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- PDB-8efz: Crystal structure of CcNikZ-II, apoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8efz
タイトルCrystal structure of CcNikZ-II, apoprotein
要素Extracellular solute-binding protein family 5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NICKEL IMPORT / METAL TRANSPORT / ABC-TYPE TRANSPORT / SUBSTRATE BINDING PROTEIN / SBP PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular solute-binding protein family 5
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium carboxidivorans P7 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Diep, P. / Yakunin, A. / Mahadevan, K. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Ni(II)-binding affinity of CcNikZ-II and its homologs: the role of the HH-prong and variable loop revealed by structural and mutational studies.
著者: Diep, P. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Mahadevan, R. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2022年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein family 5
B: Extracellular solute-binding protein family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4454
ポリマ－113,3742
非ポリマー712
水3,081171
1
A: Extracellular solute-binding protein family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7222
ポリマ－56,6871
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Extracellular solute-binding protein family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7222
ポリマ－56,6871
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.606, 110.942, 73.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein family 5


分子量: 56686.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium carboxidivorans P7 (バクテリア)
遺伝子: CcarbDRAFT_1393 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: C6PRH6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30 mg/mL protein and reservoir solution 0.1 M Hepes pH 7.5, 30% (w/v) polyethylene glycol 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→30 Å / Num. obs: 40340 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 20.66
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 1752 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.267 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MrBUMP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OET

4oet


解像度: 2.38→29.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 29.7277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2057 5.27 %RANDOM
Rwork0.2221 37001 --
obs0.2284 39058 90.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7781 0 2 171 7954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00237952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.544610716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04421141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.95112976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.440.3637910.33281775X-RAY DIFFRACTION58.01
2.44-2.510.35941230.32932400X-RAY DIFFRACTION77.72
2.51-2.580.34831310.31032530X-RAY DIFFRACTION82.49
2.58-2.660.35191370.29782658X-RAY DIFFRACTION85.19
2.66-2.760.30051380.28162610X-RAY DIFFRACTION84.99
2.76-2.870.3051390.27442662X-RAY DIFFRACTION86.04
2.87-30.28121430.27912667X-RAY DIFFRACTION86.48
3-3.160.30891480.26182747X-RAY DIFFRACTION88.5
3.16-3.350.24651480.24512793X-RAY DIFFRACTION89.58
3.35-3.610.25431450.23872778X-RAY DIFFRACTION90.28
3.61-3.980.25961500.21352830X-RAY DIFFRACTION91.06
3.98-4.550.22371520.1932867X-RAY DIFFRACTION91.98
4.55-5.720.22891520.17782902X-RAY DIFFRACTION92.95
5.73-29.710.25111520.19032890X-RAY DIFFRACTION91.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.638142446840.0243001184646-0.3610051194550.849683157883-0.1160672192990.337562096072-0.1473371580770.163926836048-0.0745973790545-0.05023789822880.1356280252050.01350473941790.02503011637420.1183827778120.02477366852620.302139687317-0.0297394848443-0.06532308327530.530832321199-0.03904480663560.20651678296712.0132344935-8.84664115398-43.5540588417
21.923594194670.3444582793482.379695621124.75715217081.127171236332.986374472280.141924640434-0.154701544264-0.03784265025010.510303188025-0.172789399983-0.06377751143420.003766457595150.2674783671280.0358512413330.280736753586-0.01773285560140.00597366990410.5948834334630.02938239319610.26216317606822.4342131675-4.34955790854-34.6426809679
31.52807301706-1.211519973440.03219915083981.9334030595-1.443856603613.27995995380.02180220345620.3567216811260.119905415414-0.04687229665850.1821466597290.147651569511-0.118856414610.297244078881-0.1908888857950.291763568326-0.0458946293091-0.08013909958430.55672473223-0.02701593847520.20542195947113.67549840860.976735111015-41.5338460738
41.703158050120.4717587021910.4013354616122.10707800236-0.2649645777413.230985182690.04356425466710.1788153367790.271023021276-0.1507250625670.1633626250290.3874452120510.0239569958124-0.155251117174-0.1642156158530.2573035141530.0152674926093-0.09468989461120.4390769046030.0002855294869870.274885191069-7.78906159844-5.94512121283-47.2918528752
50.943871596324-0.206560709833-0.4838487710510.973035520847-0.4048450992062.719719188140.0893116691547-0.487328625936-0.1599539398920.08480236777430.1033200888410.2041110369670.37654619384-0.330267047376-0.1629653749010.357042967928-0.0788042703247-0.01313226602160.5679058243930.06255548035530.293756542624-6.98199293263-19.5762954996-15.4382738065
65.69472124432-0.890294923204-1.848915612974.63065638032.920188003412.173313492730.2194020020910.4552423475140.0527080617663-0.2636886797080.158476829694-0.1732356577910.0113328546624-0.192499741394-0.4439025137630.329748790379-0.0185430731892-0.04973913219940.5589011716990.0908485937610.332605578573-13.8347231784-9.42358558476-15.4818001972
72.152146523460.5393280106920.3899156409270.902454586595-0.3831409794853.685415076170.203855670907-0.400373665324-0.3278635377-0.00327972485862-0.0532095512730.00742973570520.240262295010.0217348701993-0.1187811260610.2831206893060.00579706319855-0.02229101737780.4292348051240.01862515318440.2590068391363.80802810744-15.8940467091-26.9133483091
80.401914209236-0.288221136243-0.04888898461961.445822772450.4129921145561.236264849510.04096721124170.2269562987390.06744637000870.01438908915710.0543477897578-0.06685778511040.04196043859070.127599689821-0.1007568895740.2683730020350.00230816610944-0.02913128182270.631324679628-0.03101318385410.2942740727167.67071115284-44.2923578528-69.9706243916
92.8413749829-2.6897077329-0.008517258315886.18047460772-2.771876037012.903297532990.2681604674660.214560975524-0.0486336640117-0.200904673909-0.07024635393990.1615254895350.04633441865480.341604376035-0.1804568059690.274308674906-0.0603995780361-0.07265568998030.735059637349-0.08297382592880.2581272898648.37279304265-47.20760441-76.0609628374
102.00629463514-0.7133182737090.201699037620.690805140055-0.03921148849311.51049395371-0.17278536485-0.05890959393990.101019523860.1705381316790.0642217198828-0.00929875382143-0.0261146948364-0.06399167820820.1027482163560.284167785650.00322713472312-0.04108373956770.352966615873-0.02231850860080.268726888742-5.40028480546-40.4168855474-52.9973822416
111.12064420923-1.008933242070.1498144088170.935791073316-0.3400275267151.01590549697-0.23722722080.0001633226920180.2960113162840.4388856115570.123191493278-0.0358309054458-0.276126373894-0.300241507620.0907736840230.606609243040.113246037158-0.03111910804910.437294080442-0.025023744760.525740473066-25.3611528266-24.9698507633-64.3948453133
124.302401396951.45635327516-0.2499822264912.801649801450.5465482952433.282707780770.02352137009190.0128313901780.4832457766110.323894384187-0.04351597813430.07618154461790.2325828776670.0894855035805-0.01888199759070.4049191746820.04460552831660.03911920886330.48446957379-0.00650980567490.282987905923-31.5169147973-39.6687587031-57.2746863203
139.351256468224.91331654812-0.8434962680766.43457965931.505510430345.42173068816-0.284234903587-0.32134284003-0.7224028755420.9862109422910.4274060797530.1831521238970.0320187824622-0.441675016682-0.06316666492060.5241856909740.1891472380390.08410060936160.6924587558340.0798654923560.348133263739-23.0459857986-47.27153359-60.1821875176
146.15932260150.03291195555221.500402126010.221827284154-0.6007461458645.58450890420.3415197195831.006038363390.0899756640878-0.388669905279-0.241059278914-0.1992950294220.8277376437540.152683510695-0.1021297190.3800780672050.128124094653-0.02958929606760.626342347224-0.02678404846080.339269410665-12.2324656454-36.237702321-76.0801615325
154.09439045408-0.2290149016370.2899698412011.06509798969-0.6902526595383.25798839781-0.19620913928-0.01600337082270.1636568353180.01692685960520.191874945650.0241329181483-0.310792217361-0.2098564447340.03685978018170.2881611649860.0104350065672-0.04395220349380.216981490744-0.04749145527980.281292370431-4.65491969226-31.5971108038-60.731876297
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 11 through 86 )AA11 - 861 - 76
22chain 'A' and (resid 87 through 132 )AA87 - 13277 - 122
33chain 'A' and (resid 133 through 168 )AA133 - 168123 - 158
44chain 'A' and (resid 169 through 233 )AA169 - 233159 - 223
55chain 'A' and (resid 234 through 337 )AA234 - 337224 - 323
66chain 'A' and (resid 338 through 373 )AA338 - 373324 - 359
77chain 'A' and (resid 374 through 497 )AA374 - 497360 - 479
88chain 'B' and (resid 11 through 118 )BB11 - 1181 - 108
99chain 'B' and (resid 119 through 157 )BB119 - 157109 - 147
1010chain 'B' and (resid 158 through 293 )BB158 - 293148 - 283
1111chain 'B' and (resid 294 through 320 )BB294 - 320284 - 310
1212chain 'B' and (resid 321 through 364 )BB321 - 364311 - 351
1313chain 'B' and (resid 365 through 390 )BB365 - 390352 - 377
1414chain 'B' and (resid 391 through 435 )BB391 - 435378 - 422
1515chain 'B' and (resid 436 through 496 )BB436 - 496423 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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