218368965711.526433266134.1259570609
30.795363362180.01315246118581.606777013181.468838961490.6137959699794.441149868950.0858086059008-0.0726644807537-0.0583848380282-0.0200993543968-0.0717657015030.01920662446920.161787064079-0.288875078799-0.02220457429270.308364837186-0.05657424519230.05395195147250.3449393317-0.02592188209890.340477613473-32.7274914458-11.95558976691.943790243
41.38959622422-0.214221688932-0.400715755851.83263481178-0.3654262109091.625261649320.00851638702352-0.1333851798030.2789922144010.2415418968780.00783625088027-0.107650610815-0.273881838434-0.125728378962-0.02927487176220.2741830976890.0692745223429-0.03156665477860.268099142041-0.04279257884980.428650432702-111.275268873-1.17418786987-37.3770983244
52.901406504011.735358596841.432488906882.503160766910.2374245347021.608598909510.14835473646-0.3913200539840.1975347835410.432424239014-0.2141874759170.0278949741281-0.1082627665130.02767512756170.05845178566620.277818034705-0.02560560188210.02277454687520.379509414704-0.00104677048360.339731460217-78.0337616269-14.5241494566-36.8634444587
63.12798235859-1.73730641227-1.118683264482.948589850490.653756248831.790885424040.2075819454190.623508133716-0.238868411001-0.56241141101-0.3449297490640.01514800630210.0582302745716-0.1301069671980.1360453314030.3190243093310.0711789860896-0.03483055387290.4478998243060.003267457921860.412467180121-79.3632038672-25.3976523544-70.1816621394
72.02331581747-0.193710424550.1606868428491.78776547301-0.1477083749151.6009074842-0.112809043488-0.203780253401-0.1077445631710.2569225266230.04865256276690.103019993150.303564140459-0.07544800952530.04162346544850.343568178252-0.003911745664970.01956534619990.2209893153360.02596702725020.385712272149-105.56078533-36.1322245211-37.2938491952
82.40245313581-0.01522505258390.7539020390213.99750100771-0.8385810537481.58731192874-0.1204574354670.5469448328910.55291268196-0.826340636375-0.0998641080337-0.523526516485-0.08622575062250.179336350330.1856663476730.4842436010150.02304212209460.01872772489850.3714140633490.08544584661570.584155631805-100.1859727113.39509287147-69.8691308105
93.30715931051-0.8630277496241.159699318451.308020693490.1346035959182.400620338520.1377083952530.567337513745-0.34550053489-0.278932305538-0.1479887304450.2203719962950.0703233438197-0.0278751506132-0.0004862541909280.277617326702-0.0315224300446-0.01985851643170.35058007493-0.03435621844890.475112749097-114.219825518-28.3000741726-70.6589216634
102.93900700901-0.407989200659-0.8413785467643.81158111807-0.7135456139682.67282816586-0.442014552467-0.599715281756-0.5404486331760.8825757176240.209325652422-0.4518651426480.2167284366980.1352939153970.1943507789620.6297605930210.106884174425-0.001754736914810.4028075988870.03811575142460.433792799426-22.6894130169-16.018216817234.6711733917
113.192641029170.157889729277-1.271459038771.542419197070.6044711196343.70037865629-0.0282343400027-0.6915218769830.5086398016980.1552286064820.05776574363540.111687941396-0.259814168325-0.0714871927566-0.01281935902740.3923887035870.105301481978-0.03486152481760.461813614053-0.08124727133980.607994861037-36.803423037515.296273889335.4857847426
121.98809738387-0.04538039490470.8186102968452.635903056180.1657703241552.73714919146-0.2565693619460.4595431714460.31149147799-1.050327589710.02452807229920.165279686403-0.9474521607960.1053254297210.1630948136491.03611050397-0.0117191843834-0.1082619672880.4090293790350.07860601174580.612285778662-28.883259815121.96807707164.00522908861
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 302)AA - B2 - 302
22(chain 'B' and resid 2 through 302)BC - D2 - 302
33(chain 'C' and resid 2 through 302)CE - F2 - 302
44(chain 'D' and resid 2 through 302)DG - H2 - 302
55(chain 'E' and resid 2 through 302)EI - J2 - 302
66(chain 'F' and resid 2 through 302)FK - L2 - 302
77(chain 'G' and resid 2 through 302)GM - N2 - 302
88(chain 'H' and resid 2 through 302)HO - P2 - 302
99(chain 'I' and resid 2 through 302)IQ - R2 - 302
1010(chain 'J' and resid 2 through 302)JS - T2 - 302
1111(chain 'K' and resid 3 through 302)KU - V3 - 302
1212(chain 'L' and resid 2 through 302)LW - X2 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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