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- PDB-8eg3: Structure of human placental steroid (estrone/DHEA) sulfatase at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eg3
タイトルStructure of human placental steroid (estrone/DHEA) sulfatase at 2.0 angstrom resolution
要素Steryl-sulfatase
キーワードHYDROLASE / Steroid / sulfatase / sex steroid biosynthesis / ER membrane-bound enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-sulfatase / steryl-sulfatase activity / Metabolism of steroid hormones / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / steroid catabolic process / epidermis development / female pregnancy ...steryl-sulfatase / steryl-sulfatase activity / Metabolism of steroid hormones / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / steroid catabolic process / epidermis development / female pregnancy / lysosome / endosome / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C-terminal region of aryl-sulfatase / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Steryl-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ghosh, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)62794 米国
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure of human placental steroid sulfatase at 2.0 angstrom resolution: Catalysis, quaternary association, and a secondary ligand site.
著者: Ghosh, D.
履歴
登録2022年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steryl-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8097
ポリマ－65,6471
非ポリマー1,1626
水2,396133
1
A: Steryl-sulfatase
ヘテロ分子

A: Steryl-sulfatase
ヘテロ分子

A: Steryl-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,42821
ポリマ－196,9413
非ポリマー3,48718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area63230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.190, 117.190, 102.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

PO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Steryl-sulfatase / Arylsulfatase C / ASC / Estrone sulfatase / Steroid sulfatase / Steryl-sulfate sulfohydrolase


分子量: 65647.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08842, steryl-sulfatase

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: MPD, ammonium phosphate, BOG, Tris buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→72.18 Å / Num. obs: 51319 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 7486 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1P49

1p49


解像度: 2.04→32.13 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 2535 4.95 %
Rwork0.2195 48728 -
obs0.2211 51263 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.29 Å2 / Biso mean: 67.9822 Å2 / Biso min: 27.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→32.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4369 0 74 133 4576
Biso mean--61.14 51.18 -
残基数----554
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.080.38191470.344426942841100
2.08-2.130.29281320.296327202852100
2.13-2.170.29331250.284127052830100
2.17-2.220.29931270.2727182845100
2.22-2.280.31371660.293626742840100
2.28-2.340.2911380.255227202858100
2.34-2.410.24771180.245727232841100
2.41-2.490.30011450.248127162861100
2.49-2.580.27581420.249227192861100
2.58-2.680.26811620.240227132875100
2.68-2.80.27451470.232727002847100
2.8-2.950.26171620.235127392901100
2.95-3.130.26541530.240127042857100
3.13-3.370.23971300.217727702900100
3.37-3.710.2291650.202727392904100
3.71-4.250.20791180.167927842902100
4.25-5.350.18061360.17552777291399
5.35-32.130.28821220.22992413253583
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71041.9272-0.88553.7973-1.96983.6597-0.22310.0309-0.0256-0.9247-0.0152-0.18950.28620.36830.17520.56730.06820.04670.22580.01030.240268.70225.775426.9756
22.7285-2.79861.23394.8827-1.19712.01060.1462-0.05720.1971-0.7441-0.0896-0.261-0.00080.0782-0.01560.36020.02760.04040.17560.01530.272568.1113-28.78643.0578
33.05591.5602-1.23634.0449-2.94214.0815-0.5570.4271-0.0444-1.90590.2263-0.14831.13990.23060.09141.1070.03930.12770.2816-0.05720.217867.63913.331617.0453
41.67751.1648-0.66064.3324-2.1254.4841-0.0501-0.3013-0.3879-0.7904-0.8624-1.47060.39241.80650.26660.36410.24560.28660.95910.31670.710984.0553.500830.7925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 170 )A23 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 241 )A171 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 242 through 411 )A242 - 411
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 412 through 576 )A412 - 576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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