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- PDB-8egk: Re-refinement of Crystal Structure of NosGet3d, the All4481 prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8egk
タイトルRe-refinement of Crystal Structure of NosGet3d, the All4481 protein from Nostoc sp. PCC 7120
要素All4481 protein
キーワードCHAPERONE / P-loop ATPase / Get3 / alpha-crystallin / cyanobacteria
機能・相同性ArsA, HSP20-like domain / : / HSP20-like domain found in ArsA / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / HSP20-like chaperone / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / AZIDE ION / All4481 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Barlow, A.N. / Manu, M.S. / Ramasamy, S. / Clemons Jr., W.M.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01GM097572 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01GM125063 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP1GM105385 米国
Other privateWeston Havens Foundation
National Science Foundation (NSF, United States)11444469 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorT32GM07616 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of Get3d reveal a distinct architecture associated with the emergence of photosynthesis.
著者: Barlow, A.N. / Manu, M.S. / Saladi, S.M. / Tarr, P.T. / Yadav, Y. / Thinn, A.M.M. / Zhu, Y. / Laganowsky, A.D. / Clemons Jr., W.M. / Ramasamy, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: All4481 protein
B: All4481 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2504
ポリマ－83,1662
非ポリマー842
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.170, 55.553, 122.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 All4481 protein


分子量: 41582.953 Da / 分子数: 2 / 変異: A127T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His6 purification tag
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all4481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YNT0
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 100mM MES (pH 6.15), 18% PEG3350, and 100mM potassium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→27.52 Å / Num. obs: 110202 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Num. unique obs: 11087 / Rsym value: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
REFMACUnknown精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3IGF

3igf


解像度: 1.98→27.52 Å / SU ML: 0.1692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.2305
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 2621 4.84 %
Rwork0.1889 51541 -
obs0.1905 54162 94.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→27.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5528 0 6 339 5873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7587682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0147992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4395756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.020.2896850.20692099X-RAY DIFFRACTION73.41
2.02-2.060.22941290.20382688X-RAY DIFFRACTION92.73
2.06-2.10.26481470.19622612X-RAY DIFFRACTION93.46
2.1-2.150.23521370.19252725X-RAY DIFFRACTION94.11
2.15-2.20.24931230.20362646X-RAY DIFFRACTION92.73
2.2-2.250.33261280.26082393X-RAY DIFFRACTION84.63
2.25-2.310.27361250.20982453X-RAY DIFFRACTION85
2.31-2.380.22581450.18492698X-RAY DIFFRACTION95.56
2.38-2.460.17111590.17732765X-RAY DIFFRACTION97.4
2.46-2.540.26841380.18012819X-RAY DIFFRACTION97.69
2.54-2.650.20171360.18312839X-RAY DIFFRACTION98.54
2.65-2.770.2051310.19342813X-RAY DIFFRACTION97.77
2.77-2.910.21651540.18772830X-RAY DIFFRACTION98.64
2.91-3.090.2341560.19152847X-RAY DIFFRACTION98.95
3.09-3.330.22911540.1992813X-RAY DIFFRACTION99.3
3.33-3.670.21841220.18282776X-RAY DIFFRACTION95.27
3.67-4.20.19271540.18112861X-RAY DIFFRACTION98.63
4.2-5.280.18831450.16672915X-RAY DIFFRACTION99.61
5.28-27.520.23241530.19432949X-RAY DIFFRACTION98.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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